PDB-8wdo: Crystal structure of PDE4D complexed with DCN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wdo

タイトル

Crystal structure of PDE4D complexed with DCN

要素

cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

キーワード

HYDROLASE / PDE4D / Complex / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Liu, J.Y. / Li, M.J. / Xu, Y.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Identification of Dihydrobenzofuran Neolignans as Novel PDE4 Inhibitors and Evaluation of Antiatopic Dermatitis Efficacy in DNCB-Induced Mice Model.
著者: Gu, C. / Liu, J. / Qian, F. / Yu, W. / Huang, D. / Shen, J. / Feng, C. / Chen, K. / Li, Y. / Jiang, X. / Xu, Y. / Zhang, L.

履歴

登録	2023年9月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wdo.cif.gz	275.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wdo.ent.gz	223.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wdo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/8wdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/8wdo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8wdnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

ヘテロ分子

81.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.504, 80.027, 163.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43 分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

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非ポリマー , 5種, 141分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-W8O / 3-[(2~{S},3~{R})-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-3-(hydroxymethyl)-7-methoxy-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]propan-1-ol 分子量: 374.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 10 % (v/v) Isopropanol, 30 % (v/v) Ethylene glycol, 18 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9738 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9738 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→40.79 Å / Num. obs: 85748 / % possible obs: 96.76 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.67→1.73 Å / Num. unique obs: 8602 / CC_1/2: 0.801

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.67→40.79 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	4200	4.9 %
R_work	0.1973	-	-
obs	0.1987	85748	96.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→40.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5152	0	70	132	5354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5326
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.92	7248
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.808	737
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	844
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	924

