PDB-8wlx: Crystal structure of P123A_Msd

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wlx

タイトル

Crystal structure of P123A_Msd

要素

CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterial deaminase / s-triazine deaminase / CDA

機能・相同性

Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / catalytic activity / ACETATE ION / CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.562 Å

データ登録者

Porathoor, S. / Anand, R.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Mechanism of deamination by mycobacterial deaminase selectively targeting mutagenic bases.
著者: Porathoor, S. / Choudhury, A.R. / Chakrabarti, R. / Anand, R.

履歴

登録	2023年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年4月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wlx.cif.gz	84 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wlx.ent.gz	60.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wlx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/8wlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/8wlx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wlvC 8wlwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

B: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

ヘテロ分子

35.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.660, 108.560, 53.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein 分子量: 17106.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEI_3493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7G9Z0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M MES pH 6.4, 0.2M Mg-acetate tetrahydrate, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→19.763 Å / Num. obs: 53097 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.79
反射シェル	解像度: 1.562→1.602 Å / Num. unique obs: 3769 / CC_1/2: 0.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.562→19.763 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / WR_factor R_free: 0.179 / WR_factor R_work: 0.155 / SU B: 1.67 / SU ML: 0.057 / Average fsc free: 0.9689 / Average fsc work: 0.9757 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1932	967	1.824 %
R_work	0.1703	52049	-
all	0.171	-	-
obs	-	53016	99.896 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.634 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.006 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.023 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.562→19.763 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2390	0	58	245	2693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.746	1.812	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.664	1.756	5400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.809	5	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.213	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.759	10	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.976	10	113
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	609
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	514
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.116	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.257	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.653	1.778	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.632	1.775	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.46	3.188	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.465	3.19	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.063	2.182	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.062	2.184	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.518	3.792	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.517	3.794	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.732	20.493	2877
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.671	19.09	2822

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.562-1.602	0.284	69	0.267	3769	0.267	3839	0.946	0.947	99.974	0.237
1.602-1.646	0.23	65	0.24	3668	0.24	3734	0.953	0.959	99.9732	0.205
1.646-1.693	0.245	92	0.232	3580	0.233	3675	0.961	0.963	99.9184	0.196
1.693-1.745	0.258	52	0.213	3478	0.213	3530	0.957	0.968	100	0.176
1.745-1.802	0.247	63	0.202	3391	0.203	3454	0.96	0.972	100	0.166
1.802-1.864	0.23	64	0.191	3271	0.192	3336	0.964	0.976	99.97	0.154
1.864-1.934	0.202	57	0.177	3175	0.178	3233	0.971	0.979	99.9691	0.142
1.934-2.012	0.2	60	0.162	3049	0.162	3109	0.976	0.983	100	0.133
2.012-2.101	0.22	48	0.166	2939	0.167	2988	0.972	0.983	99.9665	0.141
2.101-2.202	0.199	49	0.16	2821	0.16	2871	0.975	0.984	99.9652	0.134
2.202-2.32	0.182	39	0.151	2684	0.152	2723	0.98	0.986	100	0.128
2.32-2.458	0.186	61	0.155	2528	0.155	2589	0.98	0.985	100	0.133
2.458-2.625	0.181	47	0.153	2402	0.153	2449	0.983	0.985	100	0.135
2.625-2.831	0.198	48	0.154	2236	0.155	2284	0.972	0.985	100	0.139
2.831-3.095	0.206	35	0.161	2093	0.161	2128	0.975	0.985	100	0.15
3.095-3.45	0.181	32	0.163	1884	0.163	1918	0.974	0.984	99.8957	0.159
3.45-3.964	0.162	34	0.148	1690	0.148	1728	0.989	0.987	99.7685	0.155
3.964-4.806	0.099	23	0.145	1458	0.144	1481	0.995	0.988	100	0.156
4.806-6.605	0.291	16	0.186	1184	0.188	1200	0.974	0.983	100	0.195
6.605-19.763	0.149	13	0.185	749	0.184	764	0.987	0.98	99.7382	0.209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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