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- PDB-8wpj: Anabaena McyI with prebound NAD and soaked NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wpj
タイトルAnabaena McyI with prebound NAD and soaked NAD
要素McyI
キーワードOXIDOREDUCTASE / hepatotoxin / microcystin / cofactor / Anabaena
機能・相同性NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Anabaena sp. 90 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, X. / Yin, Y. / Duan, Y. / Liu, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of the microcystin tailoring enzyme McyI.
著者: Wang, X. / Yin, Y. / Cheng, W.L. / Duan, Y.F. / Li, Y.S. / Wang, J. / Wang, M. / Dai, H.E. / Liu, L.
履歴
登録2023年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: McyI
B: McyI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5786
ポリマ－77,9242
非ポリマー2,6544
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8480 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area26940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.050, 75.050, 127.305
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1NADNADchain AAA - D18 - 40238
2TRPTRPchain BBB18 - 33538 - 355

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要素

#1: タンパク質 McyI


分子量: 38961.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. 90 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM trimethylamine N-oxide, 100 mM Tris HCl, pH 8.5, 20% PEG 2000 MME, 15 mM NAD

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 17359 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 1736 / CC1/2: 0.675

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WWK

1wwk


解像度: 2.8→48.983 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 896 5.17 %
Rwork0.2002 16426 -
obs0.2029 17322 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 242.44 Å2 / Biso mean: 86.3775 Å2 / Biso min: 37.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4860 0 176 6 5042
Biso mean--81.51 67.74 -
残基数----636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6727016
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045842
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7093052
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2985X-RAY DIFFRACTION7.422TORSIONAL
12B2985X-RAY DIFFRACTION7.422TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8-2.97530.31421240.28422750100
2.9753-3.2050.31751500.2742273799
3.205-3.52740.33191680.24292702100
3.5274-4.03770.27311420.21492750100
4.0377-5.08620.21411690.16712721100
5.0862-48.9830.22081430.1733276699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6078 Å / Origin y: 25.8472 Å / Origin z: -6.1331 Å
111213212223313233
T0.4779 Å2-0.0347 Å20.0265 Å2-0.4534 Å20.0248 Å2--0.4521 Å2
L1.736 °2-0.8305 °20.1735 °2-2.0233 °20.2233 °2--1.9292 °2
S0.0029 Å °0.0897 Å °0.2527 Å °0.0481 Å °-0.0002 Å °-0.0575 Å °-0.1301 Å °-0.1003 Å °-0.0057 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA18 - 402
2X-RAY DIFFRACTION1allB18 - 335
3X-RAY DIFFRACTION1allB401
4X-RAY DIFFRACTION1allB402
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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