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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wwy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse TIFA/TIFAB heterodimer | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / regulation of muscle organ development / learned vocalization behavior / negative regulation of saliva secretion / hard palate morphogenesis / negative regulation of relaxation of muscle / trigeminal nerve development / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress by p53 class mediator / craniofacial suture morphogenesis / auditory behavior ...: / regulation of muscle organ development / learned vocalization behavior / negative regulation of saliva secretion / hard palate morphogenesis / negative regulation of relaxation of muscle / trigeminal nerve development / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress by p53 class mediator / craniofacial suture morphogenesis / auditory behavior / thorax and anterior abdomen determination / vestibulocochlear nerve formation / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / cochlea morphogenesis / genitalia morphogenesis / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / mastication / genitalia development / peristalsis / myeloid cell differentiation / deubiquitinase activator activity / inner ear morphogenesis / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cochlea development / inner ear development / neuromuscular process controlling balance / hematopoietic progenitor cell differentiation / canonical NF-kappaB signal transduction / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein homooligomerization / regulation of gene expression / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakamura, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: TIFAB regulates the TIFA-TRAF6 signaling pathway involved in innate immunity by forming a heterodimer complex with TIFA. 著者: Nakamura, T. / Ohyama, C. / Sakamoto, M. / Toma, T. / Tateishi, H. / Matsuo, M. / Chirifu, M. / Ikemizu, S. / Morioka, H. / Fujita, M. / Inoue, J.I. / Yamagata, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 299.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 202.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17577.070 Da / 分子数: 2 / 変異: C36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 16167.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-HX2 / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, PEG 2000, Hexanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→47.04 Å / Num. obs: 65696 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.9 Å / Num. unique obs: 10329 / CC1/2: 0.738 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→47.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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