PDB-8wpj: Anabaena McyI with prebound NAD and soaked NAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wpj

タイトル

Anabaena McyI with prebound NAD and soaked NAD

要素

McyI

キーワード

OXIDOREDUCTASE / hepatotoxin / microcystin / cofactor / Anabaena

機能・相同性

NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

Anabaena sp. 90 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Wang, X. / Yin, Y. / Duan, Y. / Liu, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of the microcystin tailoring enzyme McyI.
著者: Wang, X. / Yin, Y. / Cheng, W.L. / Duan, Y.F. / Li, Y.S. / Wang, J. / Wang, M. / Dai, H.E. / Liu, L.

履歴

登録	2023年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wpj.cif.gz	265.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wpj.ent.gz	216.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wpj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wpj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wphC 8wpiC 8wpoC 8wpqC 8wprC 8wpsC 1wwkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: McyI

B: McyI

ヘテロ分子

80.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.050, 75.050, 127.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	NAD	NAD	chain A	A	A - D	18 - 402	38
2	TRP	TRP	chain B	B	B	18 - 335	38 - 355

#1: タンパク質	McyI 分子量: 38961.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. 90 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM trimethylamine N-oxide, 100 mM Tris HCl, pH 8.5, 20% PEG 2000 MME, 15 mM NAD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 17359 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 1736 / CC_1/2: 0.675

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WWK

1wwk

解像度: 2.8→48.983 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2534	896	5.17 %
R_work	0.2002	16426	-
obs	0.2029	17322	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 242.44 Å² / B_iso mean: 86.3775 Å² / B_iso min: 37.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→48.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4860	0	176	6	5042
B_iso mean	-	-	81.51	67.74	-
残基数	-	-	-	-	636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5138
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.672	7016
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	842
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	872
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.709	3052

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2985	X-RAY DIFFRACTION	7.422	TORSIONAL
1	2	B	2985	X-RAY DIFFRACTION	7.422	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.8-2.9753	0.3142	124	0.2842	2750	100
2.9753-3.205	0.3175	150	0.2742	2737	99
3.205-3.5274	0.3319	168	0.2429	2702	100
3.5274-4.0377	0.2731	142	0.2149	2750	100
4.0377-5.0862	0.2141	169	0.1671	2721	100
5.0862-48.983	0.2208	143	0.1733	2766	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.6078 Å / Origin y: 25.8472 Å / Origin z: -6.1331 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4779 Å²	-0.0347 Å²	0.0265 Å²	-	0.4534 Å²	0.0248 Å²	-	-	0.4521 Å²
L	1.736 °²	-0.8305 °²	0.1735 °²	-	2.0233 °²	0.2233 °²	-	-	1.9292 °²
S	0.0029 Å °	0.0897 Å °	0.2527 Å °	0.0481 Å °	-0.0002 Å °	-0.0575 Å °	-0.1301 Å °	-0.1003 Å °	-0.0057 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	18 - 402
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	18 - 335
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	401
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	402
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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