PDB-8wve: Crystal Structure of Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wve

タイトル

Crystal Structure of Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC

要素

Circadian clock oscillator protein KaiC

キーワード

TRANSFERASE / clock protein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.729 Å

データ登録者

Furuike, Y. / Akiyama, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biophys Physicobio. / 年: 2024
タイトル: Structure-function relationship of KaiC around dawn.
著者: Furuike, Y. / Yamashita, E. / Akiyama, S.

履歴

登録	2023年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wve.cif.gz	189.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wve.ent.gz	138.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wve.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wve_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wve_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8wve_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	8wve_validation.cif.gz	45.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/8wve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/8wve	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wv8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Circadian clock oscillator protein KaiC

B: Circadian clock oscillator protein KaiC

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Circadian clock oscillator protein KaiC

B: Circadian clock oscillator protein KaiC

ヘテロ分子

A: Circadian clock oscillator protein KaiC

B: Circadian clock oscillator protein KaiC

ヘテロ分子

A: Circadian clock oscillator protein KaiC

B: Circadian clock oscillator protein KaiC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
355 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.188, 94.188, 179.168
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Circadian clock oscillator protein KaiC 分子量: 58084.820 Da / 分子数: 2 / 変異: S431T, T432V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア) 株: PCC 7942 / 遺伝子: 1140 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79PF4
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.72 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化	温度: 313 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: sodium/pottasium tartrae, sodium acetate, KCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.729→47.4 Å / Num. obs: 23865 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.7 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.729→2.73 Å / 冗長度: 11 % / Num. unique obs: 2321 / CC_1/2: 0.998

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.729→47.138 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 29.184 / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.504
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns. Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.338	1109	4.647 %	RANDOM
R_work	0.28	22755	-	-
all	0.283	-	-	-
obs	-	23864	99.695 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.884 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.822 Å²	-2.911 Å²	0 Å²
2-	-	-5.822 Å²	0 Å²
3-	-	-	18.886 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.729→47.138 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6407	0	128	28	6563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.011	6630
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	6035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.668	1.645	9029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.272	1.563	13696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.29	5	892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.303	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.535	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.988	10	937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.844	10	231
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.029	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	7943
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	6471
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	3289
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.089	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.134	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.288	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.632	7.267	3598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.63	7.267	3598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.862	13.057	4480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.863	13.057	4481
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.201	6.931	3032
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.201	6.931	3032
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.182	12.897	4549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.181	12.896	4550
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.996	72.56	7205
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.995	72.581	7203

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.729-2.8	0.461	73	0.408	1644	0.41	1768	0.616	0.67	97.1154	0.365
2.8-2.876	0.398	79	0.427	1622	0.425	1703	0.826	0.718	99.8826	0.385
2.876-2.96	0.383	68	0.415	1608	0.414	1677	0.737	0.752	99.9404	0.37
2.96-3.05	0.408	75	0.395	1551	0.395	1627	0.725	0.815	99.9385	0.348
3.05-3.15	0.463	75	0.373	1500	0.377	1577	0.789	0.853	99.8732	0.337
3.15-3.26	0.315	55	0.334	1463	0.333	1519	0.912	0.881	99.9342	0.294
3.26-3.382	0.371	56	0.293	1407	0.296	1464	0.879	0.932	99.9317	0.259
3.382-3.52	0.292	64	0.271	1330	0.272	1394	0.95	0.945	100	0.242
3.52-3.675	0.289	71	0.257	1281	0.259	1354	0.939	0.955	99.8523	0.238
3.675-3.853	0.309	73	0.256	1214	0.259	1288	0.933	0.961	99.9224	0.243
3.853-4.06	0.285	56	0.25	1185	0.251	1242	0.957	0.96	99.9195	0.241
4.06-4.305	0.284	60	0.223	1129	0.226	1190	0.953	0.971	99.916	0.217
4.305-4.599	0.255	64	0.212	1010	0.214	1075	0.964	0.974	99.907	0.213
4.599-4.964	0.314	48	0.204	995	0.208	1043	0.941	0.973	100	0.208
4.964-5.431	0.353	44	0.242	888	0.246	932	0.93	0.969	100	0.247
5.431-6.062	0.417	44	0.302	820	0.307	864	0.95	0.957	100	0.299
6.062-6.981	0.386	36	0.302	719	0.307	755	0.912	0.949	100	0.306
6.981-8.504	0.37	22	0.277	629	0.281	651	0.922	0.957	100	0.3
8.504-11.835	0.31	32	0.233	477	0.238	509	0.951	0.975	100	0.255
11.835-47.138	0.452	14	0.342	283	0.346	297	0.911	0.923	100	0.359

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関連情報:EMDBヘッダ

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