PDB-8wkj: The crystal structure of aspartate aminotransferases Lpg0070 from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wkj

タイトル

The crystal structure of aspartate aminotransferases Lpg0070 from Legionella pneumophila

要素

Aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aspartate aminotransferase / Legionella pneumophila

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの / amino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Gao, Y.S. / Hua, L. / Xie, R.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of an aspartate aminotransferase Lpg0070 from Legionella pneumophila.
著者: Gao, Y. / Yang, X. / Hua, L. / Wang, M. / Ge, Q. / Wang, W. / Wang, N. / Ma, J. / Ge, H.

履歴

登録	2023年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wkj.cif.gz	105.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wkj.ent.gz	74 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wkj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/8wkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/8wkj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wouC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminotransferase

ヘテロ分子

44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminotransferase

ヘテロ分子

A: Aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.425, 105.425, 165.471
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: x+1/2,-y,-z+3/4 #5: -x+1/2,y,-z+3/4 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1,x+1/2,z+5/4 #11: y+1,-x+1/2,z+5/4 #12: x+1,-y+1/2,-z+5/4 #13: -x+1,y+1/2,-z+5/4 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-661- HOH
2	1	A-811- HOH
3	1	A-824- HOH
4	1	A-880- HOH

#1: タンパク質	Aminotransferase 分子量: 43822.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_15565, DIZ43_09905, ERS253283_01083, NCTC12000_00087 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A130QXX8, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Ammonium sulfate 0.05 M Magnesium sulfate heptahydrate 0.1 M Sodium citrate 5.5 22.5 % v/v PEG Smear Medium

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月19日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 51188 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 24.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.29 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.138 / Χ²: 0.983 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 1236043

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.76	19.2	1.373	4639	0.707	0.91	0.311	1.411	0.892	90.7
1.76-1.83	22.3	1.011	5082	0.862	0.962	0.215	1.035	0.921	99.9
1.83-1.91	25.2	0.708	5075	0.945	0.986	0.142	0.722	0.947	99.9
1.91-2.02	24.3	0.472	5096	0.97	0.992	0.097	0.483	0.98	99.8
2.02-2.14	24.7	0.325	5149	0.985	0.996	0.066	0.332	1.013	100
2.14-2.31	25.7	0.24	5133	0.992	0.998	0.048	0.245	1.028	100
2.31-2.54	25.2	0.185	5143	0.995	0.999	0.037	0.188	1.01	100
2.54-2.91	25.8	0.144	5178	0.997	0.999	0.029	0.147	1.041	100
2.91-3.66	25	0.105	5242	0.998	0.999	0.021	0.107	1.012	100
3.66-50	23.7	0.079	5451	0.998	0.999	0.017	0.081	0.941	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000	7.21	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→48.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / WR_factor R_free: 0.179 / WR_factor R_work: 0.166 / Average fsc free: 0.9761 / Average fsc work: 0.9817 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1717	2584	5.074 %
R_work	0.1554	48341	-
all	0.156	-	-
obs	-	50925	99.045 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.945 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.016 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.016 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.032 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3004	0	16	424	3444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3077
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.426	1.65	4181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.705	1.568	6814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.862	5	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.807	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.93	10	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.997	10	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	662
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.01	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.313	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.763	2.392	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.763	2.392	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.819	4.267	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.818	4.267	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.509	2.761	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.513	2.763	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.651	4.864	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.649	4.864	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.891	24.754	3739
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.627	23.603	3601

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.239	169	0.233	3152	0.233	3744	0.956	0.963	88.7019	0.209
1.744-1.792	0.271	166	0.208	3480	0.211	3652	0.951	0.971	99.8357	0.183
1.792-1.844	0.244	198	0.192	3348	0.195	3550	0.963	0.976	99.8873	0.167
1.844-1.9	0.197	159	0.183	3301	0.183	3460	0.976	0.979	100	0.159
1.9-1.963	0.201	196	0.17	3157	0.172	3360	0.973	0.981	99.7917	0.151
1.963-2.031	0.194	159	0.164	3079	0.166	3243	0.975	0.983	99.8458	0.147
2.031-2.108	0.169	173	0.155	2968	0.156	3141	0.98	0.985	100	0.142
2.108-2.194	0.161	155	0.153	2869	0.153	3024	0.985	0.985	100	0.142
2.194-2.291	0.143	169	0.144	2730	0.144	2899	0.987	0.987	100	0.139
2.291-2.403	0.152	145	0.143	2623	0.144	2768	0.985	0.987	100	0.14
2.403-2.532	0.192	108	0.141	2555	0.143	2665	0.979	0.987	99.9249	0.143
2.532-2.686	0.177	111	0.147	2384	0.148	2495	0.98	0.987	100	0.152
2.686-2.87	0.155	123	0.153	2261	0.154	2384	0.984	0.985	100	0.166
2.87-3.099	0.176	122	0.154	2105	0.156	2227	0.979	0.985	100	0.171
3.099-3.394	0.152	115	0.153	1928	0.153	2043	0.985	0.986	100	0.174
3.394-3.792	0.172	99	0.152	1765	0.153	1864	0.982	0.986	100	0.177
3.792-4.374	0.169	76	0.129	1570	0.131	1647	0.983	0.989	99.9393	0.162
4.374-5.347	0.139	62	0.141	1364	0.141	1430	0.989	0.989	99.7203	0.183
5.347-7.517	0.158	52	0.18	1067	0.179	1128	0.984	0.982	99.2021	0.233
7.517-48.92	0.189	27	0.168	635	0.169	688	0.984	0.98	96.2209	0.271

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