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万見
- PDB-8wv8: Crystal Structure of Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wv8
タイトルCrystal Structure of Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC
要素Circadian clock oscillator protein KaiC
キーワードTRANSFERASE / clock protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Circadian clock oscillator protein KaiC
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Furuike, Y. / Akiyama, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biophys Physicobio. / 年: 2024
タイトル: Structure-function relationship of KaiC around dawn.
著者: Furuike, Y. / Yamashita, E. / Akiyama, S.
履歴
登録2023年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian clock oscillator protein KaiC
B: Circadian clock oscillator protein KaiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,30010
ポリマ－116,1742
非ポリマー2,1268
水28816
1
A: Circadian clock oscillator protein KaiC
B: Circadian clock oscillator protein KaiC
ヘテロ分子

A: Circadian clock oscillator protein KaiC
B: Circadian clock oscillator protein KaiC
ヘテロ分子

A: Circadian clock oscillator protein KaiC
B: Circadian clock oscillator protein KaiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,89930
ポリマ－348,5216
非ポリマー6,37824
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area42490 Å2
ΔGint-239 kcal/mol
Surface area88600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.191, 95.191, 184.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Circadian clock oscillator protein KaiC


分子量: 58086.859 Da / 分子数: 2 / 変異: S431T, T432V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: kaiC / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79PF4
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 40.65 %
結晶化温度: 313 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: sodium/pottasium tartrae, sodium acetate, KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→49.22 Å / Num. obs: 20257 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.93→3.03 Å / Num. unique obs: 1985 / CC1/2: 0.913

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.93→49.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 34.63 / SU ML: 0.603 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.586 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3351 939 4.6 %RANDOM
Rwork0.2755 ---
obs0.2783 19328 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 150.66 Å2 / Biso mean: 71.374 Å2 / Biso min: 30.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.57 Å2-2.28 Å20 Å2
2---4.57 Å2-0 Å2
3---14.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.93→49.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6510 0 128 16 6654
Biso mean--71.2 48.6 -
残基数----911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0136740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.6399176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1231.57213700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9445903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.98520.644295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.46915955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0971549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0290.2984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021498
LS精密化 シェル解像度: 2.93→3.006 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 46 -
Rwork0.445 1427 -
all-1473 -
obs--98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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