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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wot | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human SIDT1 protein with C2 symmetry at low pH | ||||||
![]() | SID1 transmembrane family member 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Ceramidase / putative RNA and cholesterol transport protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA transmembrane transporter activity / RNA transport / cholesterol binding / double-stranded RNA binding / lysosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | ||||||
![]() | Liu, W. / Tang, M. / Wang, J. / Zhang, X. / Wu, S. / Ru, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into cholesterol transport and hydrolase activity of a putative human RNA transport protein SIDT1. 著者: Wenxia Liu / Mengyuan Tang / Jiening Wang / Fangfang Wang / Gaojie Song / Xiaokang Zhang / Shan Wu / Heng Ru / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 278.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 221.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99695.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-CLR / #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: human SIDT1 at low pH / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 5.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52.52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 146674 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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