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万見
- PDB-8wd7: Structural organization of the palisade layer in isolated vaccini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wd7
タイトルStructural organization of the palisade layer in isolated vaccinia virus cores
要素Core protein OPG136
キーワードVIRAL PROTEIN / poxvirus / assembly / core / palisade layer / A10
機能・相同性Poxvirus P4A / Poxvirus P4A protein / virion component / structural molecule activity / Major core protein OPG136 precursor
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10 Å
データ登録者Liu, Y. / Qu, X. / Duan, M. / Shi, X. / Liu, S. / Shi, Y. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-ET reveals A10 protein as a major component of the poxvirus palisade layer
著者: Liu, Y. / Qu, X. / Duan, M. / Shi, X. / Liu, S. / Shi, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2023年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core protein OPG136
B: Core protein OPG136
C: Core protein OPG136


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,2203
ポリマ－213,2203
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Core protein OPG136 / 62 kDa peptide / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 71073.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Vaccinia virus (strain Western Reserve) (ウイルス)
細胞株: grown in HeLa cells / 参照: UniProt: P16715

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Vaccinia virus Western Reserve / タイプ: VIRUS
詳細: Vaccinia virus was grown in HeLa cells and purified. The resultant mature virions were treated with DTT and NP40 and then purified to yield viral cores.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
緩衝液pH: 9 / 詳細: 1mM Tris pH 9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Vaccinia virus was grown in HeLa cells and purified. The resultant mature virions were treated with DTT and NP40 and then purified to yield viral cores. Isolated cores were used as a specimen.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 53000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Cs: 0 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 2.9 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 119 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
詳細: Dose rate 5.2 e-/pixel/s, EER (241 frames/sec)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X
色収差補正装置: Microscope was equipped with a Cc corrector
エネルギーフィルタースリット幅: 40 eV
球面収差補正装置: Microscope was equipped with a Cs corrector

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Dynamovolume selection
2SerialEM3.9画像取得
4Warp1.1.0CTF補正
8UCSF ChimeraモデルフィッティングRigid body fitting
12RELION最終オイラー角割当
13Dynamo最終オイラー角割当
15RELION3.13３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 10 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 207056 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection詳細: Tomograms generated in Warp were denoised and corrected for missing wedge information using IsoNet. Subtomograms were selected by oversampling points at 4 nm distance using a surface model in ...詳細: Tomograms generated in Warp were denoised and corrected for missing wedge information using IsoNet. Subtomograms were selected by oversampling points at 4 nm distance using a surface model in Dynamo. In essence, for each viral core, a 3D surface was generated by fitting manually selected points on the core surface.
Num. of tomograms: 74 / Num. of volumes extracted: 572775
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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