+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8wpr | ||||||
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Title | Anabaena McyI R166A with prebound NAD and malate | ||||||
Components | McyI | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / hepatotoxin / microcystin / cofactor / Anabaena | ||||||
Function / homology | (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE Function and homology information | ||||||
Biological species | Anabaena sp. 90 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Wang, X. / Yin, Y. / Duan, Y. / Liu, L. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Anabaena McyI with prebound NAD and soaked NADP Authors: Xiao, W. / Yue, Y. / Yafei, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8wpr.cif.gz | 157.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8wpr.ent.gz | 121.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8wpr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8wpr_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8wpr_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 8wpr_validation.xml.gz | 20.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8wpr_validation.cif.gz | 28.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wpr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8wphC 8wpiC 8wpjC 8wpoC 8wpqC 8wpsC 1wwkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38875.832 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: R166A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Anabaena sp. 90 (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#2: Chemical | ChemComp-LMR / ( |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Chemical | ChemComp-NAD / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.01 M tri-Sodium citrate , 16% (w/v) PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 4, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 42382 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 18 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 1.869 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 761880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1WWK Resolution: 1.7→45.22 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→45.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 14.7413 Å / Origin y: -8.2637 Å / Origin z: -4.5544 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |