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万見
- PDB-8wwx: Ube1L acts akin to a mitt, that mediates UbcH8 binding and orches... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wwx
タイトルUbe1L acts akin to a mitt, that mediates UbcH8 binding and orchestrates "E1-E2" interaction
要素Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
キーワードLIGASE / Ubiquitin Fold Domain / Ube1L / Uba7 / UFD / beta-grasp domain / UbcH8
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15 activating enzyme activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / ISG15-protein conjugation / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / modification-dependent protein catabolic process / ISG15 antiviral mechanism / protein modification process ...ISG15 activating enzyme activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / ISG15-protein conjugation / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / modification-dependent protein catabolic process / ISG15 antiviral mechanism / protein modification process / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein ubiquitination / innate immune response / DNA damage response / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle ...Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics / torsion angle dynamics
データ登録者Dag, C. / Elgin, E.S. / Lee, W. / Ziarek, J.J.
資金援助 トルコ, 米国, 5件
組織認可番号国
Other government104T193 トルコ
Other government120Z594 トルコ
Other government122Z747 トルコ
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-2051595 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1902076 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ube1L acts akin to a mitt, that mediates UbcH8 binding and orchestrates "E1-E2" interaction
著者: Dag, C. / Elgin, E.S. / Ziarek, J.J. / Lee, W.
履歴
登録2023年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2621
ポリマ－10,2621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7 / Uba7 Ubiquitin Fold Domain


分子量: 10261.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Uba7 (Ube1L) Ubiquitin Fold Domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA7 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P41226

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic1N-HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D HN(CO)CA
141isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM TRIS, 0.02 % sodium azide, 20 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
詳細: 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Uba7, 20 mM Tris, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide
Label: Uba7 UFD / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMTRISnatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
20 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態詳細: 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Uba7, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide
イオン強度: 40 mM / Label: U-100% 13C; U-100% 15N] Uba7 / pH: 7.6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Lee精密化
XEASYBartels et al.peak picking
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
molecular dynamics2
torsion angle dynamics3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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