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万見
- PDB-8wm9: Fzd4/DEP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wm9
タイトルFzd4/DEP complex
要素
  • Frizzled-4
  • Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / progesterone secretion / convergent extension involved in neural plate elongation / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior ...cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / progesterone secretion / convergent extension involved in neural plate elongation / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior / Signaling by RNF43 mutants / cochlea morphogenesis / segment specification / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Wnt receptor activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / clathrin-coated endocytic vesicle / endothelial cell differentiation / establishment of blood-brain barrier / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of dendrite morphogenesis / frizzled binding / Signaling by Hippo / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / cytokine receptor activity / WNT mediated activation of DVL / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / aggresome / heart looping / cytokine binding / outflow tract morphogenesis / negative regulation of cell-substrate adhesion / lateral plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / vasculogenesis / positive regulation of JUN kinase activity / cellular response to retinoic acid / Regulation of FZD by ubiquitination / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to leukemia inhibitory factor / TCF dependent signaling in response to WNT / Asymmetric localization of PCP proteins / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / PDZ domain binding / RHO GTPases Activate Formins / regulation of actin cytoskeleton organization / Degradation of DVL / neural tube closure / positive regulation of JNK cascade / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation / small GTPase binding / Wnt signaling pathway / apical part of cell / protein localization / cell-cell junction / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / heart development / regulation of cell population proliferation / Ca2+ pathway / cytoplasmic vesicle / protein-macromolecule adaptor activity / angiogenesis / cell population proliferation / positive regulation of protein phosphorylation / response to hypoxia / nuclear body / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein domain specific binding / protein heterodimerization activity / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain ...Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / Frizzled-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者He, Y. / Qian, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070048 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Frizzled 4 in recognition of Dishevelled 2 unveils mechanism of WNT signaling activation.
著者: Yu Qian / Zhengxiong Ma / Zhenmei Xu / Yaning Duan / Yangjie Xiong / Ruixue Xia / Xinyan Zhu / Zongwei Zhang / Xinyu Tian / Han Yin / Jian Liu / Jing Song / Yang Lu / Anqi Zhang / Changyou ...著者: Yu Qian / Zhengxiong Ma / Zhenmei Xu / Yaning Duan / Yangjie Xiong / Ruixue Xia / Xinyan Zhu / Zongwei Zhang / Xinyu Tian / Han Yin / Jian Liu / Jing Song / Yang Lu / Anqi Zhang / Changyou Guo / Lihua Jin / Woo Jae Kim / Jiyuan Ke / Fei Xu / Zhiwei Huang / Yuanzheng He /
要旨: WNT signaling is fundamental in development and homeostasis, but how the Frizzled receptors (FZDs) propagate signaling remains enigmatic. Here, we present the cryo-EM structure of FZD4 engaged with ...WNT signaling is fundamental in development and homeostasis, but how the Frizzled receptors (FZDs) propagate signaling remains enigmatic. Here, we present the cryo-EM structure of FZD4 engaged with the DEP domain of Dishevelled 2 (DVL2), a key WNT transducer. We uncover a distinct binding mode where the DEP finger-loop inserts into the FZD4 cavity to form a hydrophobic interface. FZD4 intracellular loop 2 (ICL2) additionally anchors the complex through polar contacts. Mutagenesis validates the structural observations. The DEP interface is highly conserved in FZDs, indicating a universal mechanism by which FZDs engage with DVLs. We further reveal that DEP mimics G-protein/β-arrestin/GRK to recognize an active conformation of receptor, expanding current GPCR engagement models. Finally, we identify a distinct FZD4 dimerization interface. Our findings delineate the molecular determinants governing FZD/DVL assembly and propagation of WNT signaling, providing long-sought answers underlying WNT signal transduction.
履歴
登録2023年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-4
B: Frizzled-4
C: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,99913
ポリマ－199,1323
非ポリマー4,86710
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Frizzled-4


分子量: 60047.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9ULV1
#2: タンパク質 Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / DEP


分子量: 79035.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DVL2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14641
#3: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GPCR complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.45 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95333 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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