PDB-8w9i: Crystal structure of bacterial prolyl-tRNA synthetase in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w9i

タイトル

Crystal structure of bacterial prolyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor PAA-5

要素

Proline--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Luo, Z. / Zhou, H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-Guided Fluorine Scanning Accelerates the Discovery of Potent and Selective Inhibitors Against Bacterial Prolyl-tRNA Synthetase
著者: Luo, Z. / Zhou, H.

履歴

登録	2023年9月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w9i.cif.gz	237 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w9i.ent.gz	180 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w9i_validation.pdf.gz	1004.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w9i_full_validation.pdf.gz	1011 KB	表示
XML形式データ	8w9i_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
CIF形式データ	8w9i_validation.cif.gz	59.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w8jC 8w8lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Proline--tRNA ligase

B: Proline--tRNA ligase

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.584, 102.622, 194.084
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Proline--tRNA ligase 分子量: 64194.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: proS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I502
#2: 化合物	ChemComp-W2H / (2~{S})-~{N}-[3-(4-azanylquinazolin-7-yl)phenyl]sulfonylpyrrolidine-2-carboxamide 分子量: 397.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS, 26% PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→97.05 Å / Num. obs: 55512 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.963 / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / R_merge(I) obs: 0.911 / Num. unique obs: 5949 / % possible all: 89.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→49.656 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / WR_factor R_free: 0.233 / WR_factor R_work: 0.2 / SU B: 9.114 / SU ML: 0.202 / Average fsc free: 0.9536 / Average fsc work: 0.966 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2484	2791	5.028 %
R_work	0.2141	52721	-
all	0.216	-	-
obs	-	55512	99.795 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.717 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.739 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.726 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.012 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.656 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8652	0	83	138	8873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	8900
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.811	1.647	12066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.289	1.574	19352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.349	5	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.364	5	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.739	10	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.874	10	379
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10757
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	7694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	4571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.078	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.107	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.076	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.258	4.205	4541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.257	4.205	4541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.166	7.557	5671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.166	7.558	5672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.131	4.185	4359
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.131	4.185	4360
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.002	7.688	6395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.002	7.689	6396
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.399	38.17	9290
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.399	38.171	9291

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.45-2.513	0.357	190	0.298	3854	0.301	4051	0.926	0.941	99.8272	0.279
2.513-2.582	0.284	182	0.27	3764	0.271	3953	0.943	0.953	99.8229	0.248
2.582-2.657	0.31	179	0.268	3655	0.27	3840	0.933	0.954	99.8438	0.242
2.657-2.738	0.286	210	0.255	3508	0.257	3721	0.949	0.959	99.9194	0.226
2.738-2.828	0.319	173	0.244	3447	0.248	3628	0.934	0.962	99.7795	0.217
2.828-2.927	0.294	206	0.239	3299	0.242	3508	0.944	0.963	99.9145	0.21
2.927-3.037	0.245	160	0.224	3215	0.225	3376	0.961	0.968	99.9704	0.197
3.037-3.16	0.245	176	0.219	3092	0.22	3268	0.96	0.969	100	0.198
3.16-3.3	0.266	157	0.221	2979	0.223	3138	0.953	0.969	99.9363	0.201
3.3-3.461	0.265	150	0.221	2853	0.223	3003	0.959	0.971	100	0.205
3.461-3.647	0.259	139	0.21	2736	0.212	2875	0.959	0.975	100	0.197
3.647-3.867	0.207	135	0.193	2577	0.194	2713	0.974	0.979	99.9631	0.182
3.867-4.132	0.21	114	0.178	2462	0.179	2578	0.976	0.982	99.9224	0.169
4.132-4.46	0.193	123	0.163	2267	0.164	2391	0.978	0.984	99.9582	0.156
4.46-4.882	0.191	103	0.154	2121	0.156	2227	0.979	0.985	99.8653	0.151
4.882-5.452	0.229	123	0.188	1877	0.19	2001	0.97	0.98	99.95	0.188
5.452-6.283	0.247	85	0.22	1726	0.221	1812	0.973	0.974	99.9448	0.215
6.283-7.664	0.282	80	0.227	1448	0.23	1530	0.936	0.967	99.8693	0.226
7.664-10.712	0.236	65	0.202	1161	0.204	1236	0.96	0.969	99.1909	0.22
10.712-49.656	0.262	40	0.341	670	0.336	756	0.949	0.924	93.9153	0.375

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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