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- PDB-8wey: PSI-LHCI of the red alga Cyanidium caldarium RK-1 (NIES-2137) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wey
タイトルPSI-LHCI of the red alga Cyanidium caldarium RK-1 (NIES-2137)
要素
  • (Photosystem I ...) x 12
  • Lhcr1
  • Lhcr2
  • Lhcr3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性: / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand
機能・相同性情報
生物種Cyanidium caldarium (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Kato, K. / Hamaguchi, T. / Nakajima, Y. / Kawakami, K. / Yonekura, K. / Shen, J.R. / Nagao, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: The structure of PSI-LHCI from provides evolutionary insights into conservation and diversity of red-lineage LHCs.
著者: Koji Kato / Tasuku Hamaguchi / Minoru Kumazawa / Yoshiki Nakajima / Kentaro Ifuku / Shunsuke Hirooka / Yuu Hirose / Shin-Ya Miyagishima / Takehiro Suzuki / Keisuke Kawakami / Naoshi Dohmae / ...著者: Koji Kato / Tasuku Hamaguchi / Minoru Kumazawa / Yoshiki Nakajima / Kentaro Ifuku / Shunsuke Hirooka / Yuu Hirose / Shin-Ya Miyagishima / Takehiro Suzuki / Keisuke Kawakami / Naoshi Dohmae / Koji Yonekura / Jian-Ren Shen / Ryo Nagao /
要旨: Light-harvesting complexes (LHCs) are diversified among photosynthetic organisms, and the structure of the photosystem I-LHC (PSI-LHCI) supercomplex has been shown to be variable depending on the ...Light-harvesting complexes (LHCs) are diversified among photosynthetic organisms, and the structure of the photosystem I-LHC (PSI-LHCI) supercomplex has been shown to be variable depending on the species of organisms. However, the structural and evolutionary correlations of red-lineage LHCs are unknown. Here, we determined a 1.92-Å resolution cryoelectron microscopic structure of a PSI-LHCI supercomplex isolated from the red alga RK-1 (NIES-2137), which is an important taxon in the Cyanidiophyceae. We subsequently investigated the correlations of PSI-LHCIs from different organisms through structural comparisons and phylogenetic analysis. The PSI-LHCI structure obtained shows five LHCI subunits surrounding a PSI-monomer core. The five LHCIs are composed of two Lhcr1s, two Lhcr2s, and one Lhcr3. Phylogenetic analysis of LHCs bound to PSI in the red-lineage algae showed clear orthology of LHCs between and , whereas no orthologous relationships were found between Lhcr1-3 and LHCs in other red-lineage PSI-LHCI structures. These findings provide evolutionary insights into conservation and diversity of red-lineage LHCs associated with PSI.
履歴
登録2023年9月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit X
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
O: Photosystem I subunit O
1: Lhcr1
2: Lhcr2
3: Lhcr3
4: Lhcr1
5: Lhcr2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)557,226255
ポリマ－387,15817
非ポリマー170,068238
水10,088560
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I ... , 12種, 12分子 ABCDEFIJKLMO

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1


分子量: 82698.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2


分子量: 82160.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center


分子量: 8822.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15709.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 6974.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III


分子量: 20520.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 3408.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4426.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit X


分子量: 7105.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI


分子量: 15343.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII


分子量: 3010.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#12: タンパク質 Photosystem I subunit O


分子量: 16661.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)

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タンパク質 , 3種, 5分子 14253

#13: タンパク質 Lhcr1


分子量: 24117.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#14: タンパク質 Lhcr2


分子量: 24128.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)
#15: タンパク質 Lhcr3


分子量: 23826.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物)

-
糖 , 2種, 8分子

#22: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#24: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 9種, 790分子

#16: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#17: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#18: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#19: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#21: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#23: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 25 / 由来タイプ: 合成
#25: 化合物...
ChemComp-5X6 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R} )-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / Zeaxanthin


分子量: 568.871 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#26: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI-LHCI / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#15 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.55 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMMESMES-NaOH1
20.03 %DDMDDM1
試料濃度: 2.83 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 39.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13Servalcat0.2.0モデル精密化
14PHENIX1.18.2-3874モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 1.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 228449 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築詳細: homology model / Source name: Other / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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