[日本語] English
万見
- PDB-8wgh: Cryo-EM structure of the red-shifted Fittonia albivenis PSI-LHCI -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wgh
タイトルCryo-EM structure of the red-shifted Fittonia albivenis PSI-LHCI
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 4
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 11
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid / plastoglobule / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane ...chloroplast thylakoid / plastoglobule / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ ...4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Fittonia albivenis (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Huang, G.Q. / Li, X.X. / Sui, S.F. / Qin, X.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the red-shifted Fittonia albivenis PSI-LHCI
著者: Huang, G.Q. / Li, X.X. / Sui, S.F. / Qin, X.C.
履歴
登録2023年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: Chlorophyll a-b binding protein 1
2: Chlorophyll a-b binding protein 2
3: Chlorophyll a-b binding protein 3
4: Chlorophyll a-b binding protein 4
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
G: Photosystem I reaction center subunit VIII
H: Photosystem I reaction center subunit VI
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit psaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI
N: Photosystem I reaction center subunit N
O: Photosystem I reaction center subunit O
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)637,515243
ポリマ－459,41118
非ポリマー178,105225
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 1


分子量: 26773.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)
#2: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 2


分子量: 28533.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)
#3: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 3


分子量: 29766.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)
#4: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 4


分子量: 27510.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#5: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 83138.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A8A0WPY6.
由来: (天然) Fittonia albivenis (植物) / 参照: UniProt: A0A8A0WPY6, photosystem I
#6: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82472.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id G9IB61.
由来: (天然) Fittonia albivenis (植物) / 参照: UniProt: G9IB61, photosystem I

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#7: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 9049.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A4QJG7.
由来: (天然) Fittonia albivenis (植物) / 参照: UniProt: A4QJG7, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 11種, 11分子 DEFGHIJKLNO

#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 21036.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 16282.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / PSI-F


分子量: 24203.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q9SHE8.
由来: (天然) Fittonia albivenis (植物) / 参照: UniProt: Q9SHE8
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 15873.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI


分子量: 15201.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3930.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A8A9WIB9.
由来: (天然) Fittonia albivenis (植物) / 参照: UniProt: A0A8A9WIB9
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 5029.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q3C1K9.
由来: (天然) Fittonia albivenis (植物) / 参照: UniProt: Q3C1K9
#15: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit psaK


分子量: 13435.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)
#16: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI


分子量: 23094.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)
#17: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit N


分子量: 18673.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)
#18: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit O


分子量: 15404.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fittonia albivenis (植物)

-
糖 , 3種, 13分子

#26: 糖
ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / heptyl 1-thio-beta-D-glucoside / heptyl 1-thio-D-glucoside / heptyl 1-thio-glucoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM
#29: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#30: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 9種, 212分子

#19: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#22: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#23: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#24: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#28: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Photosystem I complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157342 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00440422
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.42157465
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.1026820
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0664940
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0057598

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る