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- EMDB-37513: Cryo-EM structure of the red-shifted Fittonia albivenis PSI-LHCI -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37513
タイトルCryo-EM structure of the red-shifted Fittonia albivenis PSI-LHCI
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I complex
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 12種
キーワードComplex / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plastoglobule / chloroplast thylakoid / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...plastoglobule / chloroplast thylakoid / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ ...4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Fittonia albivenis (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Huang GQ / Li XX / Sui SF / Qin XC
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of the red-shifted Fittonia albivenis photosystem I.
著者: Xiuxiu Li / Guoqiang Huang / Lixia Zhu / Chenyang Hao / Sen-Fang Sui / Xiaochun Qin /
要旨: Photosystem I (PSI) from Fittonia albivenis, an Acanthaceae ornamental plant, is notable among green plants for its red-shifted emission spectrum. Here, we solved the structure of a PSI-light ...Photosystem I (PSI) from Fittonia albivenis, an Acanthaceae ornamental plant, is notable among green plants for its red-shifted emission spectrum. Here, we solved the structure of a PSI-light harvesting complex I (LHCI) supercomplex from F. albivenis at 2.46-Å resolution using cryo-electron microscopy. The supercomplex contains a core complex of 14 subunits and an LHCI belt with four antenna subunits (Lhca1-4) similar to previously reported angiosperm PSI-LHCI structures; however, Lhca3 differs in three regions surrounding a dimer of low-energy chlorophylls (Chls) termed red Chls, which absorb far-red beyond visible light. The unique amino acid sequences within these regions are exclusively shared by plants with strongly red-shifted fluorescence emission, suggesting candidate structural elements for regulating the energy state of red Chls. These results provide a structural basis for unraveling the mechanisms of light harvest and transfer in PSI-LHCI of under canopy plants and for designing Lhc to harness longer-wavelength light in the far-red spectral range.
履歴
登録2023年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37513.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324.75 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324.75 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324.75 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.047954 - 4.545464
平均 (標準偏差)0.0044723237 (±0.14624313)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.75 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37513_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37513_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I complex

全体名称: Photosystem I complex
要素
  • 複合体: Photosystem I complex
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit psaK
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit N
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit O
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
超分子 #1: Photosystem I complex

超分子名称: Photosystem I complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)

+
分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein 1

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 26.77368 KDa
配列文字列: MAANSMMTCG VAVAACPSVL SSSKSRFAAP VSLGYAATTS SRFSMSAEWF PGQPRPDHLD GSAPADFGFD PLGLGVEPEL LERYKESEV YHCRWAMLAV PGILVPEALG LGNWVKAQEW AAIPGGQATY LGNPVPWGTL PTILVIEFLA IAFVEHQRTL E KDIEKKKY ...文字列:
MAANSMMTCG VAVAACPSVL SSSKSRFAAP VSLGYAATTS SRFSMSAEWF PGQPRPDHLD GSAPADFGFD PLGLGVEPEL LERYKESEV YHCRWAMLAV PGILVPEALG LGNWVKAQEW AAIPGGQATY LGNPVPWGTL PTILVIEFLA IAFVEHQRTL E KDIEKKKY PGGAFDPLGF SKDPKKFEEY KVKEIKNGRL AMLAFVGFCV QQSARPGTGP VENLLSHLAD PWHNNIGDII IP RNISPY

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分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein 2

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 28.533506 KDa
配列文字列: MASACASSAI AAAFSSPSSQ RIGTTKASFF GGRKLRVAKF AAPVTARSVT TATFAPDPNR PLWFPGSTPP PWLDGSLPAD FGFDPLGLA SDPDSLKWNV QAEIVHCRWA MLGAAGIFIP ELLTKIGILN TPSWYSAGEL QYFTDTTTLF IVELFFIGWA E GRRWADIL ...文字列:
MASACASSAI AAAFSSPSSQ RIGTTKASFF GGRKLRVAKF AAPVTARSVT TATFAPDPNR PLWFPGSTPP PWLDGSLPAD FGFDPLGLA SDPDSLKWNV QAEIVHCRWA MLGAAGIFIP ELLTKIGILN TPSWYSAGEL QYFTDTTTLF IVELFFIGWA E GRRWADIL KPGCVNTDPI FPNNKLTGTD VGYPGGLWFD PLGWGTGSPE KLKELRTKEI KNGRLAMLAV MGAWFQHVYT GT GPIDNLS AHLADPGHAT VFAAFSPK

