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万見
- PDB-8wmb: Crystal Structure of Drosophila melanogaster D46A Dopamine N-Acet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wmb
タイトルCrystal Structure of Drosophila melanogaster D46A Dopamine N-Acetyltransferase in Complex with Acetyl-CoA
要素Arylalkylamine N-acetyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / Dopamine N-acetyltransferase(Dat) / GCN5-related N-acetyltransferase(GNAT) / Arylalkylamine N-acetyltransferase(AANAT)
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin-based cuticle sclerotization / serotonin catabolic process / octopamine catabolic process / melatonin biosynthetic process / aralkylamine N-acetyltransferase / aralkylamine N-acetyltransferase activity / arylamine N-acetyltransferase activity / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / catecholamine metabolic process / N-acetyltransferase activity ...chitin-based cuticle sclerotization / serotonin catabolic process / octopamine catabolic process / melatonin biosynthetic process / aralkylamine N-acetyltransferase / aralkylamine N-acetyltransferase activity / arylamine N-acetyltransferase activity / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / catecholamine metabolic process / N-acetyltransferase activity / dopamine catabolic process / sleep / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Arylalkylamine N-acetyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.645 Å
データ登録者Wu, C.Y. / Hu, I.C. / Cheng, H.C. / Lyu, P.C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)106-2311-B-007-004-MY3 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Drosophila melanogaster D46A Dopamine N-Acetyltransferase in Complex with Acetyl-CoA
著者: Wu, C.Y. / Hu, I.C. / Cheng, H.C. / Lyu, P.C.
履歴
登録2023年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arylalkylamine N-acetyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2102
ポリマ－24,4001
非ポリマー8101
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.948, 53.162, 85.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Arylalkylamine N-acetyltransferase 1


分子量: 24400.057 Da / 分子数: 1 / 変異: D46A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: speck
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q94521
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M NaH2PO4, 1.6M K2HPO4, 0.1M Imidazole, 0.2M NaCl
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→30 Å / Num. obs: 46902 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.04 Å2 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I): 21.82
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.53-303.546570.9990.0180.0351.09598.7
2.8-3.533.747110.9990.0180.0351.095100
2.45-2.83.846840.9970.0270.0531.014100
2.23-2.453.747060.9940.0410.081.15599.9
2.07-2.233.747310.9930.0520.1021.05399.9
1.94-2.073.846950.9860.0710.140.984100
1.85-1.943.846950.960.1270.2521.119100
1.77-1.853.846600.3920.1760.3481.06399.9
1.7-1.773.747450.8710.2470.4831.08699.9
1.64-1.73.246180.7840.3370.6341.10698.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
MOLREP6.5位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.645→22.744 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 1225 4.91 %
Rwork0.1854 --
obs0.1864 24957 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.5172 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.645→22.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1697 0 51 238 1986
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree error% reflection obs (%)
1.645-1.71060.30131210.25422541097
1.7106-1.78850.26231470.21125670100
1.7885-1.88270.25461350.199626180100
1.8827-2.00060.26571330.205126360100
2.0006-2.1550.2251330.182926200100
2.155-2.37160.22071280.19992615099
2.3716-2.71430.20951280.188226730100
2.7143-3.41790.19021590.18326630100
3.4179-22.7440.16761410.16562799099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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