PDB-8wdt: Crystal structure of the human adenosine A2A receptor in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wdt

タイトル

Crystal structure of the human adenosine A2A receptor in complex with photoresponsive ligand photoNECA(blue)

要素

Adenosine receptor A2a
Antibody Fab fragment heavy chain
Antibody Fab fragment light chain

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / G-protein coupled receptor / GPCR

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / NGF-independant TRKA activation ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / : / negative regulation of vascular permeability / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / synaptic transmission, cholinergic / blood circulation / response to caffeine / intermediate filament / eating behavior / alpha-actinin binding / presynaptic active zone / regulation of calcium ion transport / membrane depolarization / asymmetric synapse / axolemma / cellular defense response / prepulse inhibition / phagocytosis / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / excitatory postsynaptic potential / regulation of mitochondrial membrane potential / apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / locomotory behavior / astrocyte activation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / calmodulin binding / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / lipid binding / glutamatergic synapse / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / apoptotic process / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.34 Å

データ登録者

Araya, T. / Asada, H. / Iwata, S. / Im, D.H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure reveals the binding mode and selectivity of a photoswitchable ligand for the adenosine A 2A receptor.
著者: Araya, T. / Matsuba, Y. / Suzuki, H. / Doura, T. / Nuemket, N. / Nango, E. / Yamamoto, M. / Im, D. / Asada, H. / Kiyonaka, S. / Iwata, S.

履歴

登録	2023年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wdt.cif.gz	301.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wdt.ent.gz	244.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wdt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wdt_validation.pdf.gz	679.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wdt_full_validation.pdf.gz	687.5 KB	表示
XML形式データ	8wdt_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	8wdt_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/8wdt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/8wdt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (6) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (6) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (6)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (6)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (6)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (6)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (6)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (6)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (6)

登録構造単位

A: Adenosine receptor A2a

B: Antibody Fab fragment light chain

C: Antibody Fab fragment heavy chain

ヘテロ分子

87.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	372.640, 52.520, 63.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Adenosine receptor A2a 分子量: 39114.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADORA2A 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P29274
#2: 抗体	Antibody Fab fragment light chain 分子量: 23356.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	Antibody Fab fragment heavy chain 分子量: 24314.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-WCH / (2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-2-((E)-phenyldiazenyl)-9H-purin-9-yl)-N-ethyl-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-carboxamide 分子量: 412.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀N₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Sodium citrate, 0.005-0.03 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.15 M Sodium chloride, 27.5-29.0% PEG500DME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.34→46.42 Å / Num. obs: 18172 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 65.4 % / B_iso Wilson estimate: 61.79 Å² / CC_1/2: 0.944 / CC star: 0.985 / R_pim(I) all: 0.1322 / Net I/σ(I): 9.16
反射シェル	解像度: 3.34→3.46 Å / 冗長度: 62.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 1765 / CC_1/2: 0.458 / CC star: 0.793 / R_pim(I) all: 1.5 / % possible all: 99.21

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18.2-3874	位相決定
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.34→46.42 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2659	1836	10.12 %	Random selection
R_work	0.2141	-	-	-
obs	0.2194	18137	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.34→46.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5626	0	30	0	5656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.477	7931
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.075	2018
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	918
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	985

