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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wvb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Lsd18 mutant S195M | ||||||
要素 | Putative epoxidase LasC | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / FAD dependent monooxygenase / epoxidase / mutant | ||||||
機能・相同性 | 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / FAD-binding domain / FAD binding domain / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative epoxidase LasC 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces lasalocidi (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, N. / Xiao, H.L. / Chen, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023 タイトル: Simultaneous Improvement in the Thermostability and Catalytic Activity of Epoxidase Lsd18 for the Synthesis of Lasalocid A. 著者: Liu, N. / Xiao, H. / Zang, Y. / Zhou, L. / Mencius, J. / Yang, Z. / Quan, S. / Chen, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wvb.cif.gz | 348.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wvb.ent.gz | 280.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wvb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/8wvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/8wvb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8wvfC 8up4 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52690.812 Da / 分子数: 2 / 変異: S195M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces lasalocidi (バクテリア) 遺伝子: lsd18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5M9L6 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.32 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30.114 Å / Num. obs: 28322 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.918 / Rmerge(I) obs: 0.37 / Rpim(I) all: 0.153 / Rrim(I) all: 0.402 / Net I/σ(I): 3.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.994 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2798 / CC1/2: 0.783 / Rpim(I) all: 0.408 / Rrim(I) all: 1.077 / % possible all: 98.52 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8UP4 8up4 解像度: 2.5→30.114 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.114 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.4543 Å / Origin y: 9.3309 Å / Origin z: 33.7537 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |