PDB-8wlv: Crystal structure of P122A_Msd in complex with 5-azauracil

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wlv

タイトル

Crystal structure of P122A_Msd in complex with 5-azauracil

要素

CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterial deaminase / s-triazine deaminase / CDA

機能・相同性

Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / catalytic activity / metal ion binding / : / CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Porathoor, S. / Anand, R.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Mechanism of deamination by mycobacterial deaminase selectively targeting mutagenic bases.
著者: Porathoor, S. / Choudhury, A.R. / Chakrabarti, R. / Anand, R.

履歴

登録	2023年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年4月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wlv.cif.gz	138.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wlv.ent.gz	103.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wlv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wlv_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wlv_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	8wlv_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	8wlv_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/8wlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/8wlv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wlwC 8wlxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

B: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

C: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

D: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

ヘテロ分子

69.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

B: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

D: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.670, 109.470, 64.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.957, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein 分子量: 17106.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEI_3493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7G9Z0
#2: 化合物	ChemComp-WHC / 1~{H}-1,3,5-triazine-2,4-dione / 5-azauracil 分子量: 113.075 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₃N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium malonate pH 5.6, 20% PEG 3000 / PH範囲: 5.0-6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→55.01 Å / Num. obs: 51013 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.69 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.37
反射シェル	解像度: 1.96→2.011 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Num. unique obs: 7446 / CC_1/2: 0.85 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→55.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.818 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	2463	4.829 %
R_work	0.1901	48544	-
all	0.192	-	-
obs	-	48544	98.824 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.315 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.452 Å²	-0 Å²	0.853 Å²
2-	-	-2.87 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.909 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→55.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4731	0	72	147	4950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.45	1.669	6707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.488	1.589	10213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.564	5	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.711	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.095	10	667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.137	10	212
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	751
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.14	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.307	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.276	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.232	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.545	3.201	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.537	3.201	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.465	5.738	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.466	5.739	3155
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.711	3.593	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.71	3.593	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.572	6.394	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.572	6.394	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.66	34.397	5437
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.662	34.408	5432

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.011	0.324	183	0.3	3603	X-RAY DIFFRACTION	99.3962
2.011-2.066	0.336	186	0.304	3452	X-RAY DIFFRACTION	98.9663
2.066-2.126	0.337	181	0.295	3354	X-RAY DIFFRACTION	97.6519
2.126-2.191	0.26	172	0.227	3334	X-RAY DIFFRACTION	99.7156
2.191-2.263	0.327	182	0.334	2988	X-RAY DIFFRACTION	94.4577
2.263-2.342	0.267	155	0.239	3100	X-RAY DIFFRACTION	98.816
2.342-2.43	0.24	147	0.188	3026	X-RAY DIFFRACTION	99.937
2.43-2.529	0.244	154	0.184	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.1801
2.529-2.641	0.239	132	0.183	2809	X-RAY DIFFRACTION	99.7626
2.641-2.77	0.244	108	0.174	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.285
2.77-2.92	0.178	115	0.165	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.6249
2.92-3.096	0.214	115	0.168	2416	X-RAY DIFFRACTION	99.921
3.096-3.309	0.211	109	0.171	2239	X-RAY DIFFRACTION	99.1973
3.309-3.573	0.236	107	0.182	2066	X-RAY DIFFRACTION	98.9076
3.573-3.913	0.181	94	0.161	1883	X-RAY DIFFRACTION	97.4852
3.913-4.372	0.205	94	0.159	1755	X-RAY DIFFRACTION	99.2485
4.372-5.043	0.156	82	0.145	1532	X-RAY DIFFRACTION	99.201
5.043-6.163	0.156	67	0.166	1294	X-RAY DIFFRACTION	99.0539
6.163-8.661	0.21	49	0.146	1028	X-RAY DIFFRACTION	98.6264
8.661-55.01	0.143	31	0.175	585	X-RAY DIFFRACTION	98.4026

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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