PDB-8wou: The crystal structure of aspartate aminotransferases Lpg0070 from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wou

タイトル

The crystal structure of aspartate aminotransferases Lpg0070 from Legionella pneumophila

要素

Aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aspartate aminotransferase / Legionella pneumophila

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Gao, Y.S. / Hua, L. / Xie, R.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of an aspartate aminotransferase Lpg0070 from Legionella pneumophila.
著者: Gao, Y. / Yang, X. / Hua, L. / Wang, M. / Ge, Q. / Wang, W. / Wang, N. / Ma, J. / Ge, H.

履歴

登録	2023年10月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wou.cif.gz	171.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wou.ent.gz	129 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wou_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wou_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8wou_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	8wou_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/8wou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/8wou	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wkjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminotransferase

B: Aminotransferase

ヘテロ分子

88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.160, 201.020, 151.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Aminotransferase 分子量: 43822.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_15565, DIZ43_09905, ERS253283_01083, NCTC12000_00087 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A130QXX8, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium sulfate 20% w/v PEG 3350 10% v/v Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月19日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→75.86 Å / Num. obs: 55245 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / B_iso Wilson estimate: 45.06 Å² / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.14→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4077 / CC_1/2: 0.579 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	0.7.7	データ削減
PHASER	2.7.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.14→75.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.303 / WR_factor R_work: 0.256 / Average fsc free: 0.9137 / Average fsc work: 0.9295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2816	2715	4.92 %
R_work	0.2357	52464	-
all	0.238	-	-
obs	-	55179	99.751 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.673 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.672 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→75.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6022	0	20	185	6227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	6154
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	5916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.496	1.649	8370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.741	1.568	13638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.252	5	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	0.59	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.931	10	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.137	10	264
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	962
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.233	0.2	5723
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.08	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.085	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.386	5.455	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.385	5.455	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.203	9.772	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.202	9.774	3915
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.51	5.795	3020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.494	5.788	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.309	10.454	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.299	10.442	4433
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.563	49.757	6942
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.567	49.771	6921

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.14-2.196	0.365	197	0.335	3871	0.336	4069	0.881	0.892	99.9754	0.326
2.196-2.256	0.538	200	0.456	3716	0.461	3936	0.813	0.798	99.4919	0.456
2.256-2.321	0.507	175	0.414	3605	0.418	3817	0.781	0.829	99.0306	0.406
2.321-2.392	0.351	167	0.303	3563	0.305	3733	0.915	0.924	99.9196	0.283
2.392-2.471	0.336	173	0.27	3431	0.273	3605	0.912	0.941	99.9723	0.252
2.471-2.557	0.326	183	0.269	3288	0.272	3478	0.937	0.947	99.7987	0.252
2.557-2.654	0.322	184	0.261	3210	0.265	3400	0.928	0.95	99.8235	0.244
2.654-2.762	0.352	158	0.274	3081	0.278	3243	0.916	0.948	99.8767	0.256
2.762-2.885	0.343	155	0.281	2968	0.284	3125	0.929	0.947	99.936	0.262
2.885-3.025	0.355	141	0.271	2872	0.275	3016	0.924	0.948	99.9005	0.259
3.025-3.189	0.33	143	0.283	2691	0.286	2839	0.926	0.947	99.8239	0.277
3.189-3.382	0.332	115	0.273	2588	0.276	2706	0.918	0.951	99.8891	0.27
3.382-3.615	0.299	127	0.256	2425	0.258	2558	0.943	0.956	99.7654	0.257
3.615-3.903	0.269	122	0.232	2244	0.233	2375	0.955	0.964	99.621	0.244
3.903-4.275	0.236	118	0.185	2066	0.188	2190	0.966	0.978	99.726	0.214
4.275-4.778	0.188	93	0.161	1915	0.162	2010	0.979	0.984	99.9005	0.2
4.778-5.513	0.218	81	0.179	1689	0.181	1770	0.973	0.982	100	0.225
5.513-6.743	0.214	95	0.205	1425	0.205	1522	0.97	0.975	99.8686	0.258
6.743-9.499	0.201	60	0.164	1144	0.166	1207	0.975	0.983	99.7514	0.208
9.499-75.86	0.204	28	0.199	673	0.199	717	0.978	0.977	97.7685	0.237

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新型コロナ情報

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