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- PDB-8wdw: Crystal structure of a novel PU plastic degradation urethanase UM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wdw
タイトルCrystal structure of a novel PU plastic degradation urethanase UMG-SP2 from uncultured bacterium
要素UMG-SP2
キーワードHYDROLASE / PU plastic / degradation / catalysis / urethanase
機能・相同性phenylmethanesulfonic acid
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Cong, L. / Li, Z.S. / Gao, J. / Li, Q. / Chen, Y.Y. / Han, X. / Gert, W. / Wei, R. / Liu, W.D. / Bornscheuer, U.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371530 中国
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2025
タイトル: Structure-Guided Engineering of a Versatile Urethanase Improves Its Polyurethane Depolymerization Activity.
著者: Li, Z. / Han, X. / Cong, L. / Singh, P. / Paiva, P. / Branson, Y. / Li, W. / Chen, Y. / Jaradat, D.M.M. / Lennartz, F. / Bayer, T. / Schmidt, L. / Garscha, U. / You, S. / Fernandes, P.A. / ...著者: Li, Z. / Han, X. / Cong, L. / Singh, P. / Paiva, P. / Branson, Y. / Li, W. / Chen, Y. / Jaradat, D.M.M. / Lennartz, F. / Bayer, T. / Schmidt, L. / Garscha, U. / You, S. / Fernandes, P.A. / Ramos, M.J. / Bornscheuer, U.T. / Weber, G. / Wei, R. / Liu, W.
履歴
登録2023年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年2月19日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_main_chain_plane / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_comp_id
改定 2.12025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UMG-SP2
B: UMG-SP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,50424
ポリマ－96,2672
非ポリマー2,23822
水12,052669
1
A: UMG-SP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,25012
ポリマ－48,1331
非ポリマー1,11711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UMG-SP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,25412
ポリマ－48,1331
非ポリマー1,12111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.430, 88.430, 277.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-943-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UMG-SP2


分子量: 48133.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PMS / phenylmethanesulfonic acid / ベンゼンメタンスルホン酸


分子量: 172.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 669 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: MgCl2, Tris, PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 59940 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.98
反射 シェル解像度: 2.16→2.22 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique obs: 4311 / CC1/2: 0.831

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21_5207: ???)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→20.22 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2066 2992 5 %
Rwork0.1643 --
obs0.1664 59834 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→20.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6411 0 107 669 7187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6049069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3772320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.20.29571380.2452627X-RAY DIFFRACTION99
2.2-2.230.31271380.24782617X-RAY DIFFRACTION99
2.23-2.270.29771400.2532678X-RAY DIFFRACTION99
2.27-2.320.26951400.21492645X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.370.2691390.20562644X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.420.25071410.20432683X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.470.27021400.19792649X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.530.24871420.18982697X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.60.26551410.19582683X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.680.22421400.192667X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.770.25921410.18612670X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.860.24621420.18792697X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.980.25741410.17652694X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.110.21131420.17232683X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.280.20611440.16192731X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.480.19981420.14982712X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.750.17071440.13172737X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.120.15371450.12422744X-RAY DIFFRACTION100
4.12-4.710.1441460.1212784X-RAY DIFFRACTION100
4.71-5.910.17731490.15072827X-RAY DIFFRACTION100
5.91-20.220.20251570.17162973X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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