PDB-8wkd: Connectase T1A C192S mutant from Methanocaldococcus mazei with pe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wkd

タイトル

Connectase T1A C192S mutant from Methanocaldococcus mazei with peptide substrate

要素

DUF2121 domain-containing protein
Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

キーワード

LIGASE / methanogenic archea / proteasome / protein ligation / transpeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

tetrahydromethanopterin S-methyltransferase / tetrahydromethanopterin S-methyltransferase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / cobalt ion binding / sodium ion transport / one-carbon metabolic process / methylation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanosarcina mazei (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Chong, H.C. / Wu, B.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Structural Basis of High-Precision Protein Ligation and Its Application.
著者: Chong, K.H.C. / Liu, L. / Chua, R. / Chai, Y.T. / Lu, Z. / Liu, R. / Tan, E.Y.J. / Dong, J. / Khoh, Y.H. / Lin, J. / Zhong, F.L. / Lescar, J. / Zheng, P. / Wu, B.

履歴

登録	2023年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wkd.cif.gz	95.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wkd.ent.gz	72.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wkd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/8wkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/8wkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jtuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DUF2121 domain-containing protein

C: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

23.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.100, 100.970, 32.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	DUF2121 domain-containing protein 分子量: 21084.197 Da / 分子数: 1 / 変異: C192S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) 遺伝子: DU44_16730, DU48_12575, DU65_18300, DU71_01400, DU72_16840, FQU78_09620 プラスミド: pET47b-CntT1AC192S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F8NKN3
#2: タンパク質・ペプチド	Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A / N5-methyltetrahydromethanopterin--coenzyme M methyltransferase subunit A 分子量: 2110.430 Da / 分子数: 1 / 変異: F11V,D14K / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Methanosarcina mazei (古細菌) 参照: UniProt: O59640, tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.92 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.2, 0.05 M NaCl, 24% PEG 4000 / PH範囲: 7.5-9.0 / Temp details: constant temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→47.69 Å / Num. obs: 61160 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 9.9 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 13.17
反射シェル	解像度: 1.98→2.07 Å / Num. unique obs: 6196 / CC_1/2: 0.739

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5015: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.98→47.69 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	1182	4.98 %
R_work	0.2182	-	-
obs	0.2209	23726	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→47.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1591	0	0	73	1664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.021	1605
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.38	2150
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.838	609
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.114	251
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	276

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.07	0.3769	136	0.3236	2696	X-RAY DIFFRACTION	95
2.07-2.18	0.3201	151	0.2894	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.32	0.3378	148	0.2812	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.5	0.2729	149	0.2577	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.75	0.3086	154	0.2473	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-3.15	0.2875	138	0.2295	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.97	0.2549	155	0.1922	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-47.69	0.2288	151	0.1774	2826	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7578	0.0454	-0.4768	2.9519	-0.8441	0.9274	0.0384	0.0292	-0.4171	0.0959	-0.1093	0.0259	0.128	0.0391	0.1028	0.2859	-0.0083	-0.0413	0.2717	-0.0064	0.325	-15.5054	-0.144	-7.5529
2	3.3071	0.314	-0.6834	2.4754	-0.4153	3.2423	0.1025	-0.4546	-0.1433	0.1419	-0.0798	-0.0406	0.3891	0.071	0.0673	0.2787	-0.0073	-0.0088	0.2362	0.001	0.1737	-19.2884	14.6217	1.9107
3	3.1634	0.2426	-0.5269	2.8387	0.0593	2.5431	0.0245	-0.0222	0.0481	-0.1399	-0.0019	-0.1927	-0.2075	0.0674	0.02	0.22	-0.016	0.0183	0.2466	0.0432	0.2041	-12.5223	15.5064	-11.2299
4	0.3467	-0.1089	-0.0632	0.0659	0.0042	0.0188	-0.0088	0.1955	0.0137	-0.0199	0.1304	-0.0275	-0.099	0.205	-0.0365	1.6911	-0.3695	-0.0409	0.8335	-0.2271	0.5883	-17.0305	1.1696	-1.6193
5	0.1798	-0.0263	-0.1557	0.2683	-0.1649	0.2715	-0.1668	-0.5384	-0.0434	0.3832	-0.1614	-0.1226	-0.1257	0.0065	-0.0082	0.4447	-0.155	-0.0118	0.4334	-0.0405	0.365	-7.3227	15.5587	-1.6742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 116 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 117 through 192 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 4 through 11 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 12 through 20 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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