PDB-8wdn: Crystal structure of PDE4D complexed with 7b-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wdn

タイトル

Crystal structure of PDE4D complexed with 7b-1

要素

cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

キーワード

HYDROLASE / PDE4D / Complex / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / establishment of endothelial barrier / heterocyclic compound binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Liu, J.Y. / Li, M.J. / Xu, Y.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Identification of Dihydrobenzofuran Neolignans as Novel PDE4 Inhibitors and Evaluation of Antiatopic Dermatitis Efficacy in DNCB-Induced Mice Model.
著者: Gu, C. / Liu, J. / Qian, F. / Yu, W. / Huang, D. / Shen, J. / Feng, C. / Chen, K. / Li, Y. / Jiang, X. / Xu, Y. / Zhang, L.

履歴

登録	2023年9月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wdn.cif.gz	273.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wdn.ent.gz	221.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wdn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wdn_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wdn_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8wdn_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	8wdn_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/8wdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/8wdn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wdoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D

ヘテロ分子

81.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.965, 80.407, 163.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43 分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 197分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-W8E / 3-[(2~{S},3~{R})-7-ethoxy-2-(3-ethoxy-4-methoxy-phenyl)-3-(hydroxymethyl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]propan-1-ol 分子量: 402.481 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₀O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 10 % (v/v) Isopropanol, 30 % (v/v) Ethylene glycol, 18 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9738 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9738 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→36.42 Å / Num. obs: 111709 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.605 Å / Num. unique obs: 11013 / CC_1/2: 0.848

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
PHASER	2.8.2	位相決定
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→36.42 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2312	5556	4.97 %
R_work	0.2082	-	-
obs	0.2093	111709	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→36.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5205	0	78	187	5470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5387
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.735	7321
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.066	744
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	844
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	936

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.2743	187	0.269	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.58	0.2721	178	0.2539	3458	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2901	181	0.244	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.62	0.2818	166	0.2374	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.65	0.2772	201	0.2362	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.67	0.2563	186	0.231	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.2555	168	0.2309	3500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2366	189	0.2289	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.74	0.2497	187	0.2325	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.77	0.2599	194	0.2276	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2432	191	0.2301	3500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.2581	185	0.2308	3528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.2673	169	0.2301	3522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.2511	172	0.2289	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.2842	188	0.2271	3511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.2336	210	0.2294	3494	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.05	0.1952	182	0.2163	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.24	169	0.2182	3535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.16	0.2317	170	0.2141	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.23	0.2479	205	0.2128	3549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.31	0.2473	178	0.216	3527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.41	0.2403	196	0.2191	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.2297	208	0.2194	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.65	0.2674	180	0.2186	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.81	0.25	187	0.2129	3562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.03	0.2387	178	0.2151	3604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.34	0.2426	191	0.2143	3576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.82	0.2118	183	0.203	3634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.81	0.2079	187	0.1737	3655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-36.42	0.1884	190	0.1814	3804	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.002	0.0022	-0.0031	0.0011	-0.0062	0.0024	0.0354	0.0271	-0.0035	-0.0813	-0.0149	0.0267	-0.0762	-0.038	-0	0.1765	0.0187	-0.0102	0.1947	0.0221	0.1532	10.739	92.7216	12.975
2	0.0078	-0.0128	0.0055	0.0153	0.0175	0.0355	0.0451	0.0627	-0.0413	-0.1282	-0.0483	0.0273	-0.1596	-0.0915	0	0.0899	0.0144	0.0192	0.1147	-0.02	0.1542	7.9873	91.831	27.2891
3	0.0028	0.0008	0.0045	0.0019	-0.0006	0.0022	-0.0141	-0.0543	0.0002	0.0237	0.0398	-0.0348	-0.0139	0.0842	-0	0.0858	-0.011	0.0129	0.1566	0.0002	0.1301	28.8869	86.2585	38.702
4	0.0027	-0.0025	0.0043	0.0031	0.0023	0.0092	0.0543	-0.0302	0.0409	0.0437	-0.0142	0.0568	-0.1069	-0.0104	0	0.1009	0.0178	0.0387	0.1022	-0.0002	0.1501	12.8259	97.1915	38.0889
5	0.0008	-0.0006	-0.0032	0.0017	-0.0039	0.0012	-0.0097	-0.0295	0.0235	0.0142	-0.0164	0.0143	0.0047	-0.0413	0	0.086	-0.0112	0.0253	0.1462	0.0147	0.1509	7.5379	88.2635	41.6642
6	0.0025	0.0017	-0.0014	0.002	0.0025	0.0036	-0.0461	0	0.0019	0.0646	-0.0245	0.0603	0.0443	-0.0886	-0	0.1407	-0.0459	0.0632	0.1478	0.0082	0.2468	5.2003	70.1511	35.4272
7	0.0062	-0.0024	0.0014	0.0062	0.0038	0.0015	0.0584	-0.0034	-0.0188	-0.0047	-0.0572	0.0825	0.0503	-0.0284	0	0.1072	-0.0358	0.022	0.137	0.0083	0.1765	9.7556	77.668	30.5213
8	0.0022	-0.0033	-0.0101	0.0089	0.0017	0.01	0.0426	-0.0743	-0.0122	-0.1422	-0.0148	-0.0026	-0.0133	0.1672	0	0.1169	-0.0073	0.0584	0.1619	-0.0069	0.1374	30.1068	82.0047	20.7292
9	0.0017	0.0036	-0.0006	0.0008	0.0024	-0.0046	0.0317	-0.0482	0.011	-0.021	0.0568	-0.0323	0.0634	0.1098	-0	0.1412	0.0384	0.041	0.2023	0.0131	0.1985	32.9663	73.2302	24.061
10	-0.0017	-0.0011	-0.0006	0.0045	-0.0016	0.0063	-0.0154	0.0044	-0.0318	-0.0339	-0.1364	0.0711	0.1398	-0.0364	0	0.1795	-0.0292	0.038	0.1382	-0.0246	0.1939	13.2353	68.9041	18.8601
11	-0.0121	0.0143	-0.0188	-0.022	-0.0035	-0.0302	-0.0443	-0.2559	0.1503	0.0813	0.1559	0.0653	0.2748	0.4042	-0	-0.7312	1.1149	0.6676	-0.4927	-0.8069	-0.4408	36.1367	84.4734	69.4491
12	0.0012	-0.0029	-0.0068	0.0042	0.013	0.0424	0.0209	0.0873	0.0407	-0.0667	0.2005	-0.0837	-0.0312	-0.0215	0	0.0982	0.0225	0.012	0.168	-0.0576	0.1549	26.5882	90.8833	54.1837
13	-0.0004	-0.0119	-0.0007	0.008	0.0048	-0.0039	-0.1305	0.0611	0.0017	0.0728	-0.015	-0.0112	0.2012	0.0426	-0	0.3285	0.045	0.0891	0.1375	-0.0364	0.1554	25.3999	70.6689	58.588
14	0.0177	0.0075	-0.1518	-0.0079	-0.0024	0.0337	-0.1873	0.1835	0.3176	-0.1188	0.1429	-0.1249	0.3501	-0.2395	0	0.0136	0.7907	0.667	-0.7149	-0.8751	-0.7338	15.4144	82.8756	72.5978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 88 through 116 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 199 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 227 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 228 through 253 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 271 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 272 through 302 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 303 through 325 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 326 through 349 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 350 through 375 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 376 through 411 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 88 through 199 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 200 through 253 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 254 through 302 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 303 through 411 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 197分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 197分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 197分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)