PDB-8wlw: Crystal structure of DelP123_Msd in complex with 5-azauracil

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wlw

タイトル

Crystal structure of DelP123_Msd in complex with 5-azauracil

要素

CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterial deaminase / s-triazine deaminase / CDA

機能・相同性

Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / catalytic activity / metal ion binding / : / CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.538 Å

データ登録者

Porathoor, S. / Anand, R.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Mechanism of deamination by mycobacterial deaminase selectively targeting mutagenic bases.
著者: Porathoor, S. / Choudhury, A.R. / Chakrabarti, R. / Anand, R.

履歴

登録	2023年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年4月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wlw.cif.gz	141.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wlw.ent.gz	105.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wlw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wlw_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wlw_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	8wlw_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	8wlw_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/8wlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/8wlw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wlvC 8wlxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

C: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

B: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

D: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

ヘテロ分子

69.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

B: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

D: CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.750, 85.300, 76.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.491, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein 分子量: 17035.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEI_3493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7G9Z0
#2: 化合物	ChemComp-WHC / 1~{H}-1,3,5-triazine-2,4-dione / 5-azauracil 分子量: 113.075 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₃N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.4, 20% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.538→74.66 Å / Num. obs: 86243 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.69
反射シェル	解像度: 1.538→1.578 Å / Num. unique obs: 6110 / CC_1/2: 0.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.538→74.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 1.641 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2087	4298	4.984 %
R_work	0.1763	81941	-
all	0.178	-	-
obs	-	86239	99.218 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.242 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.645 Å²	-0 Å²	-0.775 Å²
2-	-	-0.781 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.474 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.538→74.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4719	0	60	307	5086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4902
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.611	1.669	6691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.546	1.59	10202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.584	5	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.346	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.523	10	679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.568	10	216
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	4058
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.115	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.442	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.31	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.638	1.643	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.619	1.642	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.351	2.95	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.351	2.95	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.801	1.994	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.801	1.994	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.293	3.472	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.292	3.472	3558
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.986	17.798	5477
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.959	17.44	5429

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.538-1.578	0.275	299	0.242	6110	0.243	6419	0.93	0.946	99.8442	0.222
1.578-1.621	0.241	299	0.214	5951	0.216	6250	0.95	0.959	100	0.19
1.621-1.668	0.205	322	0.184	5755	0.185	6081	0.966	0.972	99.9342	0.163
1.668-1.719	0.227	308	0.182	5548	0.184	5875	0.963	0.975	99.6766	0.162
1.719-1.776	0.196	257	0.164	5380	0.165	5720	0.972	0.98	98.549	0.144
1.776-1.838	0.202	276	0.155	5242	0.157	5519	0.973	0.983	99.9819	0.138
1.838-1.907	0.234	278	0.191	4981	0.193	5358	0.962	0.975	98.1523	0.169
1.907-1.985	0.224	238	0.213	4780	0.213	5149	0.965	0.96	97.4558	0.194
1.985-2.073	0.248	247	0.215	4608	0.217	4919	0.931	0.96	98.6989	0.2
2.073-2.174	0.202	214	0.166	4439	0.167	4719	0.973	0.982	98.6014	0.154
2.174-2.292	0.235	218	0.208	4161	0.209	4478	0.958	0.967	97.7892	0.197
2.292-2.431	0.195	222	0.157	4014	0.159	4274	0.977	0.985	99.1109	0.155
2.431-2.598	0.191	206	0.154	3786	0.156	3993	0.98	0.986	99.975	0.154
2.598-2.806	0.198	192	0.162	3492	0.163	3697	0.977	0.984	99.6484	0.167
2.806-3.074	0.222	169	0.165	3263	0.167	3442	0.971	0.983	99.7095	0.174
3.074-3.436	0.192	142	0.163	2964	0.164	3110	0.977	0.984	99.8714	0.176
3.436-3.966	0.189	141	0.163	2573	0.165	2735	0.98	0.985	99.2322	0.183
3.966-4.854	0.171	129	0.158	2202	0.159	2336	0.985	0.986	99.786	0.189
4.854-6.849	0.234	96	0.186	1722	0.188	1820	0.975	0.983	99.8901	0.22
6.849-74.65	0.216	45	0.185	970	0.186	1025	0.98	0.984	99.0244	0.234

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