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- PDB-8wsn: Crystal structure of SFTSV Gn and antibody SF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wsn
タイトルCrystal structure of SFTSV Gn and antibody SF1
要素
  • Ab1-H
  • Ab1-L
  • Gn
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Virus / Antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種SFTS virus JS4 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chang, Z. / Gao, F. / Wu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32090014 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Bispecific antibodies targeting two glycoproteins on SFTSV exhibit synergistic neutralization and protection in a mouse model.
著者: Zhen Chang / Dan Gao / Liying Liao / Junqing Sun / Gen Zhang / Xue Zhang / Feiran Wang / Chunrui Li / Babayemi Olawale Oladejo / Shihua Li / Yan Chai / Yongfei Hu / Xuancheng Lu / Haixia Xiao ...著者: Zhen Chang / Dan Gao / Liying Liao / Junqing Sun / Gen Zhang / Xue Zhang / Feiran Wang / Chunrui Li / Babayemi Olawale Oladejo / Shihua Li / Yan Chai / Yongfei Hu / Xuancheng Lu / Haixia Xiao / Jianxun Qi / Zhihai Chen / Feng Gao / Yan Wu /
要旨: Severe fever with thrombocytopenia syndrome (SFTS) is an emerging infectious disease with a high fatality rate of up to 30% caused by SFTS virus (SFTSV). However, no specific vaccine or antiviral ...Severe fever with thrombocytopenia syndrome (SFTS) is an emerging infectious disease with a high fatality rate of up to 30% caused by SFTS virus (SFTSV). However, no specific vaccine or antiviral therapy has been approved for clinical use. To develop an effective treatment, we isolated a panel of human monoclonal antibodies (mAbs). SF5 and SF83 are two neutralizing mAbs that recognize two viral glycoproteins (Gn and Gc), respectively. We found that their epitopes are closely located, and we then engineered them as several bispecific antibodies (bsAbs). Neutralization and animal experiments indicated that bsAbs display more potent protective effects than the parental mAbs, and the cryoelectron microscopy structure of a bsAb3 Fab-Gn-Gc complex elucidated the mechanism of protection. In vivo virus passage in the presence of antibodies indicated that two bsAbs resulted in less selective pressure and could efficiently bind to all single parental mAb-escape mutants. Furthermore, epitope analysis of the protective mAbs against SFTSV and RVFV indicated that they are all located on the Gn subdomain I, where may be the hot spots in the phleboviruses. Collectively, these data provide potential therapeutic agents and molecular basis for the rational design of vaccines against SFTSV infection.
履歴
登録2023年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gn
B: Ab1-H
C: Ab1-L
D: Gn
E: Ab1-H
F: Ab1-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,75312
ポリマ－169,0206
非ポリマー1,7346
水2,648147
1
A: Gn
B: Ab1-H
C: Ab1-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3776
ポリマ－84,5103
非ポリマー8673
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Gn
E: Ab1-H
F: Ab1-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3776
ポリマ－84,5103
非ポリマー8673
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)227.057, 97.249, 133.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.624, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 22 through 33 or (resid 34...
d_2ens_1(chain "D" and (resid 22 through 266 or (resid 267...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 2 through 135 or resid 144 through 222 or resid 401 through 402))
d_2ens_2(chain "E" and resid 2 through 402)
d_1ens_3(chain "C" and resid 2 through 212)
d_2ens_3(chain "F" and (resid 2 through 96 or (resid 97...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYGLYHISHISAA22 - 2943 - 275
d_12ens_1LYSLYSVALVALAA302 - 339283 - 320
d_13ens_1NAGNAGNAGNAGAI400
d_14ens_1NAGNAGNAGNAGAJ401
d_21ens_1GLYGLYHISHISDD22 - 2943 - 275
d_22ens_1LYSLYSVALVALDD302 - 339283 - 320
d_23ens_1NAGNAGNAGNAGDK400
d_24ens_1NAGNAGNAGNAGDL401
d_11ens_2VALVALPROPROBB2 - 1352 - 135
d_12ens_2THRTHRPROPROBB144 - 222144 - 222
d_13ens_2NAGNAGNAGNAGGG1
d_14ens_2NAGNAGNAGNAGGG2
d_21ens_2VALVALPROPROEE2 - 2222 - 222
d_22ens_2NAGNAGNAGNAGHH1
d_23ens_2NAGNAGNAGNAGHH2
d_11ens_3ILEILEARGARGCC2 - 2122 - 212
d_21ens_3ILEILEARGARGFF2 - 2122 - 212

