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- PDB-8wpm: Cryo-EM structure of the human TRPC1/C4 heteromer in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wpm
タイトルCryo-EM structure of the human TRPC1/C4 heteromer in complex with Pico145
要素
  • Short transient receptor potential channel 1
  • Short transient receptor potential channel 4
キーワードMETAL TRANSPORT / transient receptor potential
機能・相同性
機能・相同性情報


Role of second messengers in netrin-1 signaling / gamma-aminobutyric acid secretion / store-operated calcium channel activity / melanin biosynthetic process / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / calcium ion import / TRP channels / cortical cytoskeleton / oligodendrocyte differentiation ...Role of second messengers in netrin-1 signaling / gamma-aminobutyric acid secretion / store-operated calcium channel activity / melanin biosynthetic process / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / calcium ion import / TRP channels / cortical cytoskeleton / oligodendrocyte differentiation / regulation of cardiac conduction / regulation of cytosolic calcium ion concentration / monoatomic cation channel activity / Ion homeostasis / calcium channel complex / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / beta-catenin binding / calcium ion transmembrane transport / caveola / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport / ATPase binding / basolateral plasma membrane / transmembrane transporter binding / receptor complex / cadherin binding / signaling receptor binding / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical 1 / Transient receptor potential channel, canonical 4 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. ...Transient receptor potential channel, canonical 1 / Transient receptor potential channel, canonical 4 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PJQ / Short transient receptor potential channel 1 / Short transient receptor potential channel 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Won, J. / Jeong, H. / Lee, H.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Other privateSSTF-BA2101-13 韓国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the heteromeric TRPC1/TRPC4 channel.
著者: Jongdae Won / Jinhyeong Kim / Jinsung Kim / Juyeon Ko / Christine Haewon Park / Byeongseok Jeong / Sang-Eun Lee / Hyeongseop Jeong / Sun-Hong Kim / Hyunwoo Park / Insuk So / Hyung Ho Lee /
要旨: Transient receptor potential (TRP) ion channels have a crucial role as cellular sensors, mediating diverse physical and chemical stimuli. The formation of heteromeric structures expands the ...Transient receptor potential (TRP) ion channels have a crucial role as cellular sensors, mediating diverse physical and chemical stimuli. The formation of heteromeric structures expands the functionality of TRP channels; however, their molecular architecture remains largely unknown. Here we present the cryo-electron microscopy structures of the human TRPC1/TRPC4 heteromer in the apo and antagonist-bound states, both consisting of one TRPC1 subunit and three TRPC4 subunits. The heteromer structure reveals a distinct ion-conduction pathway, including an asymmetrically constricted selectivity filter and an asymmetric lower gate, primarily attributed to the incorporation of TRPC1. Through a structure-guided electrophysiological assay, we show that both the selectivity filter and the lower part of the S6 helix participate in deciding overall preference for permeating monovalent cations. Moreover, we reveal that the introduction of one lysine residue of TRPC1 into the tetrameric central cavity is enough to render one of the most important functional consequences of TRPC heteromerization: reduced calcium permeability. Our results establish a framework for addressing the structure-function relationship of the heteromeric TRP channels.
履歴
登録2023年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年10月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _em_admin.last_update
改定 1.42025年3月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short transient receptor potential channel 1
B: Short transient receptor potential channel 4
C: Short transient receptor potential channel 4
D: Short transient receptor potential channel 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)409,64315
ポリマ－407,1624
非ポリマー2,48111
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Short transient receptor potential channel 1 / TrpC1 / Transient receptor protein 1 / TRP-1


分子量: 91688.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GPVD (1-4) linker / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPC1, TRP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48995
#2: タンパク質 Short transient receptor potential channel 4 / TrpC4 / Trp-related protein 4 / hTrp-4 / hTrp4


分子量: 105157.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SRASTVPRARDPPVATLEVLFQ (894-915), linker / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPC4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBN4
#3: 化合物
ChemComp-PJQ / 7-[(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-1-(3-oxidanylpropyl)-8-[3-(trifluoromethyloxy)phenoxy]purine-2,6-dione


分子量: 524.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20ClF3N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of a TRP channel complex, apo state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 67.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51926 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00522523
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.78130504
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0042932
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443420
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0073803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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