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万見
- EMDB-37646: Fzd4/DEP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37646
タイトルFzd4/DEP complex
マップデータ
試料
  • 複合体: GPCR complex
    • タンパク質・ペプチド: Frizzled-4
    • タンパク質・ペプチド: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードGPCR complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / progesterone secretion / convergent extension involved in neural plate elongation / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior ...cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / progesterone secretion / convergent extension involved in neural plate elongation / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior / cochlea morphogenesis / Signaling by RNF43 mutants / segment specification / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / clathrin-coated endocytic vesicle / endothelial cell differentiation / establishment of blood-brain barrier / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of dendrite morphogenesis / frizzled binding / Signaling by Hippo / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / cytokine receptor activity / WNT mediated activation of DVL / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / aggresome / cytokine binding / heart looping / outflow tract morphogenesis / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of cell-substrate adhesion / lateral plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / vasculogenesis / cellular response to retinoic acid / Regulation of FZD by ubiquitination / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / TCF dependent signaling in response to WNT / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / regulation of actin cytoskeleton organization / neural tube closure / Degradation of DVL / positive regulation of JNK cascade / sensory perception of sound / RHO GTPases Activate Formins / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation / small GTPase binding / Wnt signaling pathway / apical part of cell / protein localization / cell-cell junction / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / heart development / Ca2+ pathway / cytoplasmic vesicle / protein-macromolecule adaptor activity / angiogenesis / cilium / response to hypoxia / cell population proliferation / intracellular signal transduction / nuclear body / positive regulation of cell migration / protein domain specific binding / protein heterodimerization activity / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain ...Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / Frizzled-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者He Y / Qian Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070048 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Frizzled 4 in recognition of Dishevelled 2 unveils mechanism of WNT signaling activation.
著者: Yu Qian / Zhengxiong Ma / Zhenmei Xu / Yaning Duan / Yangjie Xiong / Ruixue Xia / Xinyan Zhu / Zongwei Zhang / Xinyu Tian / Han Yin / Jian Liu / Jing Song / Yang Lu / Anqi Zhang / Changyou ...著者: Yu Qian / Zhengxiong Ma / Zhenmei Xu / Yaning Duan / Yangjie Xiong / Ruixue Xia / Xinyan Zhu / Zongwei Zhang / Xinyu Tian / Han Yin / Jian Liu / Jing Song / Yang Lu / Anqi Zhang / Changyou Guo / Lihua Jin / Woo Jae Kim / Jiyuan Ke / Fei Xu / Zhiwei Huang / Yuanzheng He /
要旨: WNT signaling is fundamental in development and homeostasis, but how the Frizzled receptors (FZDs) propagate signaling remains enigmatic. Here, we present the cryo-EM structure of FZD4 engaged with ...WNT signaling is fundamental in development and homeostasis, but how the Frizzled receptors (FZDs) propagate signaling remains enigmatic. Here, we present the cryo-EM structure of FZD4 engaged with the DEP domain of Dishevelled 2 (DVL2), a key WNT transducer. We uncover a distinct binding mode where the DEP finger-loop inserts into the FZD4 cavity to form a hydrophobic interface. FZD4 intracellular loop 2 (ICL2) additionally anchors the complex through polar contacts. Mutagenesis validates the structural observations. The DEP interface is highly conserved in FZDs, indicating a universal mechanism by which FZDs engage with DVLs. We further reveal that DEP mimics G-protein/β-arrestin/GRK to recognize an active conformation of receptor, expanding current GPCR engagement models. Finally, we identify a distinct FZD4 dimerization interface. Our findings delineate the molecular determinants governing FZD/DVL assembly and propagation of WNT signaling, providing long-sought answers underlying WNT signal transduction.
履歴
登録2023年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37646.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.015808983 - 2.1303434
平均 (標準偏差)0.0008395209 (±0.018268261)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37646_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37646_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GPCR complex

全体名称: GPCR complex
要素
  • 複合体: GPCR complex
    • タンパク質・ペプチド: Frizzled-4
    • タンパク質・ペプチド: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: GPCR complex

