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- PDB-8wwc: De novo design binder of HRAS -120-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wwc
タイトルDe novo design binder of HRAS -120-4
要素
  • De novo design protein 120-4
  • GTPase HRas
キーワードDE NOVO PROTEIN / De novo design protein
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase C activator activity / GTPase complex / positive regulation of ruffle assembly / oncogene-induced cell senescence / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of miRNA metabolic process / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / defense response to protozoan ...phospholipase C activator activity / GTPase complex / positive regulation of ruffle assembly / oncogene-induced cell senescence / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of miRNA metabolic process / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / positive regulation of protein targeting to membrane / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / adipose tissue development / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EPHB-mediated forward signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / myelination / EGFR Transactivation by Gastrin / positive regulation of GTPase activity / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of MAP kinase activity / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / small monomeric GTPase / animal organ morphogenesis / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / cellular response to gamma radiation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of fibroblast proliferation / endocytosis / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / chemotaxis / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / insulin receptor signaling pathway / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase HRas
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, L. / Wang, S. / Liu, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2024
タイトル: De novo protein design with a denoising diffusion network independent of pretrained structure prediction models.
著者: Liu, Y. / Wang, S. / Dong, J. / Chen, L. / Wang, X. / Wang, L. / Li, F. / Wang, C. / Zhang, J. / Wang, Y. / Wei, S. / Chen, Q. / Liu, H.
履歴
登録2023年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: De novo design protein 120-4
A: GTPase HRas
B: GTPase HRas
D: De novo design protein 120-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9508
ポリマ－64,8574
非ポリマー1,0934
水00
1
C: De novo design protein 120-4
A: GTPase HRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9754
ポリマ－32,4282
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTPase HRas
D: De novo design protein 120-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9754
ポリマ－32,4282
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.967, 89.967, 188.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 De novo design protein 120-4


分子量: 13553.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 GTPase HRas


分子量: 18875.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS / 発現宿主: Escherichia coli 0.1197 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Bis Tris Propane pH7.5 0.2M Sodium nitrate 20% w/v PEG3350 10%v/v Ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.85 Å / Num. obs: 21212 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 20.5 % / Biso Wilson estimate: 62.36 Å2 / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 16.46
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 2117 / CC1/2: 0.927

