PDB-8wsp: Crystal structure of SFTSV Gn and antibody SF5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wsp

タイトル

Crystal structure of SFTSV Gn and antibody SF5

要素

Ab5-H
Ab5-L
Gn

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Virus / Antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

SFTS virus SD4 (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Chang, Z. / Gao, F. / Wu, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Bispecific antibodies targeting two glycoproteins on SFTSV exhibit synergistic neutralization and protection in a mouse model.
著者: Zhen Chang / Dan Gao / Liying Liao / Junqing Sun / Gen Zhang / Xue Zhang / Feiran Wang / Chunrui Li / Babayemi Olawale Oladejo / Shihua Li / Yan Chai / Yongfei Hu / Xuancheng Lu / Haixia Xiao ...
要旨: Severe fever with thrombocytopenia syndrome (SFTS) is an emerging infectious disease with a high fatality rate of up to 30% caused by SFTS virus (SFTSV). However, no specific vaccine or antiviral ...

履歴

登録	2023年10月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wsp.cif.gz	712.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wsp.ent.gz	490.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wsp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wsp_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wsp_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8wsp_validation.xml.gz	59.8 KB	表示
CIF形式データ	8wsp_validation.cif.gz	85.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/8wsp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/8wsp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	37756C 8wqwC 8wsnC 8wsuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gn

B: Ab5-H

C: Ab5-L

D: Gn

E: Ab5-H

F: Ab5-L

ヘテロ分子

169 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gn

B: Ab5-H

C: Ab5-L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
84.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Gn

E: Ab5-H

F: Ab5-L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.876, 111.331, 191.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 16 through 293 or resid 302...
d_2	ens_1	chain "D"
d_1	ens_2	(chain "B" and (resid 1 through 132 or resid 145 through 224))
d_2	ens_2	chain "E"
d_1	ens_3	(chain "C" and resid 3 through 211)
d_2	ens_3	chain "F"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASP	ASP	GLU	GLU	A	A	16 - 293	1 - 278
d_1	2	ens_1	LYS	LYS	VAL	VAL	A	A	302 - 339	287 - 324
d_1	3	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	G	G	1
d_1	4	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	G	G	2
d_1	5	ens_1	MAN	MAN	MAN	MAN	G	G	3
d_1	6	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	H	H	1
d_1	7	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	H	H	2
d_2	1	ens_1	ASP	ASP	VAL	VAL	D	D	16 - 339	1 - 324
d_2	2	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	I	I	1
d_2	3	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	I	I	2
d_2	4	ens_1	MAN	MAN	MAN	MAN	I	I	3
d_2	5	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	J	J	1
d_2	6	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	J	J	2
d_1	1	ens_2	GLU	GLU	PHE	PHE	B	B	1 - 132	1 - 132
d_1	2	ens_2	THR	THR	LYS	LYS	B	B	145 - 224	145 - 224
d_2	1	ens_2	GLU	GLU	LYS	LYS	E	E	1 - 224	1 - 224
d_1	1	ens_3	GLU	GLU	THR	THR	C	C	3 - 211	3 - 211
d_2	1	ens_3	GLU	GLU	THR	THR	F	F	3 - 211	3 - 211

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.994788868025, 0.0958316048826, -0.0348053380953), (-0.0955358225306, 0.995375076571, 0.0100679469315), (0.035609193584, -0.00669032492793, 0.999343396878)	45.2075857516, 10.5193676437, -1.56790264947
2	given	(0.998736325815, 0.00687381127986, -0.0497845580016), (-0.00817277423399, 0.999630214817, -0.0259352923016), (0.0495878741049, 0.0263093964951, 0.998423186028)	43.6225524279, 5.66916325938, -1.74465547801
3	given	(0.996474232377, -0.0115995093866, -0.0830936555366), (0.00844102334263, 0.999232084678, -0.038262123254), (0.0834736685032, 0.0374258244127, 0.995806936275)	42.6645782371, 4.53440371139, -3.38317345781

-
抗体 , 2種, 4分子 BECF

#2: 抗体	Ab5-H 分子量: 24227.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Ab5-L 分子量: 22718.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 624分子 AD

#1: タンパク質	Gn 分子量: 36609.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SFTS virus SD4 (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F1BDJ0
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES monohydrate pH6.0, 14% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 69357 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 36.09 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3415 / CC_1/2: 0.655 / R_pim(I) all: 0.418 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.51→48.01 Å / SU ML: 0.3261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0378
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	3472	5.05 %
R_work	0.1954	65316	-
obs	0.1979	68788	98.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→48.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11238	0	134	622	11994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	11644
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0974	15799
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0586	1754
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	2019
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.5422	1650

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.640437921007
ens_2	d_2	B	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.965281220625
ens_3	d_2	C	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.27012143143

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.55	0.3631	99	0.2899	2074	X-RAY DIFFRACTION	79.22
2.55-2.59	0.3338	131	0.2658	2526	X-RAY DIFFRACTION	96.44
2.59-2.62	0.2873	133	0.238	2571	X-RAY DIFFRACTION	97.86
2.62-2.66	0.2764	144	0.2405	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.66-2.71	0.2759	126	0.2317	2620	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.71-2.76	0.2892	146	0.2215	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.76-2.81	0.2507	146	0.22	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.81-2.86	0.2821	121	0.2161	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.86-2.92	0.2742	152	0.2239	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.92-2.98	0.3002	142	0.2311	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.98-3.05	0.2775	141	0.2269	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.05-3.13	0.2809	123	0.2322	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.13-3.21	0.2876	137	0.2364	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.21-3.31	0.2854	139	0.2206	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.31-3.41	0.2409	130	0.1938	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.41-3.53	0.2228	150	0.1946	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.53-3.68	0.2659	130	0.1871	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.68-3.84	0.2433	148	0.1838	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.84-4.05	0.2278	142	0.1807	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.05-4.3	0.216	151	0.1595	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.3-4.63	0.1834	146	0.1434	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.61
4.63-5.1	0.1859	155	0.1434	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.5
5.1-5.83	0.2333	143	0.1644	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.37
5.83-7.34	0.2306	157	0.1957	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.72
7.34-48.01	0.213	140	0.2013	2800	X-RAY DIFFRACTION	97.87

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 67.4099871017 Å / Origin y: -7.72191660605 Å / Origin z: -26.0613218846 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.260324744843 Å²	-0.0486460395206 Å²	0.00851532057671 Å²	-	0.310623993926 Å²	-0.0512840429462 Å²	-	-	0.263939010373 Å²
L	0.14004016977 °²	-0.0950527151179 °²	0.0398496862151 °²	-	0.228588986071 °²	-0.0175756910878 °²	-	-	0.340259365761 °²
S	0.0346752340332 Å °	0.0446380632417 Å °	-0.0685714160952 Å °	0.0374006117094 Å °	-0.0223943767753 Å °	0.0390641572161 Å °	0.0864964017218 Å °	6.73523770023E-5 Å °	-0.00778661008099 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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