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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wm5 | ||||||
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タイトル | multidrug transporter EfpA from Mycobacterium tuberculosis bound with lipids | ||||||
要素 | Efflux pump A | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / multidrug transporter / EfpA / mycobacterium / lipid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, S. / Liao, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structures of the Mycobacterium tuberculosis efflux pump EfpA reveal the mechanisms of transport and inhibition. 著者: Shuhui Wang / Kun Wang / Kangkang Song / Zon Weng Lai / Pengfei Li / Dongying Li / Yajie Sun / Ye Mei / Chen Xu / Maofu Liao / 要旨: As the first identified multidrug efflux pump in Mycobacterium tuberculosis (Mtb), EfpA is an essential protein and promising drug target. However, the functional and inhibitory mechanisms of EfpA ...As the first identified multidrug efflux pump in Mycobacterium tuberculosis (Mtb), EfpA is an essential protein and promising drug target. However, the functional and inhibitory mechanisms of EfpA are poorly understood. Here we report cryo-EM structures of EfpA in outward-open conformation, either bound to three endogenous lipids or the inhibitor BRD-8000.3. Three lipids inside EfpA span from the inner leaflet to the outer leaflet of the membrane. BRD-8000.3 occupies one lipid site at the level of inner membrane leaflet, competitively inhibiting lipid binding. EfpA resembles the related lysophospholipid transporter MFSD2A in both overall structure and lipid binding sites and may function as a lipid flippase. Combining AlphaFold-predicted EfpA structure, which is inward-open, we propose a complete conformational transition cycle for EfpA. Together, our results provide a structural and mechanistic foundation to comprehend EfpA function and develop EfpA-targeting anti-TB drugs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wm5.cif.gz | 173.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wm5.ent.gz | 131.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wm5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wm5_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wm5_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wm5_validation.xml.gz | 48.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wm5_validation.cif.gz | 67.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/8wm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/8wm5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 37641MC 8ufdC 8ufeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999999381859, 0.00107001729769, -0.000302231941025), (-0.00107097300276, -0.999994370619, 0.0031798974998), (-0.000298827694317, 0.00318021921642, 0.999994898441) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999999381859, 0.00107001729769, -0.000302231941025), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55620.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: efpA / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P9WJY5 #2: 化合物 | ChemComp-PTY / #3: 化合物 | ChemComp-CDL / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: complex of multidrug efflux pump EfpA with lipids / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.11 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49783 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: NCS constraints / Rms dev position: 0.103023936357 Å |