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- PDB-8wtk: Crystal structure of Cas3-DExD+MG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wtk
タイトルCrystal structure of Cas3-DExD+MG
要素CRISPR-associated helicase Cas3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Cas3-DExD is a di-ion dependent ssDNA nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on DNA / helicase activity / defense response to virus / nucleic acid binding / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Helicase Cas3, CRISPR-associated, core / : / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, C-terminal / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated helicase Cas3
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Mo, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071476 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural insight into dynamic characteristic of the polymerized forms of kinetoplastid membrane protein-11
著者: Mo, X.
履歴
登録2023年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated helicase Cas3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3712
ポリマ－60,3471
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.756, 114.756, 119.632
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated helicase Cas3


分子量: 60346.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: cas3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A832T690
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.69 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 15% PEG3350, 10% glycerol, and 0.1 M Tris at a pH of 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→29 Å / Num. obs: 17162 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 97.66 Å2 / CC1/2: 0.85 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.08→3.19 Å / Num. unique obs: 1668 / CC1/2: 0.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.08→28.98 Å / SU ML: 0.4632 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.9892
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 1712 9.98 %
Rwork0.2241 15449 -
obs0.2286 17161 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→28.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4033 0 1 0 4034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00244112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60325545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.277539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.08-3.170.47111390.33361234X-RAY DIFFRACTION97.65
3.17-3.270.41051420.30771269X-RAY DIFFRACTION99.58
3.28-3.390.34851370.27761261X-RAY DIFFRACTION99.79
3.39-3.530.33221420.25541273X-RAY DIFFRACTION99.93
3.53-3.690.36481470.26961273X-RAY DIFFRACTION99.72
3.69-3.880.30141430.24731276X-RAY DIFFRACTION99.86
3.88-4.120.26951420.24741277X-RAY DIFFRACTION99.93
4.12-4.440.24451420.2091284X-RAY DIFFRACTION99.86
4.44-4.890.21591360.18191305X-RAY DIFFRACTION100
4.89-5.590.25831410.20791294X-RAY DIFFRACTION100
5.59-7.020.25741440.24221327X-RAY DIFFRACTION100
7.03-28.980.2341570.19451376X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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