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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wuc | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of H. thermoluteolus GroEL-GroES2 football complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / Chaperonin / ATPase / protein folding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chaperonin ATPase / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / protein refolding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hydrogenophilus thermoluteolus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Liao, Z. / Gopalasingam, C.C. / Kameya, M. / Gerle, C. / Shigematsu, H. / Ishii, M. / Arakawa, T. / Fushinobu, S. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Structural insights into thermophilic chaperonin complexes. 著者: Zengwei Liao / Chai C Gopalasingam / Masafumi Kameya / Christoph Gerle / Hideki Shigematsu / Masaharu Ishii / Takatoshi Arakawa / Shinya Fushinobu / 要旨: Group I chaperonins are dual heptamer protein complexes that play significant roles in protein homeostasis. The structure and function of the Escherichia coli chaperonin are well characterized. ...Group I chaperonins are dual heptamer protein complexes that play significant roles in protein homeostasis. The structure and function of the Escherichia coli chaperonin are well characterized. However, the dynamic properties of chaperonins, such as large ATPase-dependent conformational changes by binding of lid-like co-chaperonin GroES, have made structural analyses challenging, and our understanding of these changes during the turnover of chaperonin complex formation is limited. In this study, we used single-particle cryogenic electron microscopy to investigate the structures of GroES-bound chaperonin complexes from the thermophilic hydrogen-oxidizing bacteria Hydrogenophilus thermoluteolus and Hydrogenobacter thermophilus in the presence of ATP and AMP-PNP. We captured the structure of an intermediate state chaperonin complex, designated as an asymmetric football-shaped complex, and performed analyses to decipher the dynamic structural variations. Our structural analyses of inter- and intra-subunit communications revealed a unique mechanism of complex formation through the binding of a second GroES to a bullet-shaped complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wuc.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wuc.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wuc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wuc_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wuc_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wuc_validation.xml.gz | 218.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wuc_validation.cif.gz | 323.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wuc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wuc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56081.340 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Hydrogenophilus thermoluteolus (バクテリア) 株: TH-1 / 参照: UniProt: A0A2Z6DW38, chaperonin ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 10224.831 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hydrogenophilus thermoluteolus (バクテリア) 株: TH-1 / 遺伝子: groES, groS, HPTL_0309 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z6DVV7 #3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) | 生物種: Hydrogenophilus thermoluteolus (バクテリア) / 株: TH-1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / プラスミド: pET 23a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Grids were freshly treated using Gatan Solarus II / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K / 詳細: Blot force 0, blot time 8 s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 4.95 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1233 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D7 (2回x7回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103957 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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