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- PDB-8wky: Crystal structure of the Melanocortin-4 Receptor (MC4R) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wky
タイトルCrystal structure of the Melanocortin-4 Receptor (MC4R) in complex with S25
要素
  • Melanocortin receptor 4
  • N-(2-aminoethyl)-5-(2-{[4-(morpholin-4-yl)pyridin-2-yl]amino}-1,3-thiazol-5-yl)pyridine-3-carboxamide
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ca++ cofactor / GPCR / PGS fusion / LCP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of eating behavior / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / response to melanocyte-stimulating hormone / melanocortin receptor activity / regulation of grooming behavior / energy reserve metabolic process / regulation of metabolic process / feeding behavior / neuropeptide binding / insulin secretion ...regulation of eating behavior / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / response to melanocyte-stimulating hormone / melanocortin receptor activity / regulation of grooming behavior / energy reserve metabolic process / regulation of metabolic process / feeding behavior / neuropeptide binding / insulin secretion / negative regulation of feeding behavior / diet induced thermogenesis / peptide hormone binding / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of bone resorption / Peptide ligand-binding receptors / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / response to insulin / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / ubiquitin protein ligase binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Melanocortin 4 receptor / Melanocortin receptor 3-5 / Melanocortin/ACTH receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / Melanocortin receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gimenez, L.E. / Martin, C. / Yu, J. / Hollanders, C. / Hernandez, C. / Dahir, N.S. / Wu, Y. / Yao, D. / Han, G.W. / Wu, L. ...Gimenez, L.E. / Martin, C. / Yu, J. / Hollanders, C. / Hernandez, C. / Dahir, N.S. / Wu, Y. / Yao, D. / Han, G.W. / Wu, L. / Poorten, O.V. / Lamouroux, A. / Mannes, M. / Tourwe, D. / Zhao, S. / Stevens, R.C. / Cone, R.D. / Ballet, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Novel Cocrystal Structures of Peptide Antagonists Bound to the Human Melanocortin Receptor 4 Unveil Unexplored Grounds for Structure-Based Drug Design.
著者: Gimenez, L.E. / Martin, C. / Yu, J. / Hollanders, C. / Hernandez, C.C. / Wu, Y. / Yao, D. / Han, G.W. / Dahir, N.S. / Wu, L. / Van der Poorten, O. / Lamouroux, A. / Mannes, M. / Zhao, S. / ...著者: Gimenez, L.E. / Martin, C. / Yu, J. / Hollanders, C. / Hernandez, C.C. / Wu, Y. / Yao, D. / Han, G.W. / Dahir, N.S. / Wu, L. / Van der Poorten, O. / Lamouroux, A. / Mannes, M. / Zhao, S. / Tourwe, D. / Stevens, R.C. / Cone, R.D. / Ballet, S.
履歴
登録2023年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Melanocortin receptor 4
B: N-(2-aminoethyl)-5-(2-{[4-(morpholin-4-yl)pyridin-2-yl]amino}-1,3-thiazol-5-yl)pyridine-3-carboxamide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0269
ポリマ－61,2922
非ポリマー1,7357
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)166.920, 44.900, 89.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Melanocortin receptor 4 / MC4-R


分子量: 60197.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MC4R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32245
#2: タンパク質・ペプチド N-(2-aminoethyl)-5-(2-{[4-(morpholin-4-yl)pyridin-2-yl]amino}-1,3-thiazol-5-yl)pyridine-3-carboxamide


分子量: 1094.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG 400, Bis-tris propane buffer, CaCl2-2H2O

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.55 Å / Num. obs: 16629 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.14 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.341 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 2.638 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1485 / CC1/2: 0.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→44.5 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2672 697 4.65 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.2231 15004 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3693 0 83 11 3787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4435172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.957568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038605
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004636
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.120.34711450.30012815X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.440.33061280.26172847X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.940.27381590.22162806X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.960.24421300.19852875X-RAY DIFFRACTION100
4.96-44.50.23421350.20372964X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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