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分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein 3

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 29.766748 KDa
配列文字列: MAAQALVSSS SICSSADAVR QTLGRRPVRS SRKASFVVKA ESSPPVKQGA DRQLWFASKQ SLSYLNGSLP GDYGFDPLGL SDPEGAGFW FQPRWLSYGE VFNGRTAMVG VIGCLAPEIL GKAGLIPPET ALPWFKTGVF PPAGSYEYWA DPYTLFVFEL G LVGFAEHR ...文字列:
MAAQALVSSS SICSSADAVR QTLGRRPVRS SRKASFVVKA ESSPPVKQGA DRQLWFASKQ SLSYLNGSLP GDYGFDPLGL SDPEGAGFW FQPRWLSYGE VFNGRTAMVG VIGCLAPEIL GKAGLIPPET ALPWFKTGVF PPAGSYEYWA DPYTLFVFEL G LVGFAEHR RYQDWSNPGS MGKQYFLGLE KGLGGSGDPA YPGGPFFNPL GLGKDEKSMW DYKVKEVKNG RLAMLAMLGF FV QAPVTGV GPYQNLLDHL ADPFNNNIFT NFKFY

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分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein 4

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 27.51034 KDa
配列文字列: MAASVAAQSP VAVFRPRFLT GAPGKLNRPS VTVKQAVSSR GSFKVEAEKG EWLPGLPSPA YLDGSLPGDN GFDPLGLAED PENLKWYIQ AELVNSRWAM LGVAGMLLPE VFTYLGIINV PKWYDAGKSE YFASSSTLFV IEFILFHYVE IRRWQDIKNP G CVNQDPIF ...文字列:
MAASVAAQSP VAVFRPRFLT GAPGKLNRPS VTVKQAVSSR GSFKVEAEKG EWLPGLPSPA YLDGSLPGDN GFDPLGLAED PENLKWYIQ AELVNSRWAM LGVAGMLLPE VFTYLGIINV PKWYDAGKSE YFASSSTLFV IEFILFHYVE IRRWQDIKNP G CVNQDPIF KNYSLPPHEC GYPGSVFNPL NFEPTLEAKE KELANGRLAM LAFLGFIVQH NVTGKGPFDN LVQHVADPWH NT IINTIRG Y

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分子 #5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A8A0WPY6.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 83.138141 KDa
配列文字列: MIIRSPEPEV KILVDKDPVK TSFEEWAKPG HFSRTIAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT SDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWPIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQMWRASG ITSELQLYCT A IGALIFAA ...文字列:
MIIRSPEPEV KILVDKDPVK TSFEEWAKPG HFSRTIAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT SDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWPIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQMWRASG ITSELQLYCT A IGALIFAA LMLFAGWFHY HKAAPKLAWF QDVESMLNHH LAGLLGLGSL GWAGHQVHVS LPINQFLNAG VDPKEIPLPH EF ILNRDLL SQLYPSFAEG ATPFFTLNWS KYAEFLTFRG GLDPVTGGLW LTDIAHHHLA IAILFLIAGH MYRTNWGIGH GLK DILEAH KGPFTGQGHK GLYEILTTSW HAQLSLNLAM LGSLTIVVAH HMYSMPPYPY LATDYGTQLS LFTHHMWIGG FLIV GAAAH AAIFMVRDYD PTTRYNDLLD RVLRHRDAII SHLNWACIFL GFHSFGLYIH NDTMSALGRP QDMFSDTAIQ LQPVF AQWI QNTHALAPGA TAPSATASTS LTWGGGDLVA VGGKVALLPI PLGTADFLVH HIHAFTIHVT VLILLKGVLF ARSSRL IPD KANLGFRFPC DGPGRGGTCQ VSAWDHVFLG LFWMYNSISV VIFHFSWKMQ SDVWGSISDQ GVVTHITGGN FAQSSIT IN GWLRDFLWAQ ASQVIQSYGS SLSAYGLFFL GAHFVWAFSL MFLFSGRGYW QELIESIVWA HNKLKVAPAT QPRALSIV Q GRAVGVTHYL LGGIATTWAF FLARIIAVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

