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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wfx | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CRISPR-Csm effector complex from Mycobacterium canettii | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Csm effector complex / Mycobacterium canettii / Cryo-EM structure / Csm1 / Csm2 / Csm3 / Csm4 / Csm5 / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / : / : / : / : / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium canettii (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å | ||||||
データ登録者 | Huo, Y. / Ma, X. / Jiang, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2024 タイトル: Type-III-A structure of mycobacteria CRISPR-Csm complexes involving atypical crRNAs. 著者: Hongtai Zhang / Mingmin Shi / Xiaoli Ma / Mengxi Liu / Nenhan Wang / Qiuhua Lu / Zekai Li / Yanfeng Zhao / Hongshen Zhao / Hong Chen / Huizhi Zhang / Tao Jiang / Songying Ouyang / Yangao Huo / Lijun Bi / 要旨: Tuberculosis (TB), a leading cause of mortality globally, is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis that primarily infiltrates the lung. The mature crRNAs in M. ...Tuberculosis (TB), a leading cause of mortality globally, is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis that primarily infiltrates the lung. The mature crRNAs in M. tuberculosis transcribed from the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) locus exhibit an atypical structure featured with 5' and 3' repeat tags at both ends of the intact crRNA, in contrast to typical Type-III-A crRNAs that possess 5' repeat tags and partial crRNA sequences. However, this structural peculiarity particularly concerning the specific binding characteristics of the 3' repeat end within the mature crRNA within the Csm complex, has not been comprehensively elucidated. Here, our Mycobacteria CRISPR-Csm complexes structure represents the largest Csm complex reported to date. It incorporates an atypical Type-III-A CRISPR RNA (crRNA) (46 nt) with 5' 8-nt and 3' 4-nt repeat sequences in the stoichiometry of Mycobacteria Csm12345 The PAM-independent single-stranded RNAs (ssRNAs) are the most suitable substrate for the Csm complex. The 3'-repeat end trimming of mature crRNA was not necessary for its cleavage activity in Type-III-A Csm complex. Our work broadens our understanding of the Type-III-A Csm complex and identifies another mature crRNA processing mechanism in the Type-III-A CRISPR-Cas system based on structural biology. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wfx.cif.gz | 603.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wfx.ent.gz | 490.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wfx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wfx_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wfx_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wfx_validation.xml.gz | 95.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wfx_validation.cif.gz | 149.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wfx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 37499MC 8x5dC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-CRISPR system ... , 5種, 14分子 MANECBDFIJKLGH
#1: タンパク質 | 分子量: 32264.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium canettii (バクテリア) 遺伝子: MCAN_28441 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0TFC1 | ||
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#3: タンパク質 | 分子量: 91957.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium canettii (バクテリア) 遺伝子: MCAN_28471 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0TFC4 | ||
#4: タンパク質 | 分子量: 42167.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium canettii (バクテリア) 遺伝子: MCAN_28431 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0TFC0 | ||
#5: タンパク質 | 分子量: 15006.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium canettii (バクテリア) 遺伝子: MCAN_28461 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0TFC3 #6: タンパク質 | 分子量: 25952.537 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium canettii (バクテリア) 遺伝子: MCAN_28451 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0TFC2 |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 O
#2: RNA鎖 | 分子量: 16001.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium canettii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Csm effector complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium canettii (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110023 / 対称性のタイプ: POINT |