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- EMDB-37501: mouse TMEM63b in LMNG-CHS micelle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37501
タイトルmouse TMEM63b in LMNG-CHS micelle
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: mouse TMEM63B
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein 2,Green fluorescent protein
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
キーワードScramblase / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


alveolar lamellar body membrane / surfactant secretion / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / exocytosis / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / sensory perception of sound ...alveolar lamellar body membrane / surfactant secretion / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / exocytosis / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / sensory perception of sound / actin cytoskeleton / early endosome membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / CSC1-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Miyata Y / Takahashi K / Lee Y / Sultan CS / Kuribayashi R / Takahashi M / Hata K / Bamba T / Izumi Y / Liu K ...Miyata Y / Takahashi K / Lee Y / Sultan CS / Kuribayashi R / Takahashi M / Hata K / Bamba T / Izumi Y / Liu K / Uemura T / Nomura N / Iwata S / Nagata S / Nishizawa T / Segawa K
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanosensitive channel TMEM63B functions as a plasma membrane lipid scramblase
著者: Miyata Y / Takahashi K / Lee Y / Sultan CS / Kuribayashi R / Takahashi M / Hata K / Bamba T / Izumi Y / Liu K / Uemura T / Nomura N / Iwata S / Nagata S / Nishizawa T / Segawa K
履歴
登録2023年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37501.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37501.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.56 Å/pix.
x 160 pix.
= 249. Å		1.56 Å/pix.
x 160 pix.
= 249. Å		1.56 Å/pix.
x 160 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.55625 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.671
最小 - 最大-2.3084238 - 3.4690824
平均 (標準偏差)-0.0017334161 (±0.073799685)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_37501_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_37501_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmapA

ファイルemd_37501_half_map_1.map
注釈halfmapA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmapB

ファイルemd_37501_half_map_2.map
注釈halfmapB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mouse TMEM63B

全体名称: mouse TMEM63B
要素
  • 複合体: mouse TMEM63B
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein 2,Green fluorescent protein
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

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超分子 #1: mouse TMEM63B

超分子名称: mouse TMEM63B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: CSC1-like protein 2,Green fluorescent protein

分子名称: CSC1-like protein 2,Green fluorescent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 126.759461 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLPFLLATLG TAALNSSNPK DYCYSARIRS TVLQGLPFGG VPTVLALDFM CFLALLFLFS ILRKVAWDYG RLALVTDADR LRRQERERV EQEYVASAMH GDSHDRYERL TSVSSSVDFD QRDNGF(P1L)SWL TAIFRIKDDE IRDKCGGDAV HYLSFQR HI ...文字列:
MLPFLLATLG TAALNSSNPK DYCYSARIRS TVLQGLPFGG VPTVLALDFM CFLALLFLFS ILRKVAWDYG RLALVTDADR LRRQERERV EQEYVASAMH GDSHDRYERL TSVSSSVDFD QRDNGF(P1L)SWL TAIFRIKDDE IRDKCGGDAV HYLSFQR HI IGLLVVVGVL SVGIVLPVNF SGDLLENNAY SFGRTTIANL KSGNNLLWLH TSFAFLYLLL TVYSMRRHTS KMRYKEDD L VKRTLFINGI SKYAESEKIK KHFEEAYPNC TVLEARPCYN VARLMFLDAE RKKAERGKLY FTNLQSKENV PAMINPKPC GHLCCCVVRG CEQVEAIEYY TKLEQRLKED YRREKEKVNE KPLGMAFVTF HNETITAIIL KDFNVCKCQG CTCRGEPRAS SCSEALHIS NWTVTYAPDP QNIYWEHLSI RGFIWWLRCL VINVVLFILL FFLTTPAIII TTMDKFNVTK PVEYLNNPII T QFFPTLLL WCFSALLPTI VYYSAFFEAH WTRSGENRTT MHKCYTFLIF MVLLLPSLGL SSLDLFFRWL FDKKFLAEAA IR FECVFLP DNGAFFVNYV IASAFIGNAM DLLRIPGLLM YMIRLCLARS AAERRNVKRH QAYEFQFGAA YAWMMCVFTV VMT YSITCP IIVPFGLMYM LLKHLVDRYN LYYAYLPAKL DKKIHSGAVN QVVAAPILCL FWLLFFSTMR TGFLAPTSMF TFVV LVITI VICLCHVCFG HFKYLSAHNY KIEHTETDAV SSRSNGRPPT AGAVPKSAKY IAQVLQDSEG DGDGDGAPGS SGDEP PSSS SQDEELLMPP DGLTDTDFQS CEDSLIENEI HQGTENLYFQ GSAAAAVSKG EELFTGVVPI LVELDGDVNG HKFSVS GEG EGDATYGKLT LKFICTTGKL PVPWPTLVTT LTYGVQCFSR YPDHMKQHDF FKSAMPEGYV QERTIFFKDD GNYKTRA EV KFEGDTLVNR IELKGIDFKE DGNILGHKLE YNYNSHNVYI MADKQKNGIK VNFKIRHNIE DGSVQLADHY QQNTPIGD G PVLLPDNHYL STQSKLSKDP NEKRDHMVLL EFVTAAGITL GMDELYKSGL RSWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFE K

UniProtKB: CSC1-like protein 2, Green fluorescent protein

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #3: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

分子名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: LBN
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 110878
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

twi9


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8wg3:
mouse TMEM63b in LMNG-CHS micelle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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