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分子 #6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id G9IB61.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 82.472664 KDa
配列文字列: MALRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFESWVQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA LGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNEDLYTGA LFLLFLSAIS LIAGWLHLQP K WKPSVSWF ...文字列:
MALRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFESWVQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA LGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNEDLYTGA LFLLFLSAIS LIAGWLHLQP K WKPSVSWF KNAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPGSRGEYVR WNNFLDVLPH PQGLGPLFTG QWNLYAQNPD SS SHLFGTS QGAGTAILTL LGGFHPQTQS LWLTDIAHHH LAIAFIFLVA GHMYRTNFGI GHSIKDLLDA HIPPGGRLGR GHK GLYDTI NNSLHFQLGL ALASLGVITS LVAQHMYSLP AYAFIAQDFT TQAALYTHHQ YIAGFIMTGA FAHGAIFFIR DYNP EQNED NVLARMLDHK EAIISHLSWA SLFLGFHTLG LYVHNDVMLA FGTPEKQILI EPIFAQWIQS AHGKTSYGFD VLLSS TSGP AFNAGRSIWL PGWLNAVNEN TNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAVFWM LNTIGWVTFY WHWKHITLWQ GNVSQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWMFLF GHLVWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLIR WRDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYIFT Y AAFLIASTSG KFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #7: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A4QJG7.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 9.049509 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMIP WDGCKAKQIA SAPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSVRVYLW HETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

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分子 #8: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 21.036172 KDa
配列文字列: MASLFTLSSP WKQSLAPQFT AAKNPKPLPR AVAMPIRAMA PEESAPAGFT PPQLDPSTPS PIFGGSTGGL LRKAQEEEFY VITWESPKE QVFEMPTGGA AIMREGPNLL KLARKEQCLA LGTRLRSKYK INYQFYRVFP NGEVQYLHPK DGVYPEKVNE G RTGVGVNL ...文字列:
MASLFTLSSP WKQSLAPQFT AAKNPKPLPR AVAMPIRAMA PEESAPAGFT PPQLDPSTPS PIFGGSTGGL LRKAQEEEFY VITWESPKE QVFEMPTGGA AIMREGPNLL KLARKEQCLA LGTRLRSKYK INYQFYRVFP NGEVQYLHPK DGVYPEKVNE G RTGVGVNL RSIGKNVNPI EVKFTGKQVY DL

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 16.28236 KDa
配列文字列:
MATTGMASAA CTFAVAPNFA SSTATPKPAM VFFSTKPRRN LRLFMVRAGD DEPEAPAPPP EPEVESDTPA AATATTTAEP KVAKTPSVG PPRGSKVRIL RRESYWYKGV GSVVTVDQDP KTRYPVVVRF DKVNYANIST NNYALDEVEQ VA

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q9SHE8.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 24.203125 KDa
配列文字列: MSLTIPANLV LNPRSNKSLT QSVPKSSARF VCSDDKSSSS TPQSMKAFSA AVALSSILLS APMPAVADIS GLTPCKDSKQ FAKREKQQI KKLESSLKLY APESAPALAL NAQIEKTKRR FDNYGKYGLL CGSDGLPHLI VNGDQRHWGE FITPGILFLY I AGWIGWVG ...文字列:
MSLTIPANLV LNPRSNKSLT QSVPKSSARF VCSDDKSSSS TPQSMKAFSA AVALSSILLS APMPAVADIS GLTPCKDSKQ FAKREKQQI KKLESSLKLY APESAPALAL NAQIEKTKRR FDNYGKYGLL CGSDGLPHLI VNGDQRHWGE FITPGILFLY I AGWIGWVG RSYLIAISGE KKPAMKEIII DVPLASRIIF RGFIWPVAAY REFLNGDLIA KDV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 15.873991 KDa
配列文字列:
MASSFLSTPT FQGLRPLNKA TDSPRSLPLC RPVSVSATRK RNVAVKAELN PSLVISLSTG VSLFLGRFVF FNFQRENVGK QVPSQNGIS HFEAGDERAK EYVSLLKSND PVGFNIVDVL AWGSIGHIVA YYILATSSNG YDPNFF

