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- PDB-8w9j: Crystal structure of human CLEC12A ectodomain complexed with 50C1 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w9j
タイトルCrystal structure of human CLEC12A ectodomain complexed with 50C1 Fab
要素
  • Anti-human CLEC12A antibody 50C1 heavy chain
  • Anti-human CLEC12A antibody 50C1 light chain
  • C-type lectin domain family 12 member A
キーワードIMMUNE SYSTEM / C-type lectin receptor / inhibitory antibody / CLEC12A
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of immune response / signaling receptor regulator activity / negative regulation of neutrophil activation / pattern recognition receptor activity / tertiary granule membrane / positive regulation of type I interferon production / specific granule membrane / negative regulation of inflammatory response ...negative regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of immune response / signaling receptor regulator activity / negative regulation of neutrophil activation / pattern recognition receptor activity / tertiary granule membrane / positive regulation of type I interferon production / specific granule membrane / negative regulation of inflammatory response / transmembrane signaling receptor activity / carbohydrate binding / Neutrophil degranulation / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
C-type lectin domain family 12 member A/B / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
C-type lectin domain family 12 member A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Mori, S. / Nagae, M. / Yamasaki, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H00505 日本
引用ジャーナル: Int.Immunol. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of the complex of CLEC12A and an antibody that interferes with binding of diverse ligands.
著者: Mori, S. / Nagae, M. / Yamasaki, S.
履歴
登録2023年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Anti-human CLEC12A antibody 50C1 light chain
H: Anti-human CLEC12A antibody 50C1 heavy chain
A: Anti-human CLEC12A antibody 50C1 light chain
B: Anti-human CLEC12A antibody 50C1 heavy chain
C: C-type lectin domain family 12 member A
D: C-type lectin domain family 12 member A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,0046
ポリマ－143,0046
非ポリマー00
水00
1
L: Anti-human CLEC12A antibody 50C1 light chain
H: Anti-human CLEC12A antibody 50C1 heavy chain
C: C-type lectin domain family 12 member A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5023
ポリマ－71,5023
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Anti-human CLEC12A antibody 50C1 light chain
B: Anti-human CLEC12A antibody 50C1 heavy chain
D: C-type lectin domain family 12 member A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5023
ポリマ－71,5023
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)165.356, 45.142, 202.749
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 Anti-human CLEC12A antibody 50C1 light chain


分子量: 23694.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Anti-human CLEC12A antibody 50C1 heavy chain


分子量: 23900.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 C-type lectin domain family 12 member A


分子量: 23906.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLEC12A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5QGZ9
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-Na (pH 7.5), 0.2 M sodium chloride, 12% (w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→43.54 Å / Num. obs: 19367 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 68.99 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rpim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 3.5→3.83 Å / Num. unique obs: 4549 / CC1/2: 0.773 / Rpim(I) all: 0.328

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→42.13 Å / SU ML: 0.4813 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.7936
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2913 976 5.04 %
Rwork0.2538 18373 -
obs0.2557 19349 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→42.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9192 0 0 0 9192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00229416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.549712786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04091392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.97031274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.680.3131520.3252564X-RAY DIFFRACTION98.62
3.68-3.920.35381260.31082555X-RAY DIFFRACTION98.39
3.92-4.220.33241350.27422608X-RAY DIFFRACTION99.67
4.22-4.640.29511390.2462621X-RAY DIFFRACTION99.82
4.64-5.310.28451390.23462638X-RAY DIFFRACTION99.68
5.31-6.690.27851270.24742671X-RAY DIFFRACTION99.5
6.69-42.130.24241580.20752716X-RAY DIFFRACTION98.36
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 81.1730927584 Å / Origin y: -49.247454794 Å / Origin z: -69.2631292859 Å
111213212223313233
T0.497598822556 Å2-0.0157171626302 Å2-0.0549688511684 Å2-0.383470712307 Å20.00116835439417 Å2--0.479522896937 Å2
L0.418144125634 °2-0.153583900679 °2-0.579762760328 °2-0.0587119740319 °20.266808800623 °2--0.820674586949 °2
S0.0115296757147 Å °-0.0138238098347 Å °-0.0101873793065 Å °-0.0884475816457 Å °-0.0503749669358 Å °0.0382458484612 Å °-0.0171977322317 Å °0.000873734744426 Å °0.0742936461328 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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