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万見
- PDB-8wsu: Crystal structure of SFTSV Gc and antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wsu
タイトルCrystal structure of SFTSV Gc and antibody
要素
  • Ab-H
  • Ab-L
  • Glycoprotein C
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Virus / Antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種SFTS phlebovirus
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chang, Z. / Gao, F. / Wu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)0009-0006-6123-817X 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Bispecific antibodies targeting two glycoproteins on SFTSV exhibit synergistic neutralization and protection in a mouse model.
著者: Zhen Chang / Dan Gao / Liying Liao / Junqing Sun / Gen Zhang / Xue Zhang / Feiran Wang / Chunrui Li / Babayemi Olawale Oladejo / Shihua Li / Yan Chai / Yongfei Hu / Xuancheng Lu / Haixia Xiao ...著者: Zhen Chang / Dan Gao / Liying Liao / Junqing Sun / Gen Zhang / Xue Zhang / Feiran Wang / Chunrui Li / Babayemi Olawale Oladejo / Shihua Li / Yan Chai / Yongfei Hu / Xuancheng Lu / Haixia Xiao / Jianxun Qi / Zhihai Chen / Feng Gao / Yan Wu /
要旨: Severe fever with thrombocytopenia syndrome (SFTS) is an emerging infectious disease with a high fatality rate of up to 30% caused by SFTS virus (SFTSV). However, no specific vaccine or antiviral ...Severe fever with thrombocytopenia syndrome (SFTS) is an emerging infectious disease with a high fatality rate of up to 30% caused by SFTS virus (SFTSV). However, no specific vaccine or antiviral therapy has been approved for clinical use. To develop an effective treatment, we isolated a panel of human monoclonal antibodies (mAbs). SF5 and SF83 are two neutralizing mAbs that recognize two viral glycoproteins (Gn and Gc), respectively. We found that their epitopes are closely located, and we then engineered them as several bispecific antibodies (bsAbs). Neutralization and animal experiments indicated that bsAbs display more potent protective effects than the parental mAbs, and the cryoelectron microscopy structure of a bsAb3 Fab-Gn-Gc complex elucidated the mechanism of protection. In vivo virus passage in the presence of antibodies indicated that two bsAbs resulted in less selective pressure and could efficiently bind to all single parental mAb-escape mutants. Furthermore, epitope analysis of the protective mAbs against SFTSV and RVFV indicated that they are all located on the Gn subdomain I, where may be the hot spots in the phleboviruses. Collectively, these data provide potential therapeutic agents and molecular basis for the rational design of vaccines against SFTSV infection.
履歴
登録2023年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein C
B: Ab-H
C: Ab-L
D: Glycoprotein C
E: Ab-H
F: Ab-L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,6366
ポリマ－188,6366
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)229.515, 72.053, 112.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "D"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "E"
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1LEULEUALAALAAA627 - 85665 - 294
d_2ens_1LEULEUALAALADD627 - 85665 - 294
d_1ens_2GLNGLNLYSLYSBB1 - 2241 - 224
d_2ens_2GLNGLNLYSLYSEE1 - 2241 - 224
d_1ens_3ASPASPCYSCYSCC1 - 2141 - 214
d_2ens_3ASPASPCYSCYSFF1 - 2141 - 214

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999084189207, 0.00514405167502, -0.0424773069881), (-0.00482112903979, -0.99995872339, -0.00770118379488), (-0.0425151689562, -0.00748934238939, 0.999067750535)-38.5063236664, 0.226571991572, -3.1609053607
2given(-0.99981290772, 0.0163843087298, -0.0102812443128), (-0.0167167939044, -0.99931115417, 0.0331325512688), (-0.00973130817154, 0.0332982218665, 0.999398083879)-38.8227506134, -1.2593891839, -0.922262516011
3given(-0.999761361469, 0.0132990299052, -0.0173307794688), (-0.0140949962017, -0.998812063406, 0.0466453971706), (-0.0166898530697, 0.0468785430524, 0.998761158138)-38.737022762, -1.25520753552, -0.843951805041

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein C / Gc / Glycoprotein G2


分子量: 47204.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SFTS phlebovirus (isolate SFTSV/Human/China/HB29/2010) (ウイルス)
遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0B5A886
#2: 抗体 Ab-H


分子量: 23968.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Ab-L


分子量: 23144.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1M Tris, pH7.8, 5% w/v gamma-PGA (Na+ form, LM), 15% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 1.03879 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 25148 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 83.22 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2106 / CC1/2: 0.641 / Rpim(I) all: 0.444 / % possible all: 80.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→36.03 Å / SU ML: 0.4903 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.7836
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 1204 4.98 %
Rwork0.207 22966 -
obs0.2101 24170 92.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 110.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→36.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9442 0 0 0 9442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01219654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.580413098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07661454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01141680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.55181332
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.991804847523
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.688517158334
ens_3d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.589479121302
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.430.41021080.33212171X-RAY DIFFRACTION78.94
3.43-3.590.35631300.29072310X-RAY DIFFRACTION85.31
3.59-3.780.35611230.27282438X-RAY DIFFRACTION89.83
3.78-4.010.3271280.25842580X-RAY DIFFRACTION93.48
4.01-4.320.28051390.20692589X-RAY DIFFRACTION95.22
4.32-4.760.22271460.1772679X-RAY DIFFRACTION97.68
4.76-5.440.22961520.1752683X-RAY DIFFRACTION98.2
5.44-6.850.26811470.19872680X-RAY DIFFRACTION97.72
6.85-36.030.21441310.16522836X-RAY DIFFRACTION98.41
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.6604514506 Å / Origin y: 0.178849371771 Å / Origin z: 21.9337096463 Å
111213212223313233
T0.845175620655 Å2-0.0571578143079 Å20.086356319193 Å2-0.708250823662 Å2-0.100399545467 Å2--0.768454304296 Å2
L3.40242535884 °20.173668083221 °20.107102262463 °2-0.0273976136342 °2-0.0720926814997 °2---0.169546173365 °2
S-0.0476565857015 Å °-0.305726805973 Å °0.34643502309 Å °0.0546498771118 Å °0.0258011129776 Å °-0.0930565407309 Å °-0.0491008664155 Å °-9.06596338047E-5 Å °0.0187321215414 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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