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万見
- PDB-8wsm: NLRP3 NACHT domain in complex with compound 32 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wsm
タイトルNLRP3 NACHT domain in complex with compound 32
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / inflammasome
機能・相同性
機能・相同性情報


small molecule sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex ...small molecule sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex / peptidoglycan binding / osmosensory signaling pathway / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / microtubule organizing center / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of interleukin-4 production / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / negative regulation of acute inflammatory response / The NLRP3 inflammasome / protein maturation / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / signaling adaptor activity / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein homooligomerization / Cytoprotection by HMOX1 / Metalloprotease DUBs / cellular response to virus / ADP binding / defense response / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / molecular adaptor activity / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain ...NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-XE3 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Akai, S. / Orita, T. / Adachi, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of Novel NLRP3 Inflammasome Inhibitors Composed of an Oxazole Scaffold Bearing an Acylsulfamide.
著者: Ohba, Y. / Adachi, K. / Furukawa, T. / Nishimaru, T. / Sakurai, K. / Masuo, R. / Inami, T. / Orita, T. / Akai, S. / Adachi, T. / Usui, K. / Hamada, Y. / Mori, M. / Kurimoto, T. / Wakashima, T. ...著者: Ohba, Y. / Adachi, K. / Furukawa, T. / Nishimaru, T. / Sakurai, K. / Masuo, R. / Inami, T. / Orita, T. / Akai, S. / Adachi, T. / Usui, K. / Hamada, Y. / Mori, M. / Kurimoto, T. / Wakashima, T. / Akiyama, Y. / Miyazaki, S. / Noji, S.
履歴
登録2023年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0564
ポリマ－64,1561
非ポリマー9003
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.997, 96.997, 266.057
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3


分子量: 64156.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP3 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q96P20
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-XE3 / 2-[[2-methyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]amino]-~{N}-(1,4-oxazepan-4-ylsulfonyl)-1,3-oxazole-4-carboxamide


分子量: 448.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19F3N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.5, 1.2 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→84 Å / Num. obs: 21147 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 69.54 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.016 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 17.03
反射 シェル解像度: 2.7→2.799 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 2032 / CC1/2: 0.912 / Rpim(I) all: 0.23 / Rrim(I) all: 0.32 / % possible all: 98.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→84 Å / SU ML: 0.376 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4314
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2482 972 4.6 %
Rwork0.2132 20154 -
obs0.2149 21126 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3892 0 58 17 3967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00274037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51465436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0356590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.51081519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.850.39181140.30562794X-RAY DIFFRACTION99.25
2.85-3.020.34361340.28532815X-RAY DIFFRACTION99.9
3.02-3.260.28981430.25242815X-RAY DIFFRACTION99.93
3.26-3.580.24761270.22372849X-RAY DIFFRACTION99.93
3.58-4.10.25381380.2042870X-RAY DIFFRACTION99.93
4.1-5.170.1841490.17662903X-RAY DIFFRACTION99.93
5.17-840.26021670.20933108X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.65199962132-2.63636044451-1.683674815093.76751244618-2.938271055359.35600752209-0.0335596694665-0.6036090403020.4490763013210.2063112128140.190947232509-0.458029889565-0.1319953490260.932114515357-0.1575954652930.589423632016-0.170417487591-0.07540602955390.847939502907-0.2563969270330.72068071571420.345334165544.9499567541150.199418805
22.26551292252-1.39164891114-1.959756645781.248705448431.700107457983.77403370355-0.125289230479-0.192625724992-0.05233765003560.2532643477990.0590335089690.04221080866040.5090618145150.1902552261120.02781955239670.510411364545-0.06686661354240.06615353368590.483704910403-0.08213014439270.62294911535215.546129596237.9528679464142.046856197
32.594909651770.430759328274-0.5232225818754.01391635582-1.259440999676.1430078722-0.106007591440.161332136615-0.5149549466410.141665535917-0.1495045344010.2654784212610.975947488551-0.2496272110720.2759748137820.693920619512-0.07173641459650.1274126087560.617644732962-0.2241005145740.87083316234311.600068827125.2095498448124.045048174
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 134 through 220 )134 - 2201 - 51
22chain 'A' and (resid 221 through 465 )221 - 46552 - 285
33chain 'A' and (resid 466 through 676 )466 - 676286 - 472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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