PDB-8wuy: Crystal Structure of TR3 LBD in complex with para-positioned 3,4,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wuy

タイトル

Crystal Structure of TR3 LBD in complex with para-positioned 3,4,5-trisubstituted benzene derivatives

要素

Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

キーワード

TRANSCRIPTION / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Hong, W.B. / Chen, X.Q. / Lin, T.W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-based design and synthesis of anti-fibrotic compounds derived from para-positioned 3,4,5-trisubstituted benzene.
著者: Hong, W. / Xiao, T. / Lin, G. / Liu, C. / Li, H. / Li, Y. / Hu, H. / Wu, S. / Wang, S. / Liang, Z. / Lin, T. / Liu, J. / Chen, X.

履歴

登録	2023年10月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wuy.cif.gz	108.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wuy.ent.gz	79.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wuy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wuy_validation.pdf.gz	684.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wuy_full_validation.pdf.gz	689.7 KB	表示
XML形式データ	8wuy_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	8wuy_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wuy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wuy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

B: Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

ヘテロ分子

55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.844, 76.441, 129.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1 分子量: 27542.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22736
#2: 化合物	ChemComp-XBF / ~{N}-methyl-~{N}-octyl-3,4,5-tris(oxidanyl)benzamide 分子量: 295.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, Sodium citrate, Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 23602 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.889 / Net I/σ(I): 19.769
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 23602 / CC_1/2: 0.883

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→33.633 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 8.984 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.261 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2426	1168	4.949 %
R_work	0.2006	22434	-
all	0.203	-	-
obs	-	23602	99.624 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.022 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.194 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.054 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.248 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.633 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3584	0	21	74	3679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3722
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.563	1.633	5045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.244	1.573	8466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.126	5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.277	21.111	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.463	15	657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.286	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	825
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	808
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.12	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.17	3.945	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.165	3.944	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.876	5.895	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.876	5.897	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.706	4.272	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.705	4.273	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.924	6.256	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.922	6.257	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.292	72.515	15002
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.294	72.521	14984

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.66	0.302	93	0.242	1585	X-RAY DIFFRACTION	97.0503
2.66-2.733	0.323	92	0.219	1553	X-RAY DIFFRACTION	99.697
2.733-2.812	0.285	64	0.212	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.812-2.898	0.27	88	0.212	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.898-2.993	0.3	68	0.219	1477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.993-3.098	0.312	85	0.236	1397	X-RAY DIFFRACTION	100
3.098-3.215	0.252	71	0.223	1372	X-RAY DIFFRACTION	100
3.215-3.346	0.3	61	0.221	1333	X-RAY DIFFRACTION	100
3.346-3.494	0.275	72	0.207	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.494-3.664	0.218	49	0.195	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
3.664-3.862	0.247	56	0.185	1157	X-RAY DIFFRACTION	100
3.862-4.095	0.197	63	0.181	1102	X-RAY DIFFRACTION	99.9142
4.095-4.377	0.203	52	0.168	1035	X-RAY DIFFRACTION	100
4.377-4.726	0.18	51	0.15	974	X-RAY DIFFRACTION	100
4.726-5.174	0.195	51	0.171	899	X-RAY DIFFRACTION	100
5.174-5.78	0.233	46	0.205	821	X-RAY DIFFRACTION	100
5.78-6.666	0.195	30	0.195	732	X-RAY DIFFRACTION	100
6.666-8.143	0.238	39	0.218	625	X-RAY DIFFRACTION	99.6997
8.143-10	0.197	22	0.161	504	X-RAY DIFFRACTION	99.6212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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