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.34-3.43	0.3395	143	0.2876	1207	X-RAY DIFFRACTION	99
3.43-3.53	0.319	135	0.2854	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.64	0.3106	143	0.2528	1202	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.78	0.3147	133	0.2593	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-3.93	0.3008	139	0.2535	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.1	0.3167	142	0.2129	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.32	0.2419	137	0.1869	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.59	0.2184	141	0.1785	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-4.95	0.1936	146	0.173	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-5.44	0.2173	140	0.1669	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
5.44-6.23	0.2482	136	0.2119	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
6.23-7.84	0.2514	147	0.2241	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
7.84-46.42	0.2898	154	0.2042	1326	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6837	0.4203	-2.33	4.8568	1.1602	2.4339	0.2636	0.0707	-2.1755	0.4949	-0.406	0.5584	0.5921	0.9362	-0.135	0.6452	0.4408	0.1704	1.1952	0.408	1.3559	-34.7582	14.3422	40.9294
2	4.4419	0.9632	-0.2997	3.2131	0.6497	2.2043	-0.0818	0.4797	-0.3577	-0.0455	-0.0756	-0.4489	-0.0985	0.8456	0.128	0.3288	0.045	0.0581	0.9746	0.1853	0.6643	-37.5033	30.0896	34.7778
3	4.6777	-1.7838	-3.4431	1.9355	1.0625	2.6176	-0.6384	0.9033	-0.1269	0.2094	-0.3048	-1.3794	-0.435	1.2364	0.6077	0.8253	-0.0376	0.1062	1.8204	0.049	1.2202	-10.0431	32.0288	36.4376
4	4.5286	-0.4438	-0.819	1.09	0.3568	2.2867	-0.0862	-0.8094	0.2958	0.401	0.1868	-0.3384	-0.085	0.9731	0.0648	0.3665	0.0139	0.0047	0.9653	0.1263	1.0945	-40.8528	38.0009	48.1291
5	8.0061	-3.6093	0.4299	2.4273	-0.3754	1.4706	0.4057	-0.6342	0.0742	-0.1674	-0.2234	-0.4625	0.1625	1.2071	-0.091	0.564	0.0699	0.1622	1.2155	0.2076	0.6068	-42.9196	32.935	49.4218
6	8.1892	-0.4866	0.2073	5.4129	1.059	2.5148	0.3411	-1.5371	1.0525	0.7605	-0.6679	-0.5703	-0.0027	0.731	0.2129	0.6652	0.1073	-0.0385	1.5746	0.5441	0.822	-31.0191	24.7177	49.9987
7	7.6584	0.8289	6.0606	6.3554	-0.3374	5.9963	-0.03	1.0667	-4.1758	1.4132	-0.7592	0.4978	1.9508	1.325	0.8852	0.8975	0.2096	0.5536	1.5107	0.2586	2.4798	-54.1901	11.6635	39.2319
8	1.6873	-0.1231	-1.0964	5.5559	-5.9125	8.4897	0.4409	-0.4965	0.2701	0.6356	-0.1611	-0.0129	-0.934	0.491	-0.2407	0.4327	-0.0245	0.1367	0.4332	0.0758	0.5345	-90.5472	61.1345	56.7768
9	3.5663	2.1244	-0.0373	6.6777	1.9101	3.4474	0.1082	-0.5751	-1.0819	-0.5874	0.5734	-1.4018	-0.0303	0.3219	0.6493	0.3107	-0.0666	0.1681	0.2157	0.155	0.4015	-82.8675	54.9164	56.0536
10	5.3942	1.3824	2.7192	2.5572	0.6226	3.1305	0.2941	1.1057	0.3791	-1.1063	-0.4108	-0.6863	-0.3188	0.8646	0.0038	0.4137	0.0232	0.2137	0.1319	0.0029	0.6279	-84.6344	55.158	44.3893
11	5.3929	-3.4133	-0.0196	5.232	-1.1833	0.7822	0.0167	-0.4675	1.2594	0.6185	0.4597	-0.7414	-0.8799	-0.2239	0.9979	-0.0251	-0.0724	0.3201	0.2765	0.1022	0.9138	-80.3625	60.7526	54.6687
12	5.1345	0.8673	2.1398	6.4988	0.8549	5.4086	0.473	1.1689	0.2243	-1.0261	-0.5363	0.7123	-0.412	0.9145	0.1052	0.3372	0.0724	0.0248	0.3536	0.0298	0.4492	-89.5245	59.8073	47.9923
13	4.0826	-4.4646	2.821	6.4838	-3.2425	2.0302	-0.1336	-0.0496	-0.1111	0.0314	-0.0596	-0.3686	-0.3062	-0.0084	0.1033	0.3563	0.0612	0.2212	0.4136	0.0521	0.4615	-93.6893	57.315	53.4712
14	4.1331	5.0462	-0.9732	7.6894	-3.7087	4.8283	-0.0127	0.6725	-1.2989	-1.2452	0.5188	-0.6417	0.5793	-0.7154	-0.1024	0.4356	-0.2175	0.112	0.5354	0.0364	0.6355	-130.5733	54.1033	45.1013
15	8.2445	3.2078	2.7257	6.5217	2.6508	3.4819	0.4057	0.5256	-0.0002	0.4775	0.0663	0.5736	0.4036	-0.3461	-0.3915	0.2853	0.0263	0.0207	0.2932	0.1764	0.3417	-117.264	62.7918	49.8363
16	3.5991	1.602	1.8817	6.4891	-1.243	1.7582	0.1514	-1.6777	0.569	1.1429	-0.1432	0.8599	-1.0752	-1.9372	-0.2052	0.4273	-0.0114	0.1235	0.9911	0.1015	0.3597	-128.6012	63.6167	58.8993
