PDB-8wpi: Anabaena McyI with prebound NAD and soaked NADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wpi

タイトル

Anabaena McyI with prebound NAD and soaked NADP

要素

McyI

キーワード

OXIDOREDUCTASE / hepatotoxin / microcystin / cofactor / Anabaena

機能・相同性

NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Anabaena sp. 90 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Wang, X. / Yin, Y. / Duan, Y. / Liu, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of the microcystin tailoring enzyme McyI.
著者: Wang, X. / Yin, Y. / Cheng, W.L. / Duan, Y.F. / Li, Y.S. / Wang, J. / Wang, M. / Dai, H.E. / Liu, L.

履歴

登録	2023年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wpi.cif.gz	279.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wpi.ent.gz	225.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wpi_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wpi_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8wpi_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	8wpi_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wphC 8wpjC 8wpoC 8wpqC 8wprC 8wpsC 1wwkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: McyI

B: McyI

ヘテロ分子

81.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.549, 74.549, 127.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	NAD	NAD	chain A	A	A - C	18 - 401	38
2	TRP	TRP	chain B	B	B	18 - 335	38 - 355

#1: タンパク質	McyI 分子量: 38961.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. 90 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 20% (w/v) PEG 2000 MME, 15 mM NADP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 35329 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 27.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 3499 / CC_1/2: 0.809

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WWK

1wwk

解像度: 2.201→48.522 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	1725	4.89 %
R_work	0.176	33540	-
obs	0.1775	35265	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 184.84 Å² / B_iso mean: 63.1212 Å² / B_iso min: 24.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.201→48.522 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4860	0	236	217	5313
B_iso mean	-	-	57.16	56.81	-
残基数	-	-	-	-	636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.79	7112
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	850
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	876
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.609	1868

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2997	X-RAY DIFFRACTION	8.717	TORSIONAL
1	2	B	2997	X-RAY DIFFRACTION	8.717	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2014-2.2662	0.267	147	0.2401	2762	100
2.2662-2.3393	0.2679	125	0.2292	2819	100
2.3393-2.4229	0.2947	157	0.2229	2767	100
2.4229-2.5199	0.2572	165	0.2174	2768	100
2.5199-2.6346	0.2182	137	0.1979	2798	100
2.6346-2.7735	0.2409	144	0.2008	2814	100
2.7735-2.9472	0.2362	149	0.1987	2768	100
2.9472-3.1748	0.2276	131	0.2015	2791	100
3.1748-3.4942	0.2061	159	0.1863	2787	100
3.4942-3.9996	0.2034	143	0.1598	2809	100
3.9996-5.0382	0.1527	122	0.1406	2848	100
5.0382-48.522	0.1887	146	0.1604	2809	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -24.8358 Å / Origin y: -14.8364 Å / Origin z: 6.6906 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2694 Å²	-0.0421 Å²	0.0264 Å²	-	0.3113 Å²	0.0125 Å²	-	-	0.2479 Å²
L	1.9949 °²	-0.7778 °²	0.4275 °²	-	1.5733 °²	-0.0206 °²	-	-	1.7026 °²
S	-0.0027 Å °	0.0439 Å °	-0.174 Å °	0.0764 Å °	0.0293 Å °	0.2782 Å °	-0.0568 Å °	-0.2218 Å °	-0.0281 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	18 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	402
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	403
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	403
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	18 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	401
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	402
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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