超分子名称: GPCR complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: Frizzled-4

分子名称: Frizzled-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.047922 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAWRGAGPSV PGAPGGVGLS LGLLLQLLLL LGPARGFGDE EERRCDPIRI SMCQNLGYNV TKMPNLVGHE LQTDAELQLT TFTPLIQYG CSSQLQFFLC SVYVPMCTEK INIPIGPCGG MCLSVKRRCE PVLKEFGFAW PESLNCSKFP PQNDHNHMCM E GPGDEEVP ...文字列:
MAWRGAGPSV PGAPGGVGLS LGLLLQLLLL LGPARGFGDE EERRCDPIRI SMCQNLGYNV TKMPNLVGHE LQTDAELQLT TFTPLIQYG CSSQLQFFLC SVYVPMCTEK INIPIGPCGG MCLSVKRRCE PVLKEFGFAW PESLNCSKFP PQNDHNHMCM E GPGDEEVP LPHKTPIQPG EECHSVGTNS DQYIWVKRSL NCVLKCGYDA GLYSRSAKEF TDIWMAVWAS LCFISTAFTV LT FLIDSSR FSYPERPIIF LSMCYNIYSI AYIVRLTVGR ERISCDFEEA AEPVLIQEGL KNTGCAIIFL LLYFFGMASS IWW VILTLT WFLAAGLKWG HEAIEMHSSY FHIAAWAIPA VKTIVILIMR LVDADELTGL CYVGNQNLDA LTGFVVAPLF TYLV IGTLF IAAGLVALFK IRSNLQKDGT KTDKLERLMV KIGVFSVLYT VPATIVIACY FYEISNWALF RYSADDSNMA VEMLK IFMS LLVGITSGMW IWSAKTLHTW QKFYNRLVNS GKVKREKRGN GWVKPGKGSE TVV

UniProtKB: Frizzled-4

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分子 #2: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

分子名称: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 79.035953 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAGSSTGGGG VGETKVIYHL DEEETPYLVK IPVPAERITL GDFKSVLQRP AGAKYFFKSM DQDFGVVKEE ISDDNARLPC FNGRVVSWL VSSDNPQPEM APPVHEPRAE LAPPAPPLPP LPPERTSGIG DSRPPSFHPN VSSSHENLEP ETETESVVSL R RERPRRRD ...文字列:
MAGSSTGGGG VGETKVIYHL DEEETPYLVK IPVPAERITL GDFKSVLQRP AGAKYFFKSM DQDFGVVKEE ISDDNARLPC FNGRVVSWL VSSDNPQPEM APPVHEPRAE LAPPAPPLPP LPPERTSGIG DSRPPSFHPN VSSSHENLEP ETETESVVSL R RERPRRRD SSEHGAGGHR TGGPSRLERH LAGYESSSTL MTSELESTSL GDSDEEDTMS RFSSSTEQSS ASRLLKRHRR RR KQRPPRL ERTSSFSSVT DSTMSLNIIT VTLNMEKYNF LGISIVGQSN ERGDGGIYIG SIMKGGAVAA DGRIEPGDML LQV NDMNFE NMSNDDAVRV LRDIVHKPGP IVLTVAKCWD PSPQAYFTLP RNEPIQPIDP AAWVSHSAAL TGTFPAYPGS SSMS TITSG SSLPDGCEGR GLSVHTDMAS VTKAMAAPES GLEVRDRMWL KITIPNAFLG SDVVDWLYHH VEGFPERREA RKYAS GLLK AGLIRHTVNK ITFSEQCYYV FGDLSGGCES YLVNLSLNDN DGSSGASDQD TLAPLPGATP WPLLPTFSYQ YPAPHP YSP QPPPYHELSS YTYGGGSASS QHSEGSRSSG STRSDGGAGR TGRPEERAPE SKSGSGSESE PSSRGGSLRR GGEASGT SD GGPPPSRGST GGAPNLRAHP GLHPYGPPPG MALPYNPMMV VMMPPPPPPV PPAVQPPGAP PVRDLGSVPP ELTASRQS F HMAMGNPSEF FVDVM

UniProtKB: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

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分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95333
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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