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999732568523, -0.0160353319572, -0.0166631198297), (0.0163520493439, -0.999684843727, -0.019047931765), (-0.0163524284341, -0.0193153139061, 0.999679707073)40.6907309612, 122.574886654, 2.27737451564
2given(-0.99988455944, -0.00273820741656, 0.0149455683306), (0.00274212033042, -0.999996211262, 0.000241324801259), (0.0149448509084, 0.000282279489357, 0.999888279634)37.1983062882, 121.791598155, -0.175427272336
3given(-0.999843051499, -0.00306289131344, 0.0174496723925), (0.00312306235537, -0.99998926795, 0.0034220558263), (0.0174390037367, 0.00347601515472, 0.999841886734)37.1216309481, 121.488058325, -0.339157202669

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Gn


分子量: 36195.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SFTS virus JS4 (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F1BWV6
#2: タンパク質 Ab1-H


分子量: 24761.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 / 非ポリマー , 2種, 149分子 CF

#3: 抗体 Ab1-L


分子量: 23552.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 6分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Potassium bromide, 0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5, 3 % w/v gamma-PGA (Na+ form, LM), 30 % v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.00389 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00389 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 58608 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 60.82 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5 % / Num. unique obs: 5794 / CC1/2: 0.583 / Rpim(I) all: 0.516 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→46.71 Å / SU ML: 0.4298 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2204
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2908 2942 5.02 %
Rwork0.2396 55638 -
obs0.2421 58580 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11384 0 112 147 11643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010311794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.232516002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06061746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01382040
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1441639
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.865454616241
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.832763649556
ens_3d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.774634169939
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.850.37811100.29762395X-RAY DIFFRACTION89.91
2.85-2.890.37891290.30082626X-RAY DIFFRACTION100
2.89-2.950.33241350.2882687X-RAY DIFFRACTION100
2.95-30.33291330.27982639X-RAY DIFFRACTION99.96
3-3.070.32251460.26662638X-RAY DIFFRACTION99.96
3.07-3.130.34281270.26252673X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.20.30681590.25872605X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.280.32931240.25192679X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.370.27061500.24332639X-RAY DIFFRACTION99.96
3.37-3.470.27881350.24012653X-RAY DIFFRACTION99.93
3.47-3.580.32461560.23772656X-RAY DIFFRACTION99.86
3.58-3.710.31161690.2372594X-RAY DIFFRACTION99.82
3.71-3.860.30471390.22512715X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.040.27661540.21842644X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.250.26041510.2042623X-RAY DIFFRACTION99.96
4.25-4.520.22341230.19062681X-RAY DIFFRACTION99.93
4.52-4.860.24951350.20152682X-RAY DIFFRACTION99.79
4.86-5.350.25771330.20822694X-RAY DIFFRACTION99.79
5.35-6.130.30261400.24312674X-RAY DIFFRACTION99.72
6.13-7.710.28911530.26792690X-RAY DIFFRACTION99.93
7.71-46.710.30641410.28492751X-RAY DIFFRACTION99.45
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.3067984685 Å / Origin y: 60.854891101 Å / Origin z: 81.9453490509 Å
111213212223313233
T0.418925636301 Å2-0.027743060281 Å20.00727341259637 Å2-0.389290470802 Å20.00427776914934 Å2--0.322103495429 Å2
L0.372701302492 °2-0.291282932114 °20.05008564877 °2-0.63529071606 °20.0145981984178 °2--0.191927250848 °2
S0.0590168726646 Å °-0.0872362000869 Å °-0.00667167909096 Å °0.0319936890661 Å °-0.012088673917 Å °-0.000797293609451 Å °0.00842098785492 Å °-0.00165214640109 Å °-0.0445799336503 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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