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.69	0.2976	164	0.2721	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
1.69-1.71	0.2683	138	0.2589	2763	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.73	0.2781	128	0.2418	2731	X-RAY DIFFRACTION	99
1.73-1.75	0.2853	146	0.241	2776	X-RAY DIFFRACTION	99
1.75-1.77	0.274	134	0.2278	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.8	0.2815	155	0.2174	2773	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8-1.82	0.2609	143	0.2206	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.85	0.2465	144	0.2234	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
1.85-1.88	0.2318	145	0.2149	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
1.88-1.91	0.2593	150	0.2188	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.2631	85	0.2209	1809	X-RAY DIFFRACTION	65
1.94-1.98	0.2862	151	0.2168	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.2559	163	0.2068	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
2.01-2.06	0.2585	142	0.2057	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2279	108	0.197	2092	X-RAY DIFFRACTION	75
2.1-2.15	0.2208	129	0.198	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.2	0.1992	145	0.1919	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.26	0.2391	92	0.2012	2320	X-RAY DIFFRACTION	82
2.26-2.33	0.2607	136	0.203	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.4	0.2359	144	0.193	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.49	0.2604	145	0.196	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.59	0.2232	133	0.1979	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.71	0.2233	141	0.1985	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.85	0.222	154	0.2003	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.03	0.2336	160	0.1993	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.26	0.2391	130	0.2103	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.59	0.2063	129	0.1942	2631	X-RAY DIFFRACTION	92
3.59-4.11	0.2329	156	0.188	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-5.18	0.1909	156	0.1754	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
5.18-40.79	0.1951	154	0.1854	3029	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8532	0.2147	0.3822	4.2924	-0.9657	2.3915	0.1123	0.4701	0.3669	-0.7801	0.0394	0.2747	-0.6072	-0.3227	-0.1193	0.4984	0.1082	0.0098	0.3671	0.0403	0.2515	10.7433	91.9977	13.3361
2	1.332	-0.433	-0.493	2.6595	0.8752	2.6673	0.156	0.118	0.2204	-0.3134	-0.1428	0.2859	-0.4735	-0.4599	-0.0026	0.2006	0.076	0.0075	0.2109	0.0128	0.2021	8.041	91.363	27.3236
3	2.2358	-0.6343	0.0061	0.9586	-0.3732	3.7375	-0.0336	0.0401	0.0613	0.0282	0.0699	-0.3248	-0.0739	0.6291	-0.0461	0.1747	-0.024	0.017	0.2394	-0.0231	0.2779	28.8906	85.8889	38.9262
4	3.2741	-1.6133	0.2015	2.992	-0.1502	1.3872	0.0829	-0.0848	0.168	0.0386	-0.0272	0.0706	-0.4423	-0.1493	-0.037	0.2746	0.0223	0.061	0.2236	-0.0108	0.2248	12.9271	96.4556	38.3059
5	8.4208	-3.3576	-2.1424	4.5296	1.5607	3.8806	-0.1436	-0.0754	-0.1629	0.2343	-0.0205	0.2848	-0.1292	-0.4099	0.1478	0.1857	0.0006	0.0327	0.2479	0.0298	0.226	7.7833	87.6098	41.5457
6	4.2005	0.6563	0.0672	2.5521	0.3144	1.5908	0.0112	0.0401	0.0336	0.2209	-0.0492	0.5145	0.3437	-0.4964	0.0412	0.2871	-0.0904	0.0701	0.3298	0.0192	0.3442	5.4109	69.6914	35.3351
7	2.0452	-0.2849	-1.8921	1.182	0.8201	4.7354	-0.0354	-0.0704	-0.1599	0.0841	-0.0808	0.2564	0.2459	-0.3403	0.1006	0.1771	-0.0411	0.0048	0.2109	0.0181	0.2901	9.9286	77.2169	30.5318
8	4.5858	-0.076	2.6661	2.1565	0.2528	4.3416	0.1129	0.1387	0.1273	-0.2972	-0.0143	-0.3598	-0.0319	0.7707	-0.0598	0.2218	0.0057	0.1116	0.2806	0.0005	0.2769	29.9306	81.5834	20.7238
9	2.9986	1.3305	1.7318	2.0799	1.2591	3.0126	0.0454	-0.0819	-0.1218	0.0458	0.1794	-0.5047	0.4057	0.8585	-0.1805	0.2344	0.0999	0.0444	0.407	-0.011	0.4037	33.0872	72.9426	24.1254
10	3.1307	0.1555	-1.5069	2.5302	-0.2124	5.1793	-0.1101	0.2731	-0.4327	-0.1549	-0.178	0.1334	0.7695	-0.4753	0.3264	0.2798	-0.0469	0.008	0.1666	-0.0347	0.2376	13.3809	68.5625	18.833
11	1.3289	0.1198	-0.4271	1.5036	0.0739	1.3189	-0.3488	-0.7584	-0.0133	0.3608	0.4151	-0.4552	0.5435	1.3349	-0.0679	0.4483	0.3756	-0.059	0.8524	-0.1083	0.3603	35.3938	83.708	69.5462
12	1.2077	-0.2647	0.1022	2.1797	0.2365	3.0476	-0.0492	0.041	0.2068	0.0001	0.2055	-0.3911	-0.0651	0.3148	-0.1465	0.1531	0.0211	0.0159	0.219	-0.0474	0.2292	26.1331	90.3313	54.3741
13	1.906	-0.822	0.1894	2.5182	-0.1613	0.2646	-0.5257	-0.0653	-0.4855	0.3435	0.2661	0.0937	1.1578	0.1146	0.2625	0.7939	0.1587	0.1606	0.2683	-0.0321	0.3475	24.4646	69.9967	59.129
14	1.617	-0.3023	-0.7216	2.1259	1.0502	2.7654	-0.636	-0.2194	-0.3504	-0.4063	0.1215	-0.1514	0.8172	0.0478	0.4725	0.9448	0.5061	0.3441	0.0528	-0.1731	0.1809	23.6317	74.3213	65.3507
15	3.1656	-1.6429	1.3147	3.1018	-1.5885	2.9415	-0.1097	-0.201	0.3867	0.3537	0.3759	-0.0002	-0.692	-0.3556	-0.1619	0.4165	0.2039	0.047	0.3787	-0.0372	0.3152	14.0539	94.2807	72.0393
16	1.3958	-0.6296	0.7374	3.231	-2.3183	3.6672	-0.0023	0.5524	0.2772	0.1537	-0.0723	0.1721	-0.1128	-0.9137	0.0456	0.4281	0.1604	0.0666	0.4599	0.0348	0.3094	5.9095	89.047	71.7229
17	1.8793	-0.4922	-0.0915	1.4505	1.2088	2.6024	-0.4991	-0.5356	-0.4388	-0.2055	0.1046	-0.038	1.3813	0.3987	0.3856	1.0465	0.2826	0.216	0.2466	0.1064	0.3474	15.5623	73.2935	78.0266

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 88 through 116 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 199 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 227 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 228 through 253 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 271 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 272 through 302 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 303 through 325 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 326 through 349 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 350 through 375 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 376 through 411 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 88 through 199 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 200 through 253 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 254 through 302 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 303 through 325 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 326 through 350 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 351 through 375 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 376 through 411 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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