PDB-8wch: Crystal structure of SAR11_0655 bound to a co-purified ligand, L-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wch

タイトル

Crystal structure of SAR11_0655 bound to a co-purified ligand, L-pyroglutamate

要素

Probable Leu/Ile/Val-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / solute-binding protein / periplasmic binding protein

機能・相同性

: / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein-like I / PYROGLUTAMIC ACID / Probable Leu/Ile/Val-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.519 Å

データ登録者

Clifton, B.E. / Laurino, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: The ultra-high affinity transport proteins of ubiquitous marine bacteria.
著者: Clifton, B.E. / Alcolombri, U. / Uechi, G.I. / Jackson, C.J. / Laurino, P.

履歴

登録	2023年9月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年9月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wch.cif.gz	437.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wch.ent.gz	272.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wch_validation.pdf.gz	1019.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wch_full_validation.pdf.gz	1010.9 KB	表示
XML形式データ	8wch_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	8wch_validation.cif.gz	52.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/8wch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/8wch	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hqqC 8hqrC 8kd0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable Leu/Ile/Val-binding protein

B: Probable Leu/Ile/Val-binding protein

ヘテロ分子

90.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable Leu/Ile/Val-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable Leu/Ile/Val-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.204, 122.204, 125.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-767- HOH

#1: タンパク質	Probable Leu/Ile/Val-binding protein 分子量: 45020.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 (バクテリア) 株: HTCC1062 / 遺伝子: braC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4FMW4
#2: 化合物	ChemComp-PCA / PYROGLUTAMIC ACID タイプ: L-peptide linking / 分子量: 129.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 1.5 uL 0.1 M sodium citrate pH 3.5, 0.15 M lithium sulfate, 16% (w/v) PEG 6000 + 1.5 uL 12 mg/mL protein. Cryoprotected in 0.1 M sodium citrate pH 3.5, 0.15 M lithium sulfate, 16% (w/v) PEG ...詳細: 1.5 uL 0.1 M sodium citrate pH 3.5, 0.15 M lithium sulfate, 16% (w/v) PEG 6000 + 1.5 uL 12 mg/mL protein. Cryoprotected in 0.1 M sodium citrate pH 3.5, 0.15 M lithium sulfate, 16% (w/v) PEG 6000, 30% (v/v) ethylene glycol.

結晶

マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.17 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 1.5 uL 0.1 M sodium citrate pH 3.5, 0.15 M lithium sulfate, 16% (w/v) PEG 6000 + 1.5 uL 12 mg/mL protein. Cryoprotected in 0.1 M sodium citrate pH 3.5, 0.15 M lithium sulfate, 16% (w/v) PEG ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.519→43.846 Å / Num. obs: 146122 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_rim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 14.89
反射シェル	解像度: 1.52→1.61 Å / R_merge(I) obs: 3.18 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 23258 / CC_1/2: 0.506 / R_rim(I) all: 3.26 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS	Jun 30, 2023	データ削減
XDS	Jun 30, 2023	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.519→41.304 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / WR_factor R_free: 0.174 / WR_factor R_work: 0.143 / SU B: 3.128 / SU ML: 0.048 / Average fsc free: 0.97 / Average fsc work: 0.9784 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1867	7328	5.015 %
R_work	0.1502	138792	-
all	0.152	-	-
obs	-	146120	99.917 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.753 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.079 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.519→41.304 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5952	0	20	602	6574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	6242
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.569	1.65	8479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.565	1.57	13596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.098	5	823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.518	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.877	10	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.284	10	251
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	5217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	3122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.317	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.464	2.293	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.464	2.293	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.96	4.137	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.96	4.137	4012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.807	2.53	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.807	2.53	3032
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.382	4.515	4452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.382	4.514	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.035	22.967	7101
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.736	21.921	6967
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.788	3	12117

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.519-1.558	0.329	529	0.313	10041	0.314	10671	0.916	0.925	99.0535	0.299
1.558-1.601	0.302	532	0.275	9902	0.276	10436	0.934	0.945	99.9808	0.258
1.601-1.647	0.256	489	0.23	9637	0.231	10127	0.956	0.963	99.9901	0.208
1.647-1.698	0.236	460	0.209	9409	0.211	9870	0.964	0.97	99.9899	0.183
1.698-1.753	0.23	500	0.18	9024	0.183	9524	0.968	0.979	100	0.151
1.753-1.815	0.193	479	0.149	8749	0.151	9228	0.978	0.986	100	0.121
1.815-1.883	0.196	432	0.13	8531	0.134	8966	0.976	0.99	99.9665	0.102
1.883-1.96	0.194	439	0.12	8156	0.123	8595	0.979	0.992	100	0.094
1.96-2.047	0.164	430	0.11	7830	0.113	8260	0.985	0.993	100	0.087
2.047-2.146	0.173	390	0.109	7531	0.112	7921	0.983	0.993	100	0.089
2.146-2.262	0.166	367	0.115	7181	0.117	7549	0.984	0.993	99.9868	0.095
2.262-2.399	0.145	365	0.11	6798	0.111	7163	0.987	0.993	100	0.093
2.399-2.564	0.156	397	0.11	6332	0.113	6729	0.986	0.993	100	0.098
2.564-2.768	0.163	283	0.118	5997	0.119	6280	0.987	0.993	100	0.108
2.768-3.031	0.19	255	0.138	5572	0.14	5827	0.979	0.989	100	0.133
3.031-3.387	0.212	275	0.165	5011	0.168	5286	0.977	0.985	100	0.164
3.387-3.906	0.189	252	0.162	4444	0.163	4696	0.979	0.988	100	0.168
3.906-4.774	0.157	210	0.14	3811	0.141	4021	0.988	0.99	100	0.159
4.774-6.706	0.186	148	0.179	3030	0.18	3178	0.983	0.987	100	0.213
6.706-41.304	0.179	96	0.185	1806	0.184	1903	0.984	0.982	99.9474	0.235

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関連情報:EMDBヘッダ

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