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万見
- PDB-8wo2: Crystal structure of H. pylori isoleucyl-tRNA synthetase (HpIleRS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wo2
タイトルCrystal structure of H. pylori isoleucyl-tRNA synthetase (HpIleRS) in complex with Val-AMP
要素Isoleucine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / isoleucyl-tRNA synthetase / Helicobacter pylori / HpIleRS / IleRS / aminoacylation
機能・相同性
機能・相同性情報


isoleucine-tRNA ligase / isoleucine-tRNA ligase activity / isoleucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isoleucine-tRNA ligase, type 1 / Isoleucyl tRNA synthetase type 1, anticodon-binding domain / Isoleucine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site ...Isoleucine-tRNA ligase, type 1 / Isoleucyl tRNA synthetase type 1, anticodon-binding domain / Isoleucine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Isoleucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Guo, Y. / Li, S. / Zhang, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for substrate and antibiotic recognition by Helicobacter pylori isoleucyl-tRNA synthetase.
著者: Chen, X. / Guo, Y. / Shi, J. / Wang, Y. / Guo, X. / Wu, G. / Li, S. / Zhang, T.
履歴
登録2023年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoleucine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8965
ポリマ－106,2341
非ポリマー6634
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area39610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.972, 53.084, 102.947
Angle α, β, γ (deg.)97.15, 92.61, 105.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Isoleucine--tRNA ligase / Isoleucyl-tRNA synthetase / IleRS


分子量: 106233.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: ileS, C2840_07400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2J9KLI1, isoleucine-tRNA ligase

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非ポリマー , 5種, 321分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-WN9 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] (2S)-2-azanyl-3-methyl-butanoate / Valyl adenylate


分子量: 446.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N6O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 2% (v/v) Tacsimate, and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50.97 Å / Num. obs: 42461 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.34→2.43 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 3.61 / Num. unique obs: 4309 / CC1/2: 0.913

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→50.97 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 2085 4.91 %
Rwork0.2097 --
obs0.2114 42442 94.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→50.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7448 0 41 317 7806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49210342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.492850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.40.34631660.33542729X-RAY DIFFRACTION95
2.4-2.460.31671400.28762684X-RAY DIFFRACTION96
2.46-2.520.30951620.24842821X-RAY DIFFRACTION97
2.52-2.60.32041160.24912731X-RAY DIFFRACTION97
2.6-2.680.30071540.24432808X-RAY DIFFRACTION98
2.68-2.780.32161290.25432833X-RAY DIFFRACTION97
2.78-2.890.30791250.22972781X-RAY DIFFRACTION98
2.89-3.020.23561440.21372804X-RAY DIFFRACTION98
3.02-3.180.23051510.21582771X-RAY DIFFRACTION98
3.18-3.380.24811290.20132814X-RAY DIFFRACTION98
3.38-3.620.22371520.19322569X-RAY DIFFRACTION97
3.7-40.1964850.18011646X-RAY DIFFRACTION71
4-4.580.18761350.15462775X-RAY DIFFRACTION97
4.58-5.770.19081610.17022783X-RAY DIFFRACTION98
5.77-50.970.251360.21772808X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41890.54690.72381.0951.30332.4186-0.07210.01020.0002-0.1225-0.10730.13430.111-0.20090.13710.2113-0.00050.03590.1628-0.02150.2064-35.1792-18.7926-26.4385
20.46770.36150.51620.82910.2441.6001-0.15390.1572-0.0701-0.1529-0.0147-0.1331-0.11380.33560.13710.1661-0.01760.04610.20770.03380.1713-11.1718-4.323-8.1033
30.39330.02470.16221.1012-0.84361.9620.0056-0.0260.05970.1759-0.1352-0.1132-0.15510.16030.10530.14160.0008-0.01440.1185-0.020.1567-11.595-9.340829.5084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 567 through 920 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 4 through 175 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 176 through 566 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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