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- PDB-8wrz: Cry-EM structure of cannabinoid receptor-beta-arrestin-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wrz
タイトルCry-EM structure of cannabinoid receptor-beta-arrestin-1 complex
要素
  • Beta-arrestin-1
  • Soluble cytochrome b562,Cannabinoid receptor 1
  • Vasopressin V2 receptor
  • scfv30 light chain, scfv30 heavy chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / complex / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / cannabinoid signaling pathway / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / angiotensin receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling ...renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / cannabinoid signaling pathway / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / angiotensin receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Activation of SMO / hemostasis / telencephalon development / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / negative regulation of interleukin-8 production / G protein-coupled receptor internalization / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / arrestin family protein binding / axonal fasciculation / regulation of metabolic process / Lysosome Vesicle Biogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / stress fiber assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of vasoconstriction / pseudopodium / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of receptor internalization / enzyme inhibitor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / negative regulation of Notch signaling pathway / endocytic vesicle / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to hormone stimulus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / insulin-like growth factor receptor binding / clathrin-coated pit / response to cytokine / negative regulation of protein ubiquitination / GTPase activator activity / cytoplasmic vesicle membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / G protein-coupled receptor binding / MAP2K and MAPK activation / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / endocytic vesicle membrane / positive regulation of protein phosphorylation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Clathrin-mediated endocytosis / glucose homeostasis / protein transport / actin cytoskeleton / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / growth cone / presynaptic membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / molecular adaptor activity / mitochondrial outer membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / periplasmic space / transcription coactivator activity / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / endosome / nuclear body / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane raft / iron ion binding / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / lysosomal membrane / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain ...Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8D0 / Soluble cytochrome b562 / Cannabinoid receptor 1 / Vasopressin V2 receptor / Beta-arrestin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Phage display vector pTDisp (その他)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wang, Y.X. / Wang, T. / Wu, L.J. / Hua, T. / Liu, Z.J.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91953202 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37030104 中国
National Science Foundation (NSF, China)32022038 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930060 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870744 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of cannabinoid receptor CB1-β-arrestin complex.
著者: Yuxia Wang / Lijie Wu / Tian Wang / Junlin Liu / Fei Li / Longquan Jiang / Zhongbo Fan / Yanan Yu / Na Chen / Qianqian Sun / Qiwen Tan / Tian Hua / Zhi-Jie Liu /
履歴
登録2023年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年2月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02024年4月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / em_entity_assembly / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
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改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / em_entity_assembly ...em_admin / em_entity_assembly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct
Item: _em_admin.last_update / _em_admin.title ..._em_admin.last_update / _em_admin.title / _em_entity_assembly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 2.32025年6月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-arrestin-1
L: scfv30 light chain, scfv30 heavy chain
R: Soluble cytochrome b562,Cannabinoid receptor 1
V: Vasopressin V2 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,9095
ポリマ－129,4644
非ポリマー4461
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Beta-arrestin-1


分子量: 44271.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARRB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49407
#2: 抗体 scfv30 light chain, scfv30 heavy chain


分子量: 28693.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phage display vector pTDisp (その他)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: タンパク質 Soluble cytochrome b562,Cannabinoid receptor 1


分子量: 53577.543 Da / 分子数: 1 / Mutation: M29W, H124I, T210I, E273K, T283V, R340E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The chimera of Cytochrome b-562, linker, and Cannabinoid receptor 1
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, CNR1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): CNR1 / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P21554
#4: タンパク質・ペプチド Vasopressin V2 receptor


分子量: 2920.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AVPR2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): CNR / 参照: UniProt: P30518
#5: 化合物 ChemComp-8D0 / (6~{a}~{R},9~{R},10~{a}~{R})-9-(hydroxymethyl)-3-(8-isothiocyanato-2-methyl-octan-2-yl)-6,6-dimethyl-6~{a},7,8,9,10,10~{a}-hexahydrobenzo[c]chromen-1-ol / AM-841


分子量: 445.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H39NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 1 complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 25847

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130058 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0047069
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7849602
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.704980
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471106
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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