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→48.85 Å / SU ML: 0.3499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.7435
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 2047 9.65 %
Rwork0.218 19156 -
obs0.2208 21203 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3994 0 66 0 4060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55675603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0436672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.626600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.860.32711470.32121261X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.940.40781120.27441295X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.020.32771350.26351273X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.10.29661300.24141291X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.210.28611410.25091263X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.320.33651490.2781263X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.450.26851270.23461282X-RAY DIFFRACTION99.93
3.45-3.610.26981590.21421242X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.80.27181210.19921285X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.040.20921420.19521267X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.350.21631490.19161280X-RAY DIFFRACTION99.93
4.35-4.780.20721610.1691247X-RAY DIFFRACTION99.93
4.79-5.480.2181480.20421261X-RAY DIFFRACTION100
5.48-6.90.30261060.25111336X-RAY DIFFRACTION100
6.91-48.850.19211200.21051310X-RAY DIFFRACTION99.58
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.53576857795.22915209872-3.11339474325.02668027321-1.467291333695.71125768498-0.2437921909930.43421959579-0.00907876409373-0.2043166203250.149771304295-0.2066189963710.0553655873358-0.1869979142980.06136596030360.2384382012020.0340125363994-0.04986630675990.2749422927480.001308986152870.5346615416149.56846298902-9.798655171764.31059681518
24.77996092164-1.12751385805-4.02911102921.99951044033-3.952143458135.73027734050.2435700354160.01450583178590.366408714369-0.781885354934-0.177453394647-0.04785348204710.07063857484550.52703420722-0.08767150679120.331799675333-0.0350187054722-0.02916417603390.43592633324-0.1370472633320.78350271145124.5054449349-15.95499743795.51143517407
39.82551018311-0.8847583730272.693481545188.73636184655-1.490405710961.58501387474-0.0155870408833-3.38536135331.109721973391.66069097232-0.80117498703-0.695121409052-0.744556879981.969280292341.041309548281.57261574449-0.387133616392-0.2192027544532.524155293460.4437232566230.48726277388221.8574848711-18.10108186938.513964174
48.443771764150.631228091661-5.027073701354.00517257990.7324307288753.24411361623-0.158619001283-1.89888378999-1.25506502931.34106545371-1.12285084414-0.6358397076610.6945811352441.54375438771.058553240941.269003818770.3527722313060.03233143533611.465264859810.3832917822040.68012021998516.8616305316-20.175607477933.7500756488
58.348393614450.566635627526-0.5642760171618.13120196819-0.1505700972673.0511852845-1.08015048318-0.535989859311-1.36896015634-0.874037155351-0.614315930139-0.1007808503592.320063502770.5520985973121.271175152281.31793784698-0.03458755349730.1064142452861.042385568860.1546176480180.55096876892510.3116677122-25.825609102633.8939542459
66.727901962013.170572935543.719515275172.628319203990.3937691193513.691353418490.980561394809-2.69166160705-0.6293111342910.20583852646-1.676471434860.07420528153741.566123428670.03952552441620.1305506802211.750875301620.3980178802040.1544550470252.296872510950.6399296975780.8700027955817.5932172816-26.8335269741.8094057396
72.505147621043.441453538572.186512557994.787833403742.999253445161.93499098849-0.863091150108-0.3163148909920.966394454259-1.03372889350.7990092231050.474438463241-0.318749937073-0.56851638726-0.05517499807980.895675069153-0.0832640398397-0.3121328619391.484292025480.3643694455861.0774696590720.5037139458-12.4378667284-36.9878343076
81.79827895348-1.694597419360.5607504297382.744994603880.4024690184750.927108371323-0.623714541677-1.786279638720.827386846367-0.06181011127650.2459016072571.17346289956-0.287239617314-1.349271485420.4240572457360.5288196356010.753362693591-0.309478987392.571517701220.5914689757541.894387970873.02980626715-16.5779363715-34.3742894885
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 117 through 151 )BD117 - 151117 - 151
22chain 'B' and (resid 152 through 166 )BD152 - 166152 - 166
33chain 'D' and (resid 9 through 45 )DF9 - 451 - 36
44chain 'D' and (resid 46 through 68 )DF46 - 6837 - 59
55chain 'D' and (resid 69 through 86 )DF69 - 8660 - 77
66chain 'D' and (resid 87 through 118 )DF87 - 11878 - 108
77chain 'C' and (resid 6 through 26 )CA6 - 261 - 21
88chain 'C' and (resid 27 through 31 )CA27 - 3122 - 26
99chain 'C' and (resid 32 through 58 )CA32 - 5827 - 53
1010chain 'C' and (resid 59 through 68 )CA59 - 6854 - 63
1111chain 'C' and (resid 69 through 87 )CA69 - 8764 - 82
1212chain 'C' and (resid 88 through 105 )CA88 - 10583 - 100
1313chain 'C' and (resid 106 through 118 )CA106 - 118101 - 113
1414chain 'A' and (resid 1 through 67 )AB1 - 671 - 67
1515chain 'A' and (resid 68 through 116 )AB68 - 11668 - 116
1616chain 'A' and (resid 117 through 166 )AB117 - 166117 - 166
1717chain 'B' and (resid 1 through 36 )BD1 - 361 - 36
1818chain 'B' and (resid 37 through 46 )BD37 - 4637 - 46
1919chain 'B' and (resid 47 through 83 )BD47 - 8347 - 83
2020chain 'B' and (resid 84 through 116 )BD84 - 11684 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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