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万見
- PDB-8wuw: Cryo-EM structure of H. thermophilus GroEL-GroES2 asymmetric foot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wuw
タイトルCryo-EM structure of H. thermophilus GroEL-GroES2 asymmetric football complex
要素
  • Chaperonin GroEL
  • Co-chaperonin GroES
キーワードCHAPERONE / Chaperonin / ATPase / protein folding
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperonin ATPase / : / isomerase activity / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / protein refolding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin 10 Kd subunit / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily ...Chaperonin 10 Kd subunit / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / GroES-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Co-chaperonin GroES / Chaperonin GroEL
類似検索 - 構成要素
生物種Hydrogenobacter thermophilus TK-6 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liao, Z. / Gopalasingam, C.C. / Kameya, M. / Gerle, C. / Shigematsu, H. / Ishii, M. / Arakawa, T. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H00322 日本
Japan Science and TechnologyJPMJSP2108 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into thermophilic chaperonin complexes.
著者: Zengwei Liao / Chai C Gopalasingam / Masafumi Kameya / Christoph Gerle / Hideki Shigematsu / Masaharu Ishii / Takatoshi Arakawa / Shinya Fushinobu /
要旨: Group I chaperonins are dual heptamer protein complexes that play significant roles in protein homeostasis. The structure and function of the Escherichia coli chaperonin are well characterized. ...Group I chaperonins are dual heptamer protein complexes that play significant roles in protein homeostasis. The structure and function of the Escherichia coli chaperonin are well characterized. However, the dynamic properties of chaperonins, such as large ATPase-dependent conformational changes by binding of lid-like co-chaperonin GroES, have made structural analyses challenging, and our understanding of these changes during the turnover of chaperonin complex formation is limited. In this study, we used single-particle cryogenic electron microscopy to investigate the structures of GroES-bound chaperonin complexes from the thermophilic hydrogen-oxidizing bacteria Hydrogenophilus thermoluteolus and Hydrogenobacter thermophilus in the presence of ATP and AMP-PNP. We captured the structure of an intermediate state chaperonin complex, designated as an asymmetric football-shaped complex, and performed analyses to decipher the dynamic structural variations. Our structural analyses of inter- and intra-subunit communications revealed a unique mechanism of complex formation through the binding of a second GroES to a bullet-shaped complex.
履歴
登録2023年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperonin GroEL
H: Chaperonin GroEL
a: Co-chaperonin GroES
h: Co-chaperonin GroES
B: Chaperonin GroEL
I: Chaperonin GroEL
b: Co-chaperonin GroES
i: Co-chaperonin GroES
C: Chaperonin GroEL
J: Chaperonin GroEL
c: Co-chaperonin GroES
j: Co-chaperonin GroES
D: Chaperonin GroEL
K: Chaperonin GroEL
d: Co-chaperonin GroES
k: Co-chaperonin GroES
E: Chaperonin GroEL
L: Chaperonin GroEL
e: Co-chaperonin GroES
l: Co-chaperonin GroES
F: Chaperonin GroEL
M: Chaperonin GroEL
f: Co-chaperonin GroES
m: Co-chaperonin GroES
G: Chaperonin GroEL
N: Chaperonin GroEL
g: Co-chaperonin GroES
n: Co-chaperonin GroES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)949,10763
ポリマ－941,40628
非ポリマー7,70135
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Chaperonin GroEL / 60 kDa chaperonin / Chaperonin-60 / Cpn60


分子量: 56600.918 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hydrogenobacter thermophilus TK-6 (バクテリア)
株: TK-6 / 遺伝子: groL, groEL, HTH_1794 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3DK86, chaperonin ATPase
#2: タンパク質
Co-chaperonin GroES / 10 kDa chaperonin / Chaperonin-10 / Cpn10


分子量: 10642.385 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hydrogenobacter thermophilus TK-6 (バクテリア)
株: TK-6 / 遺伝子: groS, groES, HTH_1793 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3DK85
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1H. thermophilus GroEL-GroES2 Asymmetric football complexCOMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2Chaperonin GroELCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Co-chaperonin GroESCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Hydrogenobacter thermophilus TK-6 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2100 mMpotassium chlorideKCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
42 mMadenylyl-imidodiphosphate (AMP-PNP)1
51 mMdithiothreitol1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 2.5 mg/mL GroEL and 0.46 mg/mL GroES was incubated on a heat block at 45C for 10 min.
試料支持詳細: glow discharged at 7 Pa, 10 mA, 10 sec by a JEOL JEC-3000FC auto fine coater
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K / 詳細: blot force 10, blot time 3 s

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.264 sec. / 電子線照射量: 49.97 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.3CTF補正
7UCSF ChimeraX1.6モデルフィッティング
9ISOLDE1.6モデル精密化
10PHENIX1.2モデル精密化real_space_refine
11cryoSPARC初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.3最終オイラー角割当
13cryoSPARC分類
14cryoSPARC4.3３次元再構成
CTF補正詳細: patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20233 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13wvl

3wvl

13wvl1PDBexperimental model
21AlphaFoldin silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00365457
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54788396
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.939093
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04210598
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00311312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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