PDB-8wps: Anabaena McyI R166M with prebound NAD and malate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wps

タイトル

Anabaena McyI R166M with prebound NAD and malate

要素

McyI

キーワード

OXIDOREDUCTASE / hepatotoxin / microcystin / cofactor / Anabaena

機能・相同性

(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

Anabaena sp. 90 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wang, X. / Yin, Y. / Duan, Y. / Liu, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of the microcystin tailoring enzyme McyI.
著者: Wang, X. / Yin, Y. / Cheng, W.L. / Duan, Y.F. / Li, Y.S. / Wang, J. / Wang, M. / Dai, H.E. / Liu, L.

履歴

登録	2023年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wps.cif.gz	151.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wps.ent.gz	116 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wps_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wps_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8wps_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	8wps_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wphC 8wpiC 8wpjC 8wpoC 8wpqC 8wprC 1wwkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: McyI

ヘテロ分子

39.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: McyI

ヘテロ分子

A: McyI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.081, 61.081, 173.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-587- HOH

#1: タンパク質	McyI 分子量: 38935.949 Da / 分子数: 1 / 変異: R166M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. 90 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.01 M tri-Sodium citrate , 16% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 30403 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.121 / Χ²: 1.091 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 335464

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.97	11.3	1.266	2992	0.706	0.91	0.389	1.325	0.967	100
1.97-2.05	10.7	0.829	2959	0.847	0.958	0.262	0.87	0.962	100
2.05-2.14	11.3	0.575	2964	0.929	0.981	0.176	0.602	1.017	100
2.14-2.25	11.6	0.419	3019	0.959	0.989	0.127	0.438	1.094	99.9
2.25-2.39	11.2	0.304	2984	0.977	0.994	0.094	0.319	1.093	100
2.39-2.58	10.8	0.202	3025	0.987	0.997	0.063	0.212	1.127	100
2.58-2.84	11.5	0.155	3012	0.992	0.998	0.047	0.162	1.171	100
2.84-3.25	10.8	0.114	3065	0.994	0.999	0.036	0.119	1.192	99.9
3.25-4.09	11.3	0.087	3102	0.996	0.999	0.027	0.091	1.152	100
4.09-50	9.9	0.074	3281	0.996	0.999	0.024	0.078	1.128	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WWK

1wwk

解像度: 1.9→30.54 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	1513	4.99 %
R_work	0.1709	-	-
obs	0.1727	30329	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2489	0	9	254	2752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2576
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	3516
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.557	953
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	421
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.96	0.2481	102	0.2507	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
1.96-2.03	0.2629	138	0.2096	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.11	0.2315	160	0.2009	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.21	0.2467	151	0.1917	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.33	0.2508	134	0.1885	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.47	0.22	139	0.1794	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.66	0.2344	139	0.1804	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.93	0.2052	168	0.1881	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.35	0.2347	105	0.1765	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-4.22	0.2086	122	0.1587	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-30.54	0.1638	155	0.148	2797	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.6814 Å / Origin y: 8.1998 Å / Origin z: -4.5189 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3167 Å²	0.0024 Å²	0.0138 Å²	-	0.2372 Å²	-0.0431 Å²	-	-	0.286 Å²
L	0.4495 °²	-0.2985 °²	-0.11 °²	-	0.4495 °²	-0.469 °²	-	-	0.5347 °²
S	0.0777 Å °	-0.0563 Å °	0.0649 Å °	-0.0753 Å °	-0.0162 Å °	0.0009 Å °	-0.0888 Å °	-0.0649 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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