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- PDB-8wwy: Crystal structure of mouse TIFA/TIFAB heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wwy
タイトルCrystal structure of mouse TIFA/TIFAB heterodimer
要素
  • TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
  • TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein B
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of muscle organ development / learned vocalization behavior / negative regulation of saliva secretion / hard palate morphogenesis / negative regulation of relaxation of muscle / trigeminal nerve development / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress by p53 class mediator / craniofacial suture morphogenesis / thorax and anterior abdomen determination / vestibulocochlear nerve formation ...regulation of muscle organ development / learned vocalization behavior / negative regulation of saliva secretion / hard palate morphogenesis / negative regulation of relaxation of muscle / trigeminal nerve development / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress by p53 class mediator / craniofacial suture morphogenesis / thorax and anterior abdomen determination / vestibulocochlear nerve formation / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / genitalia morphogenesis / cochlea morphogenesis / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / mastication / peristalsis / auditory behavior / myeloid cell differentiation / deubiquitinase activator activity / toll-like receptor signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / neuromuscular process controlling balance / hematopoietic progenitor cell differentiation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / protein homooligomerization / regulation of gene expression / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,5R)-hexane-2,5-diol / TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A / TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Nakamura, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: TIFAB regulates the TIFA-TRAF6 signaling pathway involved in innate immunity by forming a heterodimer complex with TIFA.
著者: Nakamura, T. / Ohyama, C. / Sakamoto, M. / Toma, T. / Tateishi, H. / Matsuo, M. / Chirifu, M. / Ikemizu, S. / Morioka, H. / Fujita, M. / Inoue, J.I. / Yamagata, Y.
履歴
登録2023年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
B: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein B
C: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
D: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9638
ポリマ－67,4904
非ポリマー4734
水8,557475
1
A: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
B: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8633
ポリマ－33,7452
非ポリマー1181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
2
C: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A
D: TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0995
ポリマ－33,7452
非ポリマー3553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.758, 88.758, 297.367
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-209-

HOH

21B-330-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein A


分子量: 17577.070 Da / 分子数: 2 / 変異: C36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tifa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q793I8
#2: タンパク質 TRAF-interacting protein with FHA domain-containing protein B


分子量: 16167.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tifab / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8JZM6
#3: 化合物
ChemComp-HX2 / (2R,5R)-hexane-2,5-diol / (2R,5R)-2,5-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, PEG 2000, Hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→47.04 Å / Num. obs: 65696 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.79→1.9 Å / Num. unique obs: 10329 / CC1/2: 0.738

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→47.04 Å / SU ML: 0.2006 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.3703 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 3282 5 %
Rwork0.1811 62397 -
obs0.1833 65679 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→47.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4422 0 32 475 4929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00574727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81826395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.55992891
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.820.32121380.29662618X-RAY DIFFRACTION98.5
1.82-1.850.27191410.26572687X-RAY DIFFRACTION99.3
1.85-1.880.28011370.24452607X-RAY DIFFRACTION99.17
1.88-1.910.30431390.2432636X-RAY DIFFRACTION99.32
1.91-1.950.23991400.23532655X-RAY DIFFRACTION99.4
1.95-1.980.26431400.22032662X-RAY DIFFRACTION99.43
1.98-2.030.25251420.20682697X-RAY DIFFRACTION99.54
2.03-2.070.24771390.19712645X-RAY DIFFRACTION99.54
2.07-2.120.25661410.19512672X-RAY DIFFRACTION99.61
2.12-2.170.2421400.18632662X-RAY DIFFRACTION99.47
2.17-2.230.21181420.18412691X-RAY DIFFRACTION99.75
2.23-2.290.24591400.18232671X-RAY DIFFRACTION99.68
2.29-2.370.2611420.19332685X-RAY DIFFRACTION99.79
2.37-2.450.23491410.18512691X-RAY DIFFRACTION99.75
2.45-2.550.23671430.19212712X-RAY DIFFRACTION99.93
2.55-2.670.22821430.19432716X-RAY DIFFRACTION99.97
2.67-2.810.20411430.18712722X-RAY DIFFRACTION99.97
2.81-2.980.25651450.1792746X-RAY DIFFRACTION99.97
2.98-3.210.23881450.18022749X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.540.18961460.1612773X-RAY DIFFRACTION100
3.54-4.050.19051470.15482806X-RAY DIFFRACTION100
4.05-5.10.17331500.13782840X-RAY DIFFRACTION100
5.1-47.040.27121580.21183054X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.580188265380.3987912059180.8321085952070.9629162787780.03879188545662.46938423340.04347138098280.1352149413450.123869898177-0.01624454179570.003426169896620.1479812163310.146564455663-0.301582444404-0.02692269723820.183500044369-0.02771330335190.02029916174850.2657993266850.04487416918060.2367649756157.37678615627-26.3194516114-19.747181705
22.018925545410.06905140502730.3442544118231.48316368156-0.5103761263841.88565704473-0.09847243249660.261654240356-0.198974810771-0.1419805419640.07514246265950.04554971044660.230380163482-0.02767788646810.008939251930610.209173407298-0.003698890167550.0158863055160.202515674528-0.05438084397950.22180476434336.0698366948-42.1610124822-23.0576871183
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain B
2X-RAY DIFFRACTION2chain C or chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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