17	3.7278	3.9633	-4.8639	4.4913	-5.8533	7.9946	0.1878	0.5471	0.0187	-0.4541	0.2297	0.5958	-0.0619	-0.902	-0.1428	0.5292	-0.0081	0.0541	0.4059	-0.0307	0.4545	-112.1682	59.9073	49.3642
18	8.4801	2.1716	0.9686	3.5703	0.1193	6.4587	0.7525	-1.654	-1.4629	0.339	-0.2298	0.8358	0.6998	-0.9771	-0.2733	0.4384	-0.2017	0.0979	0.4908	0.1083	0.8602	-130.4071	53.4049	53.4979
19	8.4825	5.4678	1.484	6.0024	3.8814	6.5901	0.4947	-1.0327	-0.1111	0.5596	-0.2211	0.5328	-0.401	-1.5533	-0.1686	0.3515	-0.0424	0.0849	0.6525	0.2253	0.958	-132.8466	62.2511	54.8793
20	5.3543	4.5434	1.8708	7.8569	1.1957	4.7684	-0.1923	1.3861	0.9955	0.7749	0.0849	1.844	-0.0179	-1.0472	0.291	0.4262	0.0127	-0.009	0.6402	-0.0844	0.5656	-128.1535	68.586	50.3973
21	4.4096	4.4664	1.8245	7.6359	-0.5511	2.8623	0.1398	-0.0057	-0.6018	-0.0953	-0.2955	-0.1951	0.2312	0.299	0.2045	0.4114	0.045	0.0334	0.2289	0.0238	0.3265	-88.3232	36.6083	47.6027
22	4.0472	-3.4045	-2.4083	4.0873	4.5586	8.1408	0.1663	-0.1233	-0.0215	0.0374	0.2164	-0.2935	0.7741	-0.2433	-0.3398	0.5956	-0.0168	0.0487	0.2767	0.0758	0.6164	-85.2303	29.9279	53.1258
23	6.2064	-3.6409	0.9945	2.2915	-0.0525	0.426	0.1854	0.1733	0.2514	-0.208	-0.0955	-0.0404	0.0203	-0.105	-0.0279	0.5116	-0.0194	0.0706	0.2934	0.0037	0.231	-100.387	42.9617	45.9258
24	4.8805	-2.0101	1.7116	6.1674	-0.5768	0.5812	0.3298	-0.1285	-1.4577	-1.6496	0.0793	0.3301	0.9005	0.2698	-0.407	0.8148	0.1349	0.0358	0.3717	0.0588	0.9033	-117.5364	46.3894	41.4922
25	7.6007	-0.8621	0.4645	8.6972	0.8654	3.1476	0.7267	0.0364	-1.4505	0.5886	-0.173	-0.305	-0.2731	-0.2935	-0.3544	0.4818	-0.0003	-0.1043	0.3342	0.0705	0.5962	-116.0179	50.4548	45.3456
26	3.2074	-1.4474	1.166	1.0614	-1.554	3.543	0.0262	0.8219	-1.1087	-0.4633	0.1781	-0.6192	0.6922	0.3318	-0.1078	0.6029	0.1502	-0.0641	0.4998	-0.1074	0.8133	-123.2841	52.2616	33.6959
27	2.4715	-1.203	-1.4521	0.5858	0.7068	0.8511	-0.1753	-0.5504	-0.7772	0.5199	0.2607	-0.0976	-0.0435	0.4179	-0.0056	0.4798	0.5363	-0.2856	0.7436	0.068	0.8954	-141.5265	55.7125	40.0698

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 136 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 137 through 165 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 166 through 218 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 219 through 258 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 259 through 292 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 293 through 307 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 18 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 19 through 37 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 38 through 60 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 61 through 74 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 75 through 89 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 90 through 112 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 113 through 127 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 128 through 143 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 144 through 154 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 155 through 173 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 174 through 185 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 186 through 196 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 197 through 213 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 15 through 53 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 54 through 74 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 75 through 146 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 147 through 164 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 165 through 187 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 188 through 221 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 222 through 224 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)