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- PDB-8wwo: Crystal structure of the AFSV topoisomerase ATPase domain in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wwo
タイトルCrystal structure of the AFSV topoisomerase ATPase domain in complex with AMPPNP
要素DNA topoisomerase 2
キーワードVIRAL PROTEIN / topoisomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


sister chromatid segregation / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV ...C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA topoisomerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kuang, W. / Deng, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: Structure-function analysis of the ATPase domain of African swine fever virus topoisomerase.
著者: Kuang, W. / Zhao, Y. / Li, J. / Deng, Z.
履歴
登録2023年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2
B: DNA topoisomerase 2
C: DNA topoisomerase 2
D: DNA topoisomerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,81512
ポリマ－184,6934
非ポリマー2,1228
水19,3301073
1
A: DNA topoisomerase 2
ヘテロ分子

D: DNA topoisomerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4086
ポリマ－92,3472
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area32360 Å2
手法PISA
2
B: DNA topoisomerase 2
C: DNA topoisomerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4086
ポリマ－92,3472
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area31950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.658, 85.658, 212.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 76 or (resid 77...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 76 or (resid 77...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 36 or (resid 37...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 1 through 76 or (resid 77...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETSERSERAA1 - 4031 - 403
d_12ANPANPANPANPAE501
d_21METMETSERSERBB1 - 4031 - 403
d_22ANPANPANPANPBG501
d_31METMETSERSERCC1 - 4031 - 403
d_32ANPANPANPANPCI501
d_41METMETSERSERDD1 - 4031 - 403
d_42ANPANPANPANPDK501

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要素

#1: タンパク質
DNA topoisomerase 2


分子量: 46173.301 Da / 分子数: 4 / 断片: ATPase domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
遺伝子: P1192R CDS / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A2X0THW2
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1073 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 22.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 87831 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 25.42 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 8623 / CC1/2: 0.731

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→24.96 Å / SU ML: 0.2204 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.3169
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2209 4218 4.98 %
Rwork0.1757 80481 -
obs0.1779 84699 96.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12261 0 128 1073 13462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009612649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.216917172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06632012
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01342127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.20411709
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.378034327377
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.377862596766
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.342406219808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.27941250.22712696X-RAY DIFFRACTION97.31
2.23-2.260.27151170.2252799X-RAY DIFFRACTION98.12
2.26-2.280.23471240.22892730X-RAY DIFFRACTION98.24
2.28-2.310.30411300.21952792X-RAY DIFFRACTION97.86
2.31-2.340.22911380.21342616X-RAY DIFFRACTION97.76
2.34-2.370.27761610.21042750X-RAY DIFFRACTION97.65
2.38-2.410.25241560.20082679X-RAY DIFFRACTION97.49
2.41-2.440.27641600.20062705X-RAY DIFFRACTION97.48
2.44-2.480.27151460.20872677X-RAY DIFFRACTION97.11
2.48-2.520.27341830.1962701X-RAY DIFFRACTION97.2
2.52-2.570.19771610.20292615X-RAY DIFFRACTION96.79
2.57-2.610.21811580.1972676X-RAY DIFFRACTION96.99
2.61-2.660.21261670.19212683X-RAY DIFFRACTION96.87
2.66-2.720.22071060.18452720X-RAY DIFFRACTION96.81
2.72-2.780.24771590.17922694X-RAY DIFFRACTION97.17
2.78-2.840.2411320.17612712X-RAY DIFFRACTION97.1
2.84-2.910.21971060.18332715X-RAY DIFFRACTION97.14
2.91-2.990.22931290.18952626X-RAY DIFFRACTION95.73
2.99-3.080.23631240.17812742X-RAY DIFFRACTION96.5
3.08-3.180.3251410.18952696X-RAY DIFFRACTION96.4
3.18-3.290.21071530.16742675X-RAY DIFFRACTION96.58
3.29-3.420.23741910.16652598X-RAY DIFFRACTION96.21
3.42-3.580.25891310.16092703X-RAY DIFFRACTION96.1
3.58-3.770.22371530.15372627X-RAY DIFFRACTION96.13
3.77-40.15081220.15022665X-RAY DIFFRACTION95.48
4-4.310.18191400.14062671X-RAY DIFFRACTION95.13
4.31-4.740.17561320.13792633X-RAY DIFFRACTION94.69
4.74-5.420.16431350.15292631X-RAY DIFFRACTION95.15
5.42-6.810.18311230.19262665X-RAY DIFFRACTION95.19
6.81-24.960.18081150.17142589X-RAY DIFFRACTION92.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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