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit VI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 15.201321 KDa
配列文字列:
MASLATFAAA HPAAVKGLAG SSISGTKLHI RPSRRVGVKS SNYRAGAVVA KYGEKSVYFD LEDIANTTGQ WDVYGSDAPS PYNGLQSKF FETFAAPFTK RGLLLKFLLL GGGATLAFVS SQATGDDLPI VKGPQLPPQP GPRGKI

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A8A9WIB9.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 3.930826 KDa
配列文字列:
MTAFNLPSIF VPLVGLVFPA IAMASLFLHV QKNKIV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14
詳細: Sequence reference for Fittonia albivenis is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q3C1K9.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 5.029914 KDa
配列文字列:
MRDLKTYLSV APVLSTLWFG ALAGLLIEIN RFFPDALTFP FFSF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit psaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit psaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 13.435645 KDa
配列文字列:
MAAAVTTSLP QFNGLKPQLS ASSISPSKSL VAVRPLRRRG QGALGARCDY FGSPTNLIMV TSTTLLLFAG RFGLAPSANR KATAGLKLE VRDAGLQTGD PAGFTLADTL ACGAVGHIIG VGVVLGLKSI SVI

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 23.094725 KDa
配列文字列: MATSTMASLG QQQLASSLCP SFSRLPTPKG ISAAPFTFSR RRTSIIKASV VPEKPTYQVI QPINGDPFIG SLETPITSSP LIAWYLSNL PGYRTAVDPL LRGIEVGLAH GYLLVGPFVI TGPLRNAPNH GAVGSLGAAG LIVILSITLT MYGIASFKEG D PSTAPSLT ...文字列:
MATSTMASLG QQQLASSLCP SFSRLPTPKG ISAAPFTFSR RRTSIIKASV VPEKPTYQVI QPINGDPFIG SLETPITSSP LIAWYLSNL PGYRTAVDPL LRGIEVGLAH GYLLVGPFVI TGPLRNAPNH GAVGSLGAAG LIVILSITLT MYGIASFKEG D PSTAPSLT LTGRKKVPDP LQTADGWARF TGGFFFGGIS GVIWAYFLLY VLDLPYFVK

+
分子 #17: Photosystem I reaction center subunit N

分子名称: Photosystem I reaction center subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 18.673109 KDa
配列文字列:
MAAINSSSVL ACNYALSAAG TELSSKVVNS VASPVSVAHP PRLPVIRAQQ QQQPQSAAAG SRRAALFGLG AALLAVSTNA NANASVIDY YLEKSKANKE LNDKKRLATT DANFARAYTV EFGTCKFPEN FTGCQDLAKQ KKVPFLSEDL DIECEGKDIY K CGSNVFWK WNEIK

+
分子 #18: Photosystem I reaction center subunit O

分子名称: Photosystem I reaction center subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fittonia albivenis (植物)
分子量理論値: 15.404838 KDa
配列文字列:
MAASTMAAAS TVVGLGTSSL IAPKKLNLSS GFLKSPIQAR NPLRLAQASG GKFTCFERDW LRTDLNVIGF GLIGWLAPSS IPAINGNSL TGLFFSSIGP ELAHFPTGPA VTSPFWLWMV LWHLGLFLTL TFGQIGFKGR SEGYF

+
分子 #19: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 12 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #20: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 150 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

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分子 #21: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 7 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

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分子 #22: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 4 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #23: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 26 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #24: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 5 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

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分子 #25: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #26: heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside

分子名称: heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 10 / 式: HTG
分子量理論値: 294.408 Da
Chemical component information

ChemComp-HTG:
heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #27: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

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分子 #28: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #29: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #30: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 157342
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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