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- PDB-8wph: Anabaena McyI with prebound NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wph
タイトルAnabaena McyI with prebound NAD
要素McyI-NAD
キーワードOXIDOREDUCTASE / hepatotoxin / microcystin / cofactor / Anabaena
機能・相同性NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Anabaena sp. 90 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, X. / Yin, Y. / Duan, Y. / Liu, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of the microcystin tailoring enzyme McyI.
著者: Wang, X. / Yin, Y. / Cheng, W.L. / Duan, Y.F. / Li, Y.S. / Wang, J. / Wang, M. / Dai, H.E. / Liu, L.
履歴
登録2023年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: McyI-NAD
B: McyI-NAD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2514
ポリマ－77,9242
非ポリマー1,3272
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area26560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.038, 74.038, 128.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 17 through 147 or (resid 148...
21(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISASNASN(chain A and (resid 17 through 147 or (resid 148...AA17 - 14737 - 167
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 17 through 147 or (resid 148...AA148168
13HISHISNADNAD(chain A and (resid 17 through 147 or (resid 148...AA - C17 - 50137
14HISHISNADNAD(chain A and (resid 17 through 147 or (resid 148...AA - C17 - 50137
15HISHISNADNAD(chain A and (resid 17 through 147 or (resid 148...AA - C17 - 50137
16HISHISNADNAD(chain A and (resid 17 through 147 or (resid 148...AA - C17 - 50137
21HISHISLEULEU(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...BB17 - 23237 - 252
22GLUGLUALAALA(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...BB233 - 234253 - 254
23HISHISNADNAD(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...BB - D17 - 50137
24HISHISNADNAD(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...BB - D17 - 50137
25HISHISNADNAD(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...BB - D17 - 50137
26GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...BB255275
27GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...BB255275
28HISHISNADNAD(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...BB - D17 - 50137
29HISHISNADNAD(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...BB - D17 - 50137
210HISHISNADNAD(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...BB - D17 - 50137
211HISHISNADNAD(chain B and (resid 17 through 232 or (resid 233...BB - D17 - 50137

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要素

#1: タンパク質 McyI-NAD


分子量: 38961.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. 90 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 20% (w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 17029 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 1700 / CC1/2: 0.776

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WWK

1wwk


解像度: 2.8→48.482 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2456 806 4.87 %
Rwork0.1945 15732 -
obs0.197 16538 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 193.95 Å2 / Biso mean: 56.7813 Å2 / Biso min: 17.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4793 0 88 95 4976
Biso mean--33.07 34.66 -
残基数----636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8916782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005853
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3321804
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2852X-RAY DIFFRACTION13.546TORSIONAL
12B2852X-RAY DIFFRACTION13.546TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8001-2.97550.32521400.2669223784
2.9755-3.20520.29841240.24592693100
3.2052-3.52770.29421370.23762727100
3.5277-4.0380.2561250.1923265098
4.038-5.08650.22881450.15452684100
5.0865-48.4820.1851350.16972741100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 59.7192 Å / Origin y: 48.3556 Å / Origin z: 55.4699 Å
111213212223313233
T0.2935 Å2-0.0043 Å2-0.0089 Å2-0.1993 Å2-0.0201 Å2--0.235 Å2
L0.9835 °2-0.1256 °20.0374 °2-1.2737 °2-0.6575 °2--1.6811 °2
S0.0094 Å °0.0695 Å °-0.1313 Å °-0.1142 Å °0.0348 Å °-0.0477 Å °0.2031 Å °0.0437 Å °-0.0326 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA17 - 501
2X-RAY DIFFRACTION1allB17 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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