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万見
- PDB-8wg3: mouse TMEM63b in LMNG-CHS micelle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wg3
タイトルmouse TMEM63b in LMNG-CHS micelle
要素CSC1-like protein 2,Green fluorescent protein
キーワードLIPID TRANSPORT / Scramblase
機能・相同性
機能・相同性情報


alveolar lamellar body membrane / sphingomyelin transfer activity / surfactant secretion / phosphatidylcholine transfer activity / mechanosensitive monoatomic cation channel activity / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / phospholipid scramblase activity / intestinal stem cell homeostasis / drinking behavior / mechanosensitive monoatomic ion channel activity ...alveolar lamellar body membrane / sphingomyelin transfer activity / surfactant secretion / phosphatidylcholine transfer activity / mechanosensitive monoatomic cation channel activity / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / phospholipid scramblase activity / intestinal stem cell homeostasis / drinking behavior / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / exocytosis / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / sensory perception of sound / actin cytoskeleton / early endosome membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Green fluorescent protein / Mechanosensitive cation channel TMEM63B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Miyata, Y. / Takahashi, K. / Lee, Y. / Sultan, C.S. / Kuribayashi, R. / Takahashi, M. / Hata, K. / Bamba, T. / Izumi, Y. / Liu, K. ...Miyata, Y. / Takahashi, K. / Lee, Y. / Sultan, C.S. / Kuribayashi, R. / Takahashi, M. / Hata, K. / Bamba, T. / Izumi, Y. / Liu, K. / Uemura, T. / Nomura, N. / Iwata, S. / Nagata, S. / Nishizawa, T. / Segawa, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Membrane structure-responsive lipid scrambling by TMEM63B to control plasma membrane lipid distribution.
著者: Yugo Miyata / Katsuya Takahashi / Yongchan Lee / Cheryl S Sultan / Risa Kuribayashi / Masatomo Takahashi / Kosuke Hata / Takeshi Bamba / Yoshihiro Izumi / Kehong Liu / Tomoko Uemura / ...著者: Yugo Miyata / Katsuya Takahashi / Yongchan Lee / Cheryl S Sultan / Risa Kuribayashi / Masatomo Takahashi / Kosuke Hata / Takeshi Bamba / Yoshihiro Izumi / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Norimichi Nomura / So Iwata / Shigekazu Nagata / Tomohiro Nishizawa / Katsumori Segawa /
要旨: Phospholipids are asymmetrically distributed in the plasma membrane (PM), with phosphatidylcholine and sphingomyelin abundant in the outer leaflet. However, the mechanisms by which their distribution ...Phospholipids are asymmetrically distributed in the plasma membrane (PM), with phosphatidylcholine and sphingomyelin abundant in the outer leaflet. However, the mechanisms by which their distribution is regulated remain unclear. Here, we show that transmembrane protein 63B (TMEM63B) functions as a membrane structure-responsive lipid scramblase localized at the PM and lysosomes, activating bidirectional lipid translocation upon changes in membrane curvature and thickness. TMEM63B contains two intracellular loops with palmitoylated cysteine residue clusters essential for its scrambling function. TMEM63B deficiency alters phosphatidylcholine and sphingomyelin distributions in the PM. Persons with heterozygous mutations in TMEM63B are known to develop neurodevelopmental disorders. We show that V44M, the most frequent substitution, confers constitutive scramblase activity on TMEM63B, disrupting PM phospholipid asymmetry. We determined the cryo-electron microscopy structures of TMEM63B in its open and closed conformations, uncovering a lipid translocation pathway formed in response to changes in the membrane environment. Together, our results identify TMEM63B as a membrane structure-responsive scramblase that controls PM lipid distribution and we reveal the molecular basis for lipid scrambling and its biological importance.
履歴
登録2023年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Mask / Part number: 2 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月22日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CSC1-like protein 2,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,9805
ポリマ－126,7591
非ポリマー2,2204
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 CSC1-like protein 2,Green fluorescent protein


分子量: 126759.461 Da / 分子数: 1 / 変異: F64L,S65T,A206K,H231L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: Tmem63b, GFP / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3TWI9, UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE


分子量: 486.726 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#3: 化合物 ChemComp-LBN / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (2R)-2-[(9Z)-9-Octadecenoyloxy]-3-(palmitoyloxy)propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate


分子量: 760.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mouse TMEM63B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
31Aequorea victoria (オワンクラゲ)6100
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: FreeStyle 293-F
緩衝液pH: 8
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7Coot0.9.9.8モデルフィッティング
8ISOLDE1.4.3モデルフィッティング
10cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.2.1分類
13cryoSPARC4.2.1３次元再構成
14Servalcat0.2.24モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110878 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Accession code: Q3TWI9 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化解像度: 3.4→3.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.811 / SU B: 19.951 / SU ML: 0.324 / ESU R: 0.276
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.44152 --
obs0.44152 138849 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 148.666 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 4586
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.0124724
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0164582
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.531.6466430
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.5121.56410518
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.8345542
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg18.132531
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg16.07410739
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0820.2738
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0070.025259
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.021141
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it1714.5292186
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other16.99614.5312187
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it27.54426.0872722
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other27.54326.0892723
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it15.66315.5122538
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other15.66115.5132539
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other25.95928.0173709
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined43.445162.9318297
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other43.444162.9318298
